网络药理学预测
筛选夏枯草抗ALL的活性成分、作用靶点和相关通路。
从TCMSP数据库筛选夏枯草活性成分,从GeneCards和OMIM获取ALL靶点,取交集,构建PPI网络分析核心靶点,进行GO和KEGG富集分析。
Investigating the Mechanisms of Prunella vulgaris against Acute Lymphoblastic Leukemia through Network Pharmacology and Experimental Validation.
研究包含网络药理学预测、分子对接和体外细胞实验(CCK-8、流式凋亡、线粒体膜电位、caspase-9活性、Western blot及SC79救援实验),但缺乏体内模型、直接结合实验和原代细胞验证。
CEM细胞(T-ALL细胞系) NALM-6细胞(B-ALL细胞系)
夏枯草中槲皮素浓度:CEM 30, 40, 50 μM;NALM-6 10, 20, 30 μM 处理时间:48小时 AKT激活剂SC79浓度:4 μM 细胞接种密度:5×10^5 cells/mL 统计方法:单因素方差分析(Dunnett或Tukey检验),P<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选夏枯草抗ALL的活性成分、作用靶点和相关通路。
从TCMSP数据库筛选夏枯草活性成分,从GeneCards和OMIM获取ALL靶点,取交集,构建PPI网络分析核心靶点,进行GO和KEGG富集分析。
验证活性成分与核心靶点之间的结合亲和力。
从PubChem获取配体结构,从PDB获取受体结构,使用AutoDock Vina进行分子对接
评估槲皮素对ALL细胞活力的影响。
CCK-8法检测不同浓度槲皮素处理不同时间后的细胞活力,并计算IC50。
验证槲皮素是否诱导ALL细胞凋亡。
流式细胞术使用Annexin V-PE/7-AAD染色检测凋亡率。
验证凋亡是否通过线粒体途径介导。
检测caspase-9活性和线粒体膜电位变化,Western blot检测Bcl-2、Bax、cleaved Caspase-3/9的表达。
验证槲皮素是否通过调控PI3K/AKT和p53通路发挥作用。
Western blot检测AKT、p-AKT、p53蛋白水平,并使用AKT激活剂SC79进行rescue实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | CEM细胞系 | Wuhan Procell Life Science and Technology Co., Ltd. | -- |
| NALM-6细胞系 | Wuhan Procell Life Science and Technology Co., Ltd. | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beijing Livning Biotech Co., Ltd. | -- |
| 细胞凋亡检测 | PE Annexin V凋亡试剂盒 | BD Bioscience | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Biotime Biotechnology Research Institute | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Biotime Biotechnology Research Institute | -- | |
| 5× SDS-PAGE上样缓冲液 | Biotime Biotechnology Research Institute | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Biotime Biotechnology Research Institute | -- | |
| Caspase-9活性检测 | Caspase-9活性检测试剂盒 | Biotime Biotechnology Research Institute | -- |
| 线粒体膜电位检测 | 线粒体膜电位检测试剂盒 | Beijing Solabio Life Sciences | -- |
| Western blot | Bax抗体 | Cell Signaling Technology | Cat#5023 |
| Bcl-2抗体 | Cell Signaling Technology | Cat#4223 | |
| p53抗体 | Cell Signaling Technology | Cat#2527 | |
| cleaved Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | Cat#9664 | |
| p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | Cat#4060 | |
| Caspase-9抗体 | Shenyang Wanlei Biotechnology Co., Ltd. | Cat#WL03421 | |
| AKT抗体 | Wuhan Sanying Biotechnology Co., Ltd. | Cat#10176-2-AP | |
| GAPDH抗体 | Biotime Biotechnology Research Institute | Cat#AF1186 | |
| β-actin抗体 | Beijing Solabio Life Sciences | Cat#K200058M | |
| 药物处理 | 槲皮素 | Chengdu Herbpurify Co., Ltd. | -- |
| SC79 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | CEM和NALM-6细胞使用专用培养基,在37°C、5% CO2条件下培养;离心条件为1000 rpm,3分钟。 阅读提示:Materials and Methods, Cell Culture |
| 药物处理 | 槲皮素浓度:CEM使用30, 40, 50 μM;NALM-6使用10, 20, 30 μM;处理时间48小时。 阅读提示:Materials and Methods, Cell Viability Assay and Apoptosis Assay |
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度:5×10^5 cells/mL;CCK-8试剂盒孵育3小时;检测波长450 nm。 阅读提示:Materials and Methods, Cell Viability Assay |
| 凋亡检测 | Annexin V-PE和7-AAD各5 μL,1× binding buffer 100 μL,孵育20分钟(避光)。 阅读提示:Materials and Methods, Apoptosis Assay |
| 线粒体膜电位检测 | 细胞总数调整至1×10^5至6×10^5;JC-1工作液0.5 mL,37°C孵育20分钟;洗涤两次。 阅读提示:Materials and Methods, Mitochondrial Membrane Potential Assay |
| Caspase-9活性检测 | 细胞裂解:冰上15分钟;离心16,000 rpm,10分钟,4°C;检测波长405 nm。 阅读提示:Materials and Methods, Caspase-9 Activity Assay |
| Western blot | 蛋白上样量25 μg;PVDF膜;一抗稀释比例如文中;ECL显色。 阅读提示:Materials and Methods, Western Blot Analysis |