ASPN表达分析
评估ASPN在泛癌和正常组织中的表达差异。
使用TIMER2.0、SangerBox和HPA数据库分析ASPN mRNA和蛋白表达。
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探索ASPN作为泛癌生物标志物，重点关注胃癌
Exploring ASPN as a pan-cancer biomarker with a focus on gastric cancer.
实验完整度
高包含多数据库生物信息学分析、单细胞分析及体外细胞功能实验（敲低、增殖、迁移、侵袭、凋亡和蛋白检测），多个独立证据层级。
主要模型
胃癌细胞系HGC-27、AGS TCGA和GTEx泛癌数据队列 胃癌和前列腺癌组织样本（IHC）
重点核对
ASPN在胃癌细胞系中的表达水平（RT-qPCR） siRNA敲低效率验证（RT-qPCR和WB） CCK-8细胞活力检测（24、48、72小时） Transwell迁移和侵袭实验（8-μm孔径，24小时） 流式细胞术凋亡检测（PI和FITC染色）
摘要
背景：癌症仍然是全球死亡的主要原因，对公共卫生构成严重威胁。ASPN蛋白已成为某些癌症的关键角色；然而，其精确机制和调控作用仍不明确。方法：我们探讨了ASPN在各种癌症中的表达及其预后意义。使用京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）进行功能富集分析。检查了ASPN表达与免疫细胞浸润、免疫检查点基因、微卫星不稳定性（MSI）、肿瘤突变负担（TMB）、药物敏感性、启动子甲基化和肿瘤突变类型等因素之间的关联。最后，使用RT-qPCR、WB、Cell Counting Kit-8、Transwell、划痕和流式细胞术检测了ASPN在胃腺癌（STAD）中的功能，重点关注ASPN对细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。结果：ASPN在多种癌症中高表达，高表达与较差的预后相关。基因富集分析表明ASPN参与多种细胞通路，并与免疫细胞浸润、TMB和MSI相关。单细胞分析显示ASPN主要在成纤维细胞中表达，ASPN突变主要为错义突变。siRNA敲低ASPN后，CCK-8实验和伤口愈合实验显示胃癌细胞活力及迁移能力受到抑制，Transwell实验显示两种胃癌细胞系的迁移和侵袭能力降低。与细胞凋亡结果一致，降低ASPN提高了两种胃癌细胞的凋亡率。ASPN抑制导致促凋亡的BAX和cleaved Caspase-3上调，抗凋亡的BCL2下调。这些发现表明ASPN促进胃癌的侵袭性。结论：ASPN在多种癌症中的高表达与较差的预后相关，凸显其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力，尤其是在胃癌中。补充信息：在线版本包含补充材料，可在10.1007/s12672-025-03978-y获取。关键词：ASPN，泛癌，预后，STAD
实验结论
提炼研究问题、关键发现与证据，快速把握文章的核心贡献。
- 研究问题
- ASPN在泛癌中的表达、预后意义及在胃癌中的功能机制是什么？
- 核心机制
- ASPN通过上调BAX、cleaved Caspase-3，下调BCL2，促进胃癌细胞增殖、迁移和侵袭，抑制凋亡。
- 主要证据
- 基于TCGA、GTEx、HPA等多数据库分析及体外实验，在胃癌细胞系中敲低ASPN后，CCK-8、划痕、Transwell和流式实验显示细胞活力、迁移、侵袭能力下降，凋亡率升高，WB验证凋亡相关蛋白变化。
- 研究意义
- ASPN可能作为多种癌症的预后生物标志物和潜在治疗靶点，尤其是在胃癌中。
研究路径
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预后分析
评估ASPN表达与患者生存预后的关联。
使用GEPIA2进行OS和DFS分析，并使用Kaplan-Meier曲线分析STAD中的OS、FP和PPS。
功能富集分析
探索ASPN相关基因及其参与的通路。
使用LinkedOmics获取相关基因，进行GO和KEGG富集分析。
免疫微环境分析
评估ASPN表达与免疫细胞浸润、免疫检查点基因、TMB、MSI的关联。
使用SangerBox和ESTIMATE算法分析免疫评分、免疫细胞浸润、免疫检查点基因、TMB和MSI相关性。
细胞功能实验
验证ASPN对胃癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
在AGS和HGC-27细胞中siRNA敲低ASPN，进行CCK-8、划痕、Transwell和流式凋亡检测。
研究方法
按研究目的归类文中使用的方法，便于定位所需技术。
功能富集分析
蛋白表达检测
基因表达检测
产品清单
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F12培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | -- | |
| siRNA转染 | 靶向ASPN的siRNA | Hanbio | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green荧光试剂 | Vazyme | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| PMSF蛋白酶抑制剂 | Solarbio | P0100 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| ASPN一抗 | Proteintech | 27602-1-AP | |
| GAPDH一抗 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| Bcl2一抗 | Proteintech | 12789-1-AP | |
| BAX一抗 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| Caspase3一抗 | Proteintech | 25128-1-AP | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| Transwell实验 | Transwell小室（3422，8µm孔径） | Corning | 3422 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Vazyme | -- |
| 流式凋亡检测 | 异硫氰酸荧光素 | -- | -- |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| BD FACSVerse流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
关键环节
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞转染 | siRNA序列，转染试剂浓度（Lipo3000 3.75µL，siRNA 5µL per well），转染时细胞密度（60-70%），转染后孵育时间（48小时） 阅读提示：Methods：Cell transfection |
| 细胞培养 | 细胞系（HGC-27, AGS, SNU-216, MKN-28, GES-1），培养基（F12或RPMI 1640），培养条件（37°C，5% CO2） 阅读提示：Methods：Cell culture and RT-qPCR |
| RT-qPCR | 引物序列，内参基因（β-actin），SYBR Green试剂 阅读提示：Methods：Cell culture and RT-qPCR，补充表1 |
| Western blot | 抗体信息（ASPN、GAPDH、Bcl2、BAX、Caspase3），裂解液（RIPA），蛋白酶抑制剂（PMSF），PVDF膜 阅读提示：Methods：Western blotting |
| 细胞增殖和迁移实验 | CCK-8检测时间点（24,48,72h），划痕实验时间点（0,24h），Transwell实验细胞数（2×10^4），孔径（8µm），孵育时间（24h） 阅读提示：Methods：Wound healing assay, Cell invasion, proliferation, and migration assays |
| 流式凋亡检测 | 染料用量（10µL PI，5µL FITC），孵育时间（5分钟），仪器（BD FACSVerse） 阅读提示：Methods：Flow cytometry apoptosis assay |