建立IIR体内模型和HR体外模型
模拟肠缺血再灌注损伤,为后续机制研究提供实验基础。
小鼠夹闭肠系膜上动脉45分钟再灌注2小时;Caco-2细胞置于缺氧环境(1% O2, 5% CO2, 94% N2)12小时,复氧4小时。
Mitochondrial DNA release via mPTP and BAX/BAK drives inflammatory injury in intestinal ischemia reperfusion.
包含体内IIR小鼠模型和体外Caco-2细胞HR模型,并通过siRNA敲低、蛋白交联、亚细胞分离、mtDNA缺失等实验进行功能验证和机制验证。
雄性C57BL/6J小鼠IIR模型 Caco-2细胞缺氧复氧(HR)模型
IIR模型:夹闭肠系膜上动脉45分钟,再灌注2小时 CsA剂量:5 mg/kg腹腔注射(小鼠),1 μM处理(细胞) MSN-125剂量:5 mg/kg腹腔注射(小鼠) HR条件:缺氧12小时(1% O2),复氧4小时 EtBr处理浓度:1 μg/mL,持续2周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟肠缺血再灌注损伤,为后续机制研究提供实验基础。
小鼠夹闭肠系膜上动脉45分钟再灌注2小时;Caco-2细胞置于缺氧环境(1% O2, 5% CO2, 94% N2)12小时,复氧4小时。
确认IIR模型成功建立并引发炎症,为后续研究提供表型基础。
通过HE染色、Occludin表达检测、RNA-seq、RT-qPCR和ELISA评估肠道结构损伤和炎症因子(IL-1β、IL-6)水平。
确定mtDNA是否在IIR中释放并作为炎症驱动因素。
检测血浆和胞质中mtDNA水平;通过TFAM过表达或EtBr耗竭mtDNA观察对炎症因子表达的影响;腹腔注射mtDNA或nDNA观察炎症反应。
验证MCU是否通过钙超载触发mPTP开放。
检测MCU表达和线粒体钙水平;使用siRNA敲低MCU,观察mPTP开放程度和胞质mtDNA水平。
确定BAX/BAK寡聚化是否在HR诱导的MOMP中发挥作用,并促进mtDNA释放。
通过BMH交联检测BAX/BAK寡聚化;使用siRNA同时敲低BAX和BAK,观察对mtDNA释放的影响。
确定mPTP和BAX/BAK在mtDNA释放中的顺序和独立性。
通过Co-IP检测mPTP与BAX/BAK的相互作用;用蛋白酶K处理分离IMS,检测mtDNA在IMS中的含量。
评估抑制mPTP或BAX/BAK是否能减轻IIR引起的肠道损伤和炎症。
在IIR小鼠模型中腹腔注射CsA或MSN-125,检测肠道病理损伤、线粒体形态、mtDNA释放和炎症因子水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 环孢素A | MCE | HY-B0579 |
| MSN-125 | MCE | HY-120079 | |
| 线粒体和核DNA提取 | 组织线粒体分离试剂盒 | Beyotime | C3606 |
| DNA提取 | 基因组DNA提取试剂盒 | Beyotime | D0063 |
| 细胞培养 | MEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| mtDNA耗竭 | 尿苷 | Yuanye | S18067 |
| 溴化乙锭 | Thermo Fisher | 15585011 | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Beyotime | R0027 |
| 逆转录 | ABScript III RT预混液(用于qPCR) | ABclonal | RK20428 |
| qPCR检测 | Lightcycler 4800II | Roche | -- |
| ELISA | IL-1β和IL-6 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher | 88-7013A-88, |
| 生化分析 | 全自动生化分析仪 | Olympus | -- |
| LD检测 | 乳酸脱氢酶比色检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bio | A019-2-1 |
| MDA检测 | 脂质过氧化检测试剂盒 | Beyotime | S0131S |
| 亚细胞分离 | 毛地黄皂苷 | Beyotime | ST1272 |
| mPTP检测 | mPTP检测试剂盒 | Beyotime | C2009S |
| 线粒体标记 | Mito-Tracker Red CMXRos | Beyotime | C1035 |
| 线粒体钙检测 | Rhod-2/AM | Thermo Fisher | R1244 |
| 线粒体标记 | Mito-Tracker Green | Beyotime | C1048 |
| 核染色 | Hoechst 33258 | Beyotime | C1011 |
| 慢病毒过表达 | 慢病毒(ZsGreen-Puro)/CMV-c3×FLAG-Tfam | Nanjing Kreis Biotechnology | -- |
| 慢病毒(ZsGreen-Puro)/CMV-NC | Nanjing Kreis Biotechnology | -- | |
| siRNA转染 | Rfect V2 siRNA转染试剂 | BIOG | 11042 |
| 蛋白质交联 | BMH | Thermo Fisher Scientific | 22330 |
| DSS | Thermo Scientific | A39267 | |
| 非还原上样缓冲液 | 非还原上样缓冲液 | Servicebio | G2030-1ML |
| 免疫共沉淀 | NP40 | Abclonal Technology | RM00022 |
| 蛋白A/G磁珠 | ABclonal Technology | RM02915 | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0009 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗体 | 抗BAX抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig |
| 抗BAK抗体 | Cell Signaling Technology | 12105 | |
| 抗MCU抗体 | Cell Signaling Technology | 14997S | |
| 抗Occludin抗体 | Cell Signaling Technology | 91131 | |
| 抗TFAM抗体 | Proteintech | 22586-1-AP | |
| 抗COX IV抗体 | Cell Signaling Technology | 4850 | |
| 抗VDAC1抗体 | Beyotime | AF1027 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 抗DNA抗体 | Sigma | AC-30-10 | |
| 抗TOM20抗体 | Cell Signaling Technology | 42406 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0038 |
| 免疫共沉淀 | CypD抗体 | Proteintech | 12716-1-AP |
| ANT1抗体 | Proteintech | 15997-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| IIR小鼠模型 | 雄性C57BL/6J小鼠,9-12周龄,体重20-25g;缺血45分钟,再灌注2小时;夹闭肠系膜上动脉 阅读提示:Methods:IIR model and drug treatment |
| 药物处理(小鼠) | CsA剂量5 mg/kg、MSN-125剂量5 mg/kg、腹腔注射,于术前30分钟给药;对照组注射DMSO 阅读提示:Methods:IIR model and drug treatment |
| 细胞HR模型 | Caco-2细胞;缺氧条件:5% CO2, 1% O2, 94% N2,12小时;复氧4小时;培养基含20% FBS 阅读提示:Methods:Cellular hypoxia reoxygenation (HR) model and drug treatment |
| mPTP抑制(细胞) | CsA浓度1 µM,缺氧建模前1小时加入 阅读提示:Methods:Cellular hypoxia reoxygenation (HR) model and drug treatment |
| mtDNA耗竭 | EtBr浓度1 µg/mL,处理2周;培养基添加1 mM丙酮酸钠和50 µg/mL尿苷 阅读提示:Methods:Ethidium bromide (EtBr) induced mtDNA depletion model |
| 线粒体钙检测 | Rhod-2/AM浓度2.5 µM,孵育30分钟 阅读提示:Methods:Mitochondrial calcium detection |
| 蛋白质交联 | BMH浓度0.2 mM,室温45分钟;DSS浓度2 mM,室温30分钟 阅读提示:Methods:Protein crosslinking assay |
| 统计方法 | 独立样本t检验或单/双因素方差分析,Tukey事后检验;P<0.05认为显著 阅读提示:Methods:Statistical analysis |