单细胞转录组分析鉴定SMN在肥大软骨细胞中的表达
探究SMN在肥大软骨细胞中的表达模式及其与成骨分化的关联
分析公开的scRNA-seq数据集(GSE190616和GSE179148),包含E16.5和2月龄的Col10a1Cre;Rosa26fs-tdTomato小鼠的tdTomato+细胞,进行聚类、轨迹分析和GO富集。
SMN deficiency inhibits endochondral ossification via promoting TRAF6-induced ubiquitination degradation of YBX1 in spinal muscular atrophy.
包含scRNA-seq、RNA-seq、质谱、体外细胞实验、条件敲除与过表达小鼠模型及ASO治疗验证等多层级证据。
SMA小鼠模型(Smn1−/−,SMN22TG/0) ATDC5软骨细胞系 Smn1软骨细胞条件敲低(Smn1-cKD)小鼠 Smn1软骨细胞条件过表达(Smn1-cOE)SMA小鼠
SMA小鼠模型基因型(Smn1−/−,SMN22TG/0) P0、P4、P7三个时间点的骨发育表型分析 ASO10-29给药剂量(90 mg/kg,P0-P1皮下注射两次) AAV9病毒注射剂量(2×10^11 vg/g,逆行眶后注射) CHX追踪实验中CHX浓度(50 μg/mL)和处理时间(0-10 h)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究SMN在肥大软骨细胞中的表达模式及其与成骨分化的关联
分析公开的scRNA-seq数据集(GSE190616和GSE179148),包含E16.5和2月龄的Col10a1Cre;Rosa26fs-tdTomato小鼠的tdTomato+细胞,进行聚类、轨迹分析和GO富集。
评估SMN缺乏对出生后骨发育的影响
对SMA和Het小鼠在P0、P4、P7进行骨架染色、形态测量、Western blot和免疫荧光分析。
检测SMN缺乏对生长板结构的影响
对生长板切片进行HE、SF、VK染色,测量肥大区面积、高度、细胞大小和密度,以及钙化比例。
鉴定SMN缺乏引起的基因表达和选择性剪接变化
对P4 SMA和Het小鼠的生长板软骨进行bulk RNA-seq,分析差异表达基因和选择性剪接事件。
寻找SMN的关键结合因子
采用质谱分析鉴定SMN结合蛋白,通过GO和Venn分析筛选候选蛋白,并验证SMN与YBX1的相互作用。
验证YBX1敲低能否重现SMA软骨中的异常表型
在ATDC5细胞中敲低Ybx1,检测软骨分化相关基因表达和剪接变化。
阐明SMN缺乏导致YBX1降解的分子机制
通过CHX追踪、MG132处理、Co-IP和C25-140处理,验证TRAF6介导的YBX1泛素化降解。
证明软骨细胞中SMN表达对软骨内成骨的关键作用
通过AAV9介导的shRNA或过表达载体在WT或SMA小鼠软骨细胞中敲低或过表达Smn1,并进行组织学和micro-CT分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 16140071 | |
| 青霉素-链霉素-两性霉素B溶液 | Procell | PB180121 | |
| ATDC5细胞系 | Procell | FH0378 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| 药物处理 | C25-140 | MCE | HY-120934 |
| Western blot | PVDF膜 | Bio-Rad | 1620184 |
| 抗SMN抗体 | Abcam | ab314895 | |
| 抗YBX1抗体 | Abcam | ab76149 | |
| 抗TRAF6抗体 | CST | 67591S | |
| 抗泛素抗体 | CST | 20326S | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| Omni-ECL Femto Light化学发光试剂盒 | Epizyme | SQ201 | |
| Co-IP | 蛋白A/G PLUS-琼脂糖凝胶 | Santa Cruz | sc-2003 |
| 抗IgG抗体 | Abcam | ab6708 | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| RT-qPCR | Hiscript III逆转录酶 | Vazyme | R302-01 |
| PCR | 2× Taq Plus预混液 | Vazyme | P212-01 |
| RT-qPCR | ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q311-02/03 |
| 染色 | 阿尔辛蓝 | Sigma-Aldrich | B8438 |
| 茜素红 | Sigma-Aldrich | A5533 | |
| 免疫荧光 | Tris-EDTA抗原修复液 (pH 9.0) | Abcam | ab93684 |
| Triton-X100 | Sangon | 9002-93-1 | |
| 抗SOX9抗体 | Abcam | ab185966 | |
| 抗RUNX2抗体 | Abcam | ab192256 | |
| 抗X型胶原抗体 | Abcam | ab260040 | |
| 抗SP7抗体 | Abcam | ab209484 | |
| Alexa Fluor 488标记二抗 | Invitrogen | A-11008 | |
| Alexa Fluor 568标记二抗 | Invitrogen | A-11004 | |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | 62248 | |
| 成像 | 共聚焦显微镜 | Zeiss | LSM800 |
| RT-qPCR | QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白质检测 | GeneGnome XRQ凝胶成像分析仪 | Syngen | -- |
| 蛋白质组学 | EASY nLC-1200纳升液相色谱 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Q Exactive HF-X质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 动物实验 | AAV9-shCtrl | Genechem | -- |
| AAV9-Col2a1p-shSmn1 | Genechem | -- | |
| AAV9-Col10a1p-oeSmn1 | Genechem | -- | |
| ASO10-29反义寡核苷酸 | Genepharma | -- | |
| 动物基因分型 | 一步法小鼠基因分型试剂盒 | Vazyme | PD101-01 |
| micro-CT | NEMO显微CT系统 | PINGSENG Healthcare | NMC-200 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | SMA小鼠(Smn1−/−,SMN22TG/0)的遗传背景和SMN2拷贝数;Het对照的基因型 阅读提示:见Materials and methods: Mice and in vivo treatment,以及参考文献67 |
| 表型分析时间点 | P0、P4、P7三个时间点的选择依据;体重和体长测量 阅读提示:见Results: SMN deficiency retards bone development during postnatal growth 及图1和图S2 |
| ASO10-29治疗 | 给药剂量(90 mg/kg)、给药时间(P0-P1两次皮下注射)、分析时间(P7) 阅读提示:见Materials and methods: Antisense oligonucleotide and AAV9 treatment 及图2和图S4 |
| AAV9介导的敲低/过表达 | 病毒滴度(2×10^11 vg/g)、注射途径(逆行眶后注射)、注射时间(P1或P3)、分析时间(P9或P12) 阅读提示:见Materials and methods: Antisense oligonucleotide and AAV9 treatment 及图7和图8 |
| 细胞实验 | ATDC5细胞培养条件(DMEM+10%FBS+1%P/S/A,37°C,5%CO2);siRNA转染浓度(100 nmol/L)和质粒量(0.1 ng);C25-140处理浓度(20 μmol/L)和时间点(0-10 h) 阅读提示:见Materials and methods: Cell culture 和 CHX chase assay |
| CHX追踪实验 | CHX浓度(50 μg/mL)和处理时间(0,2,4,6,8,10 h);MG132浓度(20 μmol/L) 阅读提示:见Materials and methods: CHX chase assay 及图6c |