单细胞转录组分析鉴定差异基因
识别与骨髓转移相关的NB细胞标志基因
对GSE216155数据集(5例BM转移和5例非转移NB样本)进行单细胞转录组分析,通过Seurat流程降维聚类,鉴定细胞类型和NB细胞亚群,使用FindAllMarkers筛选差异表达基因。
Targeting N-Cadherin and Tubulin α 1A in Neuroblastoma Bone Marrow Metastasis: Insights from Single-Cell Analysis and Drug Screening
包含单细胞转录组分析、MR分析、体外细胞实验(增殖、迁移、周期)、动物模型及分子对接等多个证据层级,且具备功能验证。
SK-N-BE(2)细胞系 SH-SY5Y细胞系 IMR-32细胞系 非肥胖糖尿病/重症联合免疫缺陷小鼠模型
细胞系来源明确:SK-N-BE(2)、SH-SY5Y、IMR-32来自ATCC,H293T来自Procell shRNA敲低序列及转染条件:MOI=10,嘌呤霉素筛选浓度0.5 μg/mL(SK-N-BE(2))和1.0 μg/mL(SH-SY5Y) DMNQ处理浓度及时间:5 μmol/L,24小时 动物实验:SH-SY5Y细胞注射入免疫缺陷小鼠左心室,3-4周后收集骨髓 统计方法:双尾t检验,P<0.05为显著,数据以均值±SD表示,三次独立实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与骨髓转移相关的NB细胞标志基因
对GSE216155数据集(5例BM转移和5例非转移NB样本)进行单细胞转录组分析,通过Seurat流程降维聚类,鉴定细胞类型和NB细胞亚群,使用FindAllMarkers筛选差异表达基因。
从标志基因中筛选可能影响BM转移的关键基因
利用eQTLGen数据库的eQTL数据作为暴露,IEU OpenGWAS数据库的NB数据(ieu-a-816)作为结局,进行双样本MR分析,识别因果关联的关键基因。
验证CDH2和TUBA1A在NB中的表达和预后价值
利用TARGET、CCLE和GEO数据集分析CDH2和TUBA1A表达与生存的关系;RT-qPCR和Western blot检测NB细胞系表达;IHC检测患者样本表达。
验证CDH2和TUBA1A对NB细胞增殖、迁移和细胞周期的影响
构建shRNA敲低CDH2或TUBA1A的NB细胞,进行CCK-8检测细胞活力,划痕实验检测迁移,流式细胞术分析细胞周期,Western blot检测细胞周期蛋白。
验证CDH2和TUBA1A对NB骨髓转移的影响
将敲低CDH2或TUBA1A的SH-SY5Y细胞注射入免疫缺陷小鼠左心室,3-4周后收集骨髓,通过磁珠分选和流式细胞术检测CD45- GD2+细胞比例。
筛选能抑制CDH2和TUBA1A的候选化合物并验证其抗肿瘤活性
使用Drug Signatures Database预测潜在药物,分子对接评估结合亲和力,CCK-8检测药物对NB细胞的毒性,Western blot检测药物处理后CDH2和TUBA1A表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| MEM/F12培养基 | Gibco | -- | |
| DMEM/F12培养基 | Gibco | -- | |
| MEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | ExCell Bio | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | TaKaRa | -- |
| RT-qPCR | ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- |
| 引物 | Tsingke Biotechnology | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 增强化学发光检测液 | AntGene | -- | |
| 抗CDH2抗体 | Cell Signaling Technology | 13116 | |
| 抗TUBA1A抗体 | Cell Signaling Technology | 2125 | |
| 抗细胞周期蛋白D1抗体 | Proteintech | 60186-1-lg | |
| 抗细胞周期蛋白D2抗体 | Proteintech | 10934-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 山羊抗兔二抗 | AntGene | ANT020 | |
| 免疫组织化学 | HRP标记的山羊抗兔IgG | Abbkine | A21030 |
| 细胞转染 | 嘌呤霉素 | Biosharp | -- |
| 细胞增殖 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | -- |
| 药物处理 | 2,3-二甲氧基-1,4-萘醌 | MedChemExpress | HY-121026 |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 细胞活力检测 | 多功能自动酶标仪 | BioTek | -- |
| 动物实验 | CD45和GD2磁珠 | Miltenyi Biotech | 130-091-113 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞分析 | 数据来源:GSE216155,包含5个BM转移和5个非转移样本;细胞过滤标准;细胞类型注释方法。 阅读提示:Materials and Methods中的Data Acquisition and Study Design和Single-Cell Analysis部分 |
| 孟德尔随机化分析 | eQTL数据来源:eQTLGen;结局数据:ieu-a-816;IV选择阈值:P<0.00001,R2<0.001,F>10。 阅读提示:Materials and Methods中的MR Analysis部分 |
| 细胞培养 | 细胞系来源:SK-N-BE(2)、SH-SY5Y、IMR-32来自ATCC,H293T来自Procell;培养基和血清类型。 阅读提示:Materials and Methods中的Cell Lines and Cell Culture部分 |
| 基因敲低实验 | shRNA序列;转染条件:MOI=10;嘌呤霉素筛选浓度和时间。 阅读提示:Materials and Methods中的Cell Transfection部分 |
| 细胞增殖和活力检测 | CCK-8实验的细胞密度、检测时间点;DMNQ处理的浓度梯度。 阅读提示:Materials and Methods中的Proliferation and Viability Assays部分 |
| 细胞周期分析 | 细胞固定和染色方法;流式细胞仪型号和激发波长。 阅读提示:Materials and Methods中的Cell Cycle Analysis部分 |
| 细胞迁移实验 | 划痕实验的细胞密度、划线时间和拍照时间。 阅读提示:Materials and Methods中的Cell Scratch Assay部分 |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、注射细胞数和途径;骨髓采集时间;检测标记物。 阅读提示:Materials and Methods中的Animal Models部分 |