CCT3表达与临床相关性分析
评估CCT3在ccRCC中的表达水平及其与预后的关系。
利用UALCAN、CPTAC、GEPIA等数据库分析CCT3表达及与p53/Rb通路的相关性,并通过Kaplan-Meier生存曲线分析预后。
CCT3-mediated regulation of XPO1/RB1 axis stability promotes cellular senescence and tumor progression in clear cell renal carcinoma.
包含数据库分析、临床样本、体外细胞功能实验、分子机制验证(Co-IP、GST pull-down、CHX实验)及体内异种移植瘤模型,功能与机制验证完整。
786-O细胞 769-P细胞 A498细胞 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型
CCT3敲低序列(shCCT3-1#、shCCT3-2#) XPO1敲低序列(shXPO1) Selinexor处理浓度100 μM(体外) Selinexor给药剂量15 mg/kg,口服,每周两次,持续三周(体内) H2O2诱导衰老浓度500 μM,处理24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CCT3在ccRCC中的表达水平及其与预后的关系。
利用UALCAN、CPTAC、GEPIA等数据库分析CCT3表达及与p53/Rb通路的相关性,并通过Kaplan-Meier生存曲线分析预后。
验证CCT3对ccRCC细胞增殖、迁移、侵袭和衰老的影响。
在786-O和769-P细胞中敲低CCT3,进行划痕实验、Transwell实验、EdU染色、SA-β-gal染色、细胞周期分析、Western blot和qRT-PCR,检测细胞功能及衰老标志物。
确认CCT3与XPO1的相互作用,并探究CCT3对XPO1稳定性的影响。
通过Co-IP和GST pull-down验证相互作用;使用CHX、BafA1和MG132处理评估XPO1降解途径;分子对接预测结合模式。
验证CCT3通过XPO1调节RB1核质分布及细胞衰老。
在A498细胞中过表达CCT3并敲低XPO1,检测RB1亚细胞定位、衰老标志物、划痕和Transwell能力。
评估CCT3敲低联合Selinexor在体内抑制肿瘤生长的效果。
将769-P细胞皮下接种裸鼠,设置对照组、CCT3敲低组、Selinexor组及联合组,监测肿瘤体积和重量,并通过Western blot、IHC和IF检测增殖标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875119 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270107 | |
| 药物处理 | BafA1 | MCE | 88899-55-2 |
| MG132 | MCE | 133407-82-6 | |
| 塞利尼索 | MCE | -- | |
| 衰老检测 | 衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Beyotime | C0602 |
| 凋亡检测 | PE/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Vazyme | A213-01/02 |
| 增殖检测 | EdU细胞增殖试剂盒 | Beyotime | C0071S |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | SEVEN | SM130 |
| Western blot | Actin抗体 | Proteintech | 20536-1-AP |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| Tubulin抗体 | Proteintech | 14555-1-AP | |
| Lamin B抗体 | Proteintech | 12987-1-AP | |
| CCT3抗体 | Proteintech | 10571-1-AP | |
| CDK4抗体 | Proteintech | 11026-1-AP | |
| Cyclin D抗体 | Proteintech | 26939-1-AP | |
| Rb1抗体 | Proteintech | 10048-2-Ig | |
| 磷酸化RB1 (Ser807/811)抗体 | Proteintech | 30376-1-AP | |
| p21抗体 | Proteintech | 10355-1-AP | |
| CRM1抗体 | Santa | sc-374124 | |
| XPO1抗体 | Proteintech | 27917-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(786-O、769-P、A498、OSRC2)来源及培养条件(培养基、血清浓度、CO2浓度、温度) 阅读提示:STAR★Methods:Cell lines and cell culture |
| CCT3敲低和过表达 | shRNA序列(shCCT3-1#、shCCT3-2#)、慢病毒包装、嘌呤霉素筛选时间 阅读提示:STAR★Methods:Lentiviral production and generation of stable cell lines;Key resources table:Recombinant DNA |
| 细胞功能实验 | 划痕实验细胞密度(80-90%汇合)、观察时间(12小时);Transwell实验基质胶浓度(1:5稀释)、孵育时间(24小时);EdU染色孵育时间(2小时) 阅读提示:STAR★Methods:Would healing assay;Migration and invasion assay;Edu staining |
| 衰老检测 | SA-β-gal染色试剂盒(Beyotime,C0602)操作步骤;H2O2诱导衰老浓度(500 μM)和处理时间(24小时) 阅读提示:STAR★Methods:Senescence β-galactosidase staining and immunofluorescence assay;Results:Rescue experiments |
| 分子机制验证 | Co-IP和GST pull-down实验条件;CHX浓度(100 μg/ml)及处理时间(0、1、2、4小时);BafA1浓度(200 nM)和处理时间(24小时);MG132浓度(100 μM)和处理时间(8小时) 阅读提示:STAR★Methods:Western blot assays;Results:CCT3 regulates RB1 activity |
| 动物实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠)、周龄(3-5周)、性别(雄性)、细胞接种量(1×10^7)、Selinexor剂量(15 mg/kg)及给药方案(口服,每周两次,持续三周) 阅读提示:STAR★Methods:Tumor xenografts in nude mice;Reagent |