筛选关键靶点
通过生信分析筛选谷氨酰胺代谢相关的关键基因。
整合scRNA-seq和RNA-seq数据,结合WGCNA和差异表达分析,确定FGF17为关键靶点。
Mechanistic study of glutamine metabolic reprogramming driving non-small cell lung cancer progression via the FGF17-FGFR4 axis mediating epithelial-mesenchymal transition.
包含临床样本验证、细胞功能实验(增殖、迁移、侵袭)、机制研究(WB、代谢检测)以及体内异种移植模型的多层级验证。
NCI-H1299细胞系 患者来源异种移植(PDX)小鼠模型 临床NSCLC组织样本
谷氨酰胺剥夺条件:1 mM谷氨酰胺处理24小时 FGF17敲低慢病毒构建及敲低效率验证 代谢回补实验:α-酮戊二酸(2 mM)处理 顺铂剂量:5 mg/kg,每72小时腹腔注射 shFGF17慢病毒剂量:2 × 10^7 TU,每周瘤内注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过生信分析筛选谷氨酰胺代谢相关的关键基因。
整合scRNA-seq和RNA-seq数据,结合WGCNA和差异表达分析,确定FGF17为关键靶点。
验证FGF17和GLUL在临床样本中的表达及其与临床特征的关系。
通过WB和免疫荧光检测临床NSCLC肿瘤和癌旁组织中GLUL和FGF17表达,并与临床指标进行相关性分析。
评估FGF17对谷氨酰胺剥夺条件下NSCLC细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
使用CCK-8、EdU、集落形成和Transwell实验检测细胞活力、增殖、迁移和侵袭。
阐明FGF17调控的潜在信号通路和代谢变化。
通过WB检测FGFR4/MEK5/ERK5通路蛋白表达,使用Seahorse分析代谢率,检测ROS和GSH/GSSG水平。
验证FGF17敲低和顺铂联合治疗在PDX小鼠模型中对肿瘤生长和EMT的影响。
建立PDX小鼠模型,分为PDX、顺铂单药、shFGF17和联合治疗组,测量肿瘤体积和重量,并通过免疫荧光和WB分析EMT标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Corning | #15-040-CV |
| 胎牛血清 | Gibco | A5669701 | |
| 青霉素/链霉素溶液 | Gibco | #15070063 | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Sigma | G8540 | |
| 构建慢病毒载体 | pLKO.1-puro载体 | Thermo | TR30021 |
| 慢病毒包装混合液 | Invitrogen | A35684CN | |
| 免疫荧光 | FGF17一抗 | Thermo | PA5-109722 |
| 山羊抗兔IgG二抗 | Thermo | A-11008 | |
| DAPI | Beyotime | C1314L | |
| 封片剂 | Beyotime | P0131-25 mL | |
| 细胞活性检测 | CCK-8试剂盒 | Solarbio | CA1210 |
| EdU实验 | Click-iT™ EdU试剂 | Thermo | C10639 |
| Transwell实验 | 基质胶 | Corning | #354480 |
| 结晶紫 | Sigma | C0775 | |
| 动物实验 | 顺铂 | Selleckchem | #S1166 |
| 代谢和氧化还原检测 | H2DCFDA探针 | MCE | HY-D0940 |
| JC-1线粒体膜电位检测试剂盒 | MCE | HY-K0601 | |
| Seahorse XF Pro分析仪 | Agilent | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013E |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0009 | |
| 5×SDS上样缓冲液 | Thermo | AM8547 | |
| SDS-PAGE凝胶 | Epizyme | PG112 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| E-cadherin抗体 | CST | #3195 | |
| Vimentin抗体 | CST | #5741 | |
| GLUL抗体 | CST | #80636 | |
| FGF17抗体 | Thermo | PA5-109722 | |
| FGFR4抗体 | CST | #8562 | |
| MEK5抗体 | CST | #40473 | |
| 磷酸化MEK5抗体 | Thermo | PA5-105899 | |
| ERK5抗体 | CST | #12950 | |
| 磷酸化ERK5抗体 | Thermo | PA5-114573 | |
| NRF2抗体 | CST | #12721 | |
| GAPDH抗体 | Thermo | MA5-15738 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Abcam | ab97051 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 谷氨酰胺剥夺浓度(1 mM)和处理时间(24小时) 阅读提示:参见Materials and Methods中Cell culture部分 |
| 构建慢病毒载体 | shRNA靶向序列及载体(pLKO.1-puro) 阅读提示:参见Materials and Methods中Construction of lentiviral vectors部分 |
| 体内实验 | 顺铂剂量(5 mg/kg)和给药频率(每72小时)、shFGF17慢病毒剂量(2×10^7 TU)和给药方式(瘤内注射)及治疗周期(28天) 阅读提示:参见Materials and Methods中Animal model establishment部分 |
| 代谢和氧化还原检测 | Seahorse分析、ROS、GSH/GSSG和JC-1检测的具体操作步骤 阅读提示:参见Materials and Methods中Assessment of metabolic and redox parameters部分 |
| 蛋白质印迹 | 一抗稀释比例及孵育条件 阅读提示:参见Materials and Methods中Western blot analysis部分 |