临床样本分析与FUS表达验证
评估FUS在PIT1谱系PitNETs中的表达及其与临床特征的相关性。
对115例PitNET样本和10例正常垂体样本进行RNA-seq,分析剪接因子表达;对30例PIT1谱系样本进行IHC和统计学分析。
Splicing factor FUS facilitates the progression of PIT1-lineage PitNETs by upregulating MDM2.
包含临床样本分析、细胞功能实验、转录组与RIP-seq、小基因剪接实验、裸鼠异种移植模型及ASO体内治疗验证等多层次证据,并明确功能与机制验证。
GH3细胞(大鼠生长激素腺瘤细胞系) MMQ细胞(大鼠泌乳素腺瘤细胞系) 患者来源的原代PIT1谱系PitNET细胞 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型
FUS表达水平:采用IHC和qPCR检测,在PIT1谱系PitNETs中上调。 FUS敲低效率:使用两种独立siRNA(siFUS-1和siFUS-2)转染GH3和MMQ细胞,处理48小时。 FUS调控MDM2剪接:通过RIP-qPCR验证FUS直接结合MDM2前体mRNA;小基因剪接实验确认外显子3包含。 ASO治疗条件:ASO2以100 nM处理48小时,显著抑制细胞增殖并诱导凋亡。 体内实验设计:裸鼠皮下注射GH3或MMQ细胞,ASO通过瘤内注射(5 nmol ASO与Lipo2000复合物),每72小时一次。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估FUS在PIT1谱系PitNETs中的表达及其与临床特征的相关性。
对115例PitNET样本和10例正常垂体样本进行RNA-seq,分析剪接因子表达;对30例PIT1谱系样本进行IHC和统计学分析。
验证FUS敲低对PIT1谱系细胞增殖、凋亡和激素分泌的影响。
在GH3和MMQ细胞中转染siRNA敲低FUS,进行CCK-8、EdU、流式细胞术(Annexin V/PI、JC-1、细胞周期)和ELISA检测。
揭示FUS敲低后基因表达和剪接事件的全基因组变化。
对GH3和MMQ细胞进行RNA-seq,使用rMATS分析剪接事件,GSEA分析通路富集。
鉴定FUS直接结合的RNA区域和靶基因。
在GH3和MMQ细胞中进行RNA免疫沉淀测序(RIP-seq),分析FUS结合位点及富集序列。
确认FUS通过直接结合调控MDM2外显子3的包含。
通过RT-PCR、qPCR、RNA FISH、RIP-qPCR和小基因剪接实验验证FUS对MDM2外显子3剪接的调控,并构建FUS功能域突变体分析结合特异性。
评估FUS敲低或过表达对肿瘤生长的影响以及ASO的治疗效果。
将GH3或MMQ细胞稳定转染shNC/shFUS或FUS过表达后皮下注射裸鼠,测量肿瘤体积和重量,进行IHC分析;ASO治疗通过瘤内注射进行。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Ham's F-12K培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| DMEM/F-12培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 马血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| B-27添加剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| N-2添加剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 表皮生长因子 | PeproTech | -- | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | PeproTech | -- | |
| GlutaMAX添加剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞转染 | 脂质体2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 小干扰RNA | GenePharma | -- | |
| X-tremeGEN HP转染试剂 | Roche | -- | |
| PCR | Taq Pro通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- |
| 2× Taq预混液 | Vazyme | P222-03-AA | |
| 探针法预混液 | Vazyme | QN114-01 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| Cell-Light EdU Apollo567体外检测试剂盒 | RiboBio | -- | |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶 | BD Biosciences | -- |
| Annexin V-FITC/PI试剂盒 | BD Biosciences | -- | |
| JC-1试剂盒 | Beyotime | -- | |
| Fortessa流式细胞仪 | BD | -- | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫组织化学 | 抗FUS抗体 | Proteintech | 11570-1-AP |
| 抗Ki67抗体 | Proteintech | 28074-1-AP | |
| 抗MDM2抗体 | Cell Signaling Technology | 2524S | |
| 抗P53抗体 | Cell Signaling Technology | 51541S | |
| 抗BAX抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| 免疫沉淀 | 抗泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 3936S |
| 抗FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 8146S | |
| 对照IgG | Abcam | ab172730 | |
| Western blot | 抗FUS抗体 | Proteintech | 11570-1-AP |
| 抗MDM2抗体 | Cell Signaling Technology | 2524S | |
| 抗P53抗体 | Cell Signaling Technology | 51541S | |
| 抗BAX抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 抗FLAG抗体 | Cell Signaling Technology | 8146S | |
| 免疫荧光 | 抗鬼笔环肽抗体 | Abcam | ab176757 |
| 抗FUS抗体 | Proteintech | 11570-1-AP | |
| 抗SC-35抗体 | Abcam | ab11826 | |
| RNA免疫沉淀 | EZ-Magna RIP试剂盒 | Merck Millipore | 17-701 |
| 抗FUS抗体 | Proteintech | 11570-1-AP | |
| DNA合成 | MOE修饰的反义寡核苷酸 | Beijing DIA-UP Biotechnology Co, Ltd | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分、血清浓度 阅读提示:Methods 'Cell culture' |
| FUS敲低 | siRNA序列、转染试剂、浓度、处理时间 阅读提示:Methods 'Vector construction and transfection' |
| 细胞增殖检测 | CCK-8检测时间点、EdU试剂盒 阅读提示:Methods 'Cell proliferation assays' |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V/PI染色、JC-1染色步骤 阅读提示:Methods 'Flow cytometry' |
| 转录组分析 | 测序平台、差异表达阈值、剪接事件筛选参数 阅读提示:Methods 'RNA sequencing and bioinformatics analysis' |
| RIP-seq | 抗体、磁珠、洗涤次数、蛋白酶K处理 阅读提示:Methods 'RNA immunoprecipitation (RIP) assay' |
| 小基因剪接实验 | 载体构建、转染试剂、处理时间 阅读提示:Methods 'Minigene assay' |
| 动物实验 | 小鼠品系、年龄、细胞注射数量、ASO剂量和处理频率 阅读提示:Methods 'Nude mouse xenograft model' |