生信筛选与临床样本验证
筛选HPSCC中差异表达且具预后意义的基因,并验证THBS1在临床样本中的表达。
利用GEO数据集GSE2379筛选DEGs,与UALCAN预后基因取交集,通过STRING构建PPI网络,结合UALCAN预后分析,确定THBS1为hub基因。收集22例HPSCC患者肿瘤及配对癌旁组织,通过RT-qPCR和Western blot检测THBS1表达。
THBS1 upregulation by KLF7 in hypopharyngeal squamous cell carcinoma contributes to lung metastasis through the p38 MAPK signaling.
包含体外细胞功能实验(EdU、克隆形成、划痕、Transwell)、分子机制验证(ChIP、双荧光素酶)、体内动物模型(尾静脉肺转移模型)及临床样本分析,功能与机制验证完整。
FaDu细胞 Detroit 562细胞 人口腔角质形成细胞(HOK) BALB/c裸鼠尾静脉肺转移模型 22例HPSCC患者肿瘤及配对癌旁组织
THBS1敲低效率(KD-THBS1 #1/#2) KLF7敲低效率(KD-KLF7 #1) p38激活剂LX-3浓度(2 μM) p38抑制剂SB 203580浓度(20 μM) 裸鼠尾静脉注射细胞量(1×10^6个/100 μL PBS)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选HPSCC中差异表达且具预后意义的基因,并验证THBS1在临床样本中的表达。
利用GEO数据集GSE2379筛选DEGs,与UALCAN预后基因取交集,通过STRING构建PPI网络,结合UALCAN预后分析,确定THBS1为hub基因。收集22例HPSCC患者肿瘤及配对癌旁组织,通过RT-qPCR和Western blot检测THBS1表达。
评估THBS1对HPSCC细胞增殖、迁移、侵袭及EMT的影响。
通过慢病毒介导的shRNA敲低THBS1,利用EdU、克隆形成、划痕、Transwell及Western blot、免疫荧光检测细胞功能和EMT标志物。
验证THBS1是否通过p38 MAPK通路影响HPSCC细胞恶性行为。
检测p38、ATF2、MK2磷酸化水平,使用p38激动剂LX-3和抑制剂SB 203580处理,观察细胞功能变化。
寻找调控THBS1转录的上游转录因子,并验证其调控机制。
通过Jvenn、ChIP-seq预测、JASPAR预测和GEPIA相关性分析,确定KLF7。通过ChIP验证KLF7结合THBS1启动子,敲低KLF7后检测THBS1表达及双荧光素酶活性。
验证THBS1过表达能否逆转KLF7敲低对HPSCC细胞恶性行为的抑制。
在KLF7敲低细胞中过表达THBS1,检测细胞增殖、迁移、侵袭、EMT标志物及p38通路激活情况。
在体内验证KLF7/THBS1/p38轴对HPSCC肺转移的影响。
通过尾静脉注射不同处理的FaDu细胞构建裸鼠肺转移模型,HE染色、IHC、Western blot分析肺转移结节及EMT标志物表达。
探究HDAC6对KLF7启动子表观遗传修饰的影响及其对KLF7表达调控的作用。
通过UALCAN和ChIP-seq预测HDAC6与KLF7的关系,利用ChIP验证HDAC6结合KLF7启动子及H3K9ac修饰,过表达HDAC6后检测KLF7和THBS1表达。
分析HDAC6、KLF7、THBS1表达与HPSCC患者临床病理特征的相关性。
根据蛋白表达均值将22例HPSCC患者分为高、低表达组,使用Fisher精确检验分析基因表达与T、N、M、TNM分期的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | Procell | PM150410 |
| 青霉素-链霉素 | MedChemExpress | HY-K1006 | |
| 药物处理 | LX-3 | MedChemExpress | HY-125980 |
| SB 203580 | MedChemExpress | HY-10256 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018CN |
| Transwell实验 | 基质胶 | Beyotime | C0371 |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| RT-qPCR | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1622 |
| Power SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | 4367659 | |
| 细胞增殖实验 | E-Click EdU细胞增殖成像试剂盒 | Elabscience | E-CK-A377 |
| HE染色 | HE染色试剂盒 | Sangon | E607318 |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 |
| 染色质免疫沉淀 | SimpleChIP酶法ChIP试剂盒 | Cell Signaling Technologies | 9003 |
| 双荧光素酶实验 | 海肾-萤火虫双荧光素酶检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 16186 |
| 细胞培养 | 人口腔角质形成细胞 | ScienCell | 2610 |
| FaDu细胞 | Procell | CL-0083 | |
| Detroit 562细胞 | Procell | CL-0330 | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Vital River | 401 |
| 双荧光素酶实验 | pGL3 Basic载体 | Addgene | 212936 |
| pRL-TK载体 | Youbio | VT1568 | |
| Western blot | 高灵敏度ECL试剂盒 | MedChemExpress | HY-K2005 |
| 免疫荧光 | DAPI | MedChemExpress | HY-D0814 |
| Western blot | SDS裂解液 | Bestbio | BB-3205 |
| 免疫组织化学 | DAB显色液 | ProteinTech Group | PR30010 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素浓度 阅读提示:STAR Methods: Cell culture and reagents |
| 慢病毒感染 | MOI值、细胞密度、筛选浓度和时间 阅读提示:STAR Methods: Cell culture and reagents |
| 药物处理 | LX-3浓度、SB 203580浓度、DMSO对照浓度 阅读提示:STAR Methods: Cell culture and reagents |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度、处理时间、染色方法 阅读提示:STAR Methods: Method details - EdU, colony formation, wound healing, Transwell |
| 体内肺转移模型 | 动物品系、周龄、性别、细胞数量、注射体积、观察时间 阅读提示:STAR Methods: Animal studies |
| 分子机制实验 | ChIP抗体、引物、启动子区域;双荧光素酶报告基因载体 阅读提示:STAR Methods: Method details - ChIP, Dual-luciferase reporter assays |