网络药理学预测靶点
预测CA和LBP作用于ALI的潜在靶点和通路。
使用PubChem获取化合物结构,Swiss Target Prediction预测靶点,DisGeNet和GeneCards获取疾病靶点,取交集获得潜在靶点;STRING构建PPI网络,Cytoscape筛选核心靶点;Metascape进行GO和KEGG富集分析。
Lycium barbarum Polysaccharide and Chlorogenic Acid Ameliorate LPS-Induced Acute Lung Injury via the NF-κB Signaling Mediated Multi-Targets.
包含体外细胞实验、体内小鼠模型、网络药理学预测、分子对接验证,并进行了功能验证和机制验证。
NR8383大鼠肺泡巨噬细胞 LPS诱导的ALI小鼠模型(KM小鼠)
LPS诱导剂量:体内5 mg/kg,体外1 μg/mL CA-LBP给药剂量:25/50/100 mg/kg(CA:LBP=1:7) 给药时间:14天连续灌胃 关键靶点:Casp3和Kdr的mRNA表达 NF-κB通路激活:p-p65蛋白水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测CA和LBP作用于ALI的潜在靶点和通路。
使用PubChem获取化合物结构,Swiss Target Prediction预测靶点,DisGeNet和GeneCards获取疾病靶点,取交集获得潜在靶点;STRING构建PPI网络,Cytoscape筛选核心靶点;Metascape进行GO和KEGG富集分析。
验证CA-LBP复合物对LPS诱导的NR8383细胞炎症和靶基因表达的影响。
NR8383细胞分组:对照、模型(1 μg/mL LPS)、CA-LBP预处理(40 μg/mL CA, 280 μg/mL LBP, 40 μg/mL CA+280 μg/mL LBP)24小时,再LPS刺激24小时。检测Casp3和Kdr的mRNA表达(qPCR)及p-p65蛋白水平(Western blot)。
在LPS诱导的ALI小鼠模型中评估CA-LBP的治疗效果。
雄性KM小鼠随机分为8组(n=6),给药组连续14天灌胃CA(6.25 mg/kg)、LBP(43.75 mg/kg)或CA-LBP(25/50/100 mg/kg),第15天给予地塞米松(2 mg/kg)作为阳性对照,然后气管内滴注LPS(5 mg/kg)诱导ALI,12小时后处死,收集肺组织和血清。
评估CA-LBP对LPS诱导的肺损伤的改善作用。
通过HE染色观察肺组织病理变化,测定肺湿干重比(W/D)。
检测CA-LBP对血清炎症因子和肺组织氧化应激指标的影响。
ELISA检测血清中TNF-α、IL-6、IL-1β水平;生化试剂盒检测肺组织中MPO、MDA、SOD和GSH-Px活性。
预测CA、LBP与p65蛋白的结合模式,支持NF-κB抑制机制。
使用HDOCK和AutoDock进行分子对接,分析CA、β-1,4-半乳三糖及其复合物与p65(PDB: 4EYT)的结合。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 脂多糖 | Solarbio | -- |
| 枸杞多糖 | Solarbio | -- | |
| 绿原酸 | Aladdin | -- | |
| Western blot | 抗p-p65抗体 | Bioworld | -- |
| 抗β-actin抗体 | Bioworld | -- | |
| AP标记的山羊抗兔IgG二抗 | Bioworld | -- | |
| HE染色 | HE染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| ELISA | 小鼠ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| 生化检测 | MPO检测试剂盒 | 南京建成 | -- |
| MDA检测试剂盒 | 南京建成 | -- | |
| SOD检测试剂盒 | 南京建成 | -- | |
| GSH-Px检测试剂盒 | 南京建成 | -- | |
| Western blot | ECL底物 | Beyotime | -- |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Bioer | -- |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Monad | -- |
| qPCR | SYBR Green预混液 | Vazyme | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外细胞实验 | NR8383细胞培养条件、LPS诱导浓度、CA/LBP预处理浓度和时间、细胞分组 阅读提示:见Materials and Methods 2.5节和3.3-3.4节 |
| 动物实验 | 小鼠品系、年龄、分组、给药剂量、给药方式、LPS诱导剂量和途径、处理时间 阅读提示:见Materials and Methods 2.6节和3.5节 |
| 组织病理学 | 肺组织固定、切片厚度、HE染色步骤 阅读提示:见Materials and Methods 2.7节和3.5节 |
| 炎症因子检测 | 血清采集、ELISA试剂盒型号、检测步骤 阅读提示:见Materials and Methods 2.8节和3.6节 |
| 氧化应激指标检测 | 肺组织处理、试剂盒型号、检测指标 阅读提示:见Materials and Methods 2.9节和3.7节 |
| 蛋白表达检测 | 蛋白提取、SDS-PAGE、抗体浓度、孵育时间、曝光条件 阅读提示:见Materials and Methods 2.10节和3.8节 |
| 基因表达检测 | RNA提取、逆转录、引物序列、qPCR条件 阅读提示:见Materials and Methods 2.11节和Table S2 |