SMN缺乏通过促进TRAF6诱导的YBX1泛素化降解抑制脊髓性肌萎缩症中的软骨内成骨

SMN deficiency inhibits endochondral ossification via promoting TRAF6-induced ubiquitination degradation of YBX1 in spinal muscular atrophy.

作者信息Zijie Zhou, Xinbin Fan, Taiyang Xiang, Yinxuan Suo, Xiaoyan Shi, Yaoyao Li, Yimin Hua, Lei Sheng, Xiaozhong Zhou
PMID41320719
期刊Bone Res
发布时间2025-12-01
DOI10.1038/s41413-025-00473-6

实验完整度

包含scRNA-seq、RNA-seq、质谱、体外细胞实验、条件敲除与过表达小鼠模型及ASO治疗验证等多层级证据。

主要模型

SMA小鼠模型(Smn1−/−,SMN22TG/0) ATDC5软骨细胞系 Smn1软骨细胞条件敲低(Smn1-cKD)小鼠 Smn1软骨细胞条件过表达(Smn1-cOE)SMA小鼠

重点核对

SMA小鼠模型基因型(Smn1−/−,SMN22TG/0) P0、P4、P7三个时间点的骨发育表型分析 ASO10-29给药剂量(90 mg/kg,P0-P1皮下注射两次) AAV9病毒注射剂量(2×10^11 vg/g,逆行眶后注射) CHX追踪实验中CHX浓度(50 μg/mL)和处理时间(0-10 h)

摘要

运动神经元存活(SMN)蛋白由SMN1基因编码,是所有组织中必需且广泛表达的蛋白。既往研究表明SMN缺乏损害骨发育,但其异常软骨内成骨的潜在机制仍不清楚。在此,我们通过分析肥大软骨细胞的单细胞RNA测序数据,显示SMN通过调控RNA剪接和蛋白质降解参与肥大软骨细胞分化。值得注意的是,在Smn1缺失的严重脊髓性肌萎缩症(SMA)小鼠模型和Smn1软骨细胞条件敲低小鼠中,SMN缺失导致侏儒症并延迟软骨内成骨。组织学分析显示,SMN缺乏扩大了生长板中肥大软骨细胞的区域,但延迟了从肥大区向骨化区的转变。通过对出生后第4天SMA小鼠生长板软骨的RNA测序,鉴定了软骨内成骨相关基因表达和选择性剪接谱的广泛变化。重要的是,基于质谱的蛋白质组学分析阐明Y-box结合蛋白1(YBX1)是SMN的关键结合因子,在SMA小鼠中降低。YBX1敲低重现了SMA生长板软骨中观察到的异常基因表达和剪接变化。比较SMN和YBX1的结合蛋白揭示了TNF受体相关因子6(TRAF6),其促进YBX1的泛素化降解。通过在WT小鼠软骨细胞中条件性删除Smn1和在SMA小鼠软骨细胞中过表达Smn1,我们证明了软骨细胞中SMN的表达对肥大软骨细胞介导的软骨内成骨至关重要。总之,这些结果表明SMN缺乏通过促进SMA小鼠生长板软骨中TRAF6诱导的YBX1泛素化降解,导致系统性骨发育不良综合征。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
SMN缺乏如何导致SMA中的软骨内成骨异常?
核心机制
SMN缺乏增强TRAF6与YBX1的相互作用,促进YBX1的泛素化降解,进而导致软骨内成骨相关基因的异常剪接和表达,抑制肥大软骨细胞分化和骨化。
主要证据
在SMA和Smn1-cKD小鼠中观察到生长板肥大区扩大、矿化延迟等表型;质谱和Co-IP证明SMN与YBX1、TRAF6相互作用;CHX/MG132实验证实YBX1经泛素-蛋白酶体途径降解;ASO10-29和条件过表达Smn1可逆转缺陷。
研究意义
该研究阐明SMN在软骨内成骨中的新机制,为理解SMA骨发育异常的分子基础提供依据,可能有助于改善SMA患者的生活质量。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

单细胞转录组分析鉴定SMN在肥大软骨细胞中的表达

探究SMN在肥大软骨细胞中的表达模式及其与成骨分化的关联

分析公开的scRNA-seq数据集(GSE190616和GSE179148),包含E16.5和2月龄的Col10a1Cre;Rosa26fs-tdTomato小鼠的tdTomato+细胞,进行聚类、轨迹分析和GO富集。

2

SMA小鼠模型骨发育表型分析

评估SMN缺乏对出生后骨发育的影响

对SMA和Het小鼠在P0、P4、P7进行骨架染色、形态测量、Western blot和免疫荧光分析。

3

生长板组织学分析

检测SMN缺乏对生长板结构的影响

对生长板切片进行HE、SF、VK染色,测量肥大区面积、高度、细胞大小和密度,以及钙化比例。

4

RNA-seq和剪接分析

鉴定SMN缺乏引起的基因表达和选择性剪接变化

对P4 SMA和Het小鼠的生长板软骨进行bulk RNA-seq,分析差异表达基因和选择性剪接事件。

5

质谱鉴定SMN相互作用蛋白

寻找SMN的关键结合因子

采用质谱分析鉴定SMN结合蛋白,通过GO和Venn分析筛选候选蛋白,并验证SMN与YBX1的相互作用。

6

YBX1功能验证

验证YBX1敲低能否重现SMA软骨中的异常表型

在ATDC5细胞中敲低Ybx1,检测软骨分化相关基因表达和剪接变化。

7

机制研究:SMN缺乏促进YBX1泛素化降解

阐明SMN缺乏导致YBX1降解的分子机制

通过CHX追踪、MG132处理、Co-IP和C25-140处理,验证TRAF6介导的YBX1泛素化降解。

8

体内功能验证:软骨细胞特异性Smn1敲低和过表达

证明软骨细胞中SMN表达对软骨内成骨的关键作用

通过AAV9介导的shRNA或过表达载体在WT或SMA小鼠软骨细胞中敲低或过表达Smn1,并进行组织学和micro-CT分析。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Gibco11965092
胎牛血清Gibco16140071
青霉素-链霉素-两性霉素B溶液ProcellPB180121
ATDC5细胞系ProcellFH0378
Lipofectamine 3000转染试剂InvitrogenL3000001
C25-140MCEHY-120934
PVDF膜Bio-Rad1620184
抗SMN抗体Abcamab314895
抗YBX1抗体Abcamab76149
抗TRAF6抗体CST67591S
抗泛素抗体CST20326S
抗GAPDH抗体Proteintech60004-1-Ig
Omni-ECL Femto Light化学发光试剂盒EpizymeSQ201
蛋白A/G PLUS-琼脂糖凝胶Santa Cruzsc-2003
抗IgG抗体Abcamab6708
Trizol试剂Invitrogen15596026
Hiscript III逆转录酶VazymeR302-01
2× Taq Plus预混液VazymeP212-01
ChamQ SYBR qPCR预混液VazymeQ311-02/03
阿尔辛蓝Sigma-AldrichB8438
茜素红Sigma-AldrichA5533
Tris-EDTA抗原修复液 (pH 9.0)Abcamab93684
Triton-X100Sangon9002-93-1
抗SOX9抗体Abcamab185966
抗RUNX2抗体Abcamab192256
抗X型胶原抗体Abcamab260040
抗SP7抗体Abcamab209484
Alexa Fluor 488标记二抗InvitrogenA-11008
Alexa Fluor 568标记二抗InvitrogenA-11004
DAPIThermo Fisher Scientific62248
共聚焦显微镜ZeissLSM800
QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统Thermo Fisher Scientific--
GeneGnome XRQ凝胶成像分析仪Syngen--
EASY nLC-1200纳升液相色谱Thermo Fisher Scientific--
Q Exactive HF-X质谱仪Thermo Fisher Scientific--
AAV9-shCtrlGenechem--
AAV9-Col2a1p-shSmn1Genechem--
AAV9-Col10a1p-oeSmn1Genechem--
ASO10-29反义寡核苷酸Genepharma--
一步法小鼠基因分型试剂盒VazymePD101-01
NEMO显微CT系统PINGSENG HealthcareNMC-200

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
动物模型
SMA小鼠(Smn1−/−,SMN22TG/0)的遗传背景和SMN2拷贝数;Het对照的基因型
阅读提示:见Materials and methods: Mice and in vivo treatment,以及参考文献67
表型分析时间点
P0、P4、P7三个时间点的选择依据;体重和体长测量
阅读提示:见Results: SMN deficiency retards bone development during postnatal growth 及图1和图S2
ASO10-29治疗
给药剂量(90 mg/kg)、给药时间(P0-P1两次皮下注射)、分析时间(P7)
阅读提示:见Materials and methods: Antisense oligonucleotide and AAV9 treatment 及图2和图S4
AAV9介导的敲低/过表达
病毒滴度(2×10^11 vg/g)、注射途径(逆行眶后注射)、注射时间(P1或P3)、分析时间(P9或P12)
阅读提示:见Materials and methods: Antisense oligonucleotide and AAV9 treatment 及图7和图8
细胞实验
ATDC5细胞培养条件(DMEM+10%FBS+1%P/S/A,37°C,5%CO2);siRNA转染浓度(100 nmol/L)和质粒量(0.1 ng);C25-140处理浓度(20 μmol/L)和时间点(0-10 h)
阅读提示:见Materials and methods: Cell culture 和 CHX chase assay
CHX追踪实验
CHX浓度(50 μg/mL)和处理时间(0,2,4,6,8,10 h);MG132浓度(20 μmol/L)
阅读提示:见Materials and methods: CHX chase assay 及图6c