生物信息学分析SORCS2表达及功能预测
评估SORCS2在OC中的表达差异,并预测其参与的生物学过程和通路。
利用GEPIA、GEO数据集(GSE12470、GSE18520、GSE54388)分析SORCS2表达;cBioPortal鉴定共表达基因;GO/KEGG、GSEA富集分析;GeneMANIA和STRING构建网络。
SORCS2 serves as a tumor suppressor and associates with immune infiltration in ovarian cancer.
包含生物信息学分析、临床组织样本验证、体外细胞功能实验(增殖、迁移、周期、凋亡)、T细胞共培养实验及异种移植动物模型等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
SKOV3细胞系(SORCS2过表达) OVCAR3细胞系(SORCS2敲低) BALB/c裸鼠异种移植模型 卵巢癌患者组织样本(96对)
SORCS2在卵巢癌组织中的表达下调,与不良临床特征(CA125升高、淋巴结转移、低分化、晚期FIGO分期)相关 SORCS2过表达抑制SKOV3细胞增殖和迁移,敲低则相反,需验证细胞系和转染效率 SORCS2过表达通过p21/CCNA1通路阻滞S/G2期,并通过PIDD1/CASP9促进凋亡 SORCS2过表达促进T细胞活化(CD25、CD44、CD69)及IL-2、IFN-γ、TNF-α释放 SORCS2过表达在BALB/c裸鼠异种移植模型中抑制肿瘤生长(肿瘤体积和重量)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估SORCS2在OC中的表达差异,并预测其参与的生物学过程和通路。
利用GEPIA、GEO数据集(GSE12470、GSE18520、GSE54388)分析SORCS2表达;cBioPortal鉴定共表达基因;GO/KEGG、GSEA富集分析;GeneMANIA和STRING构建网络。
验证SORCS2在OC组织中的表达及其与临床病理特征和患者预后的关系。
收集96例OC及癌旁组织,通过RT-qPCR(25对)和IHC(96对)检测表达;根据H评分分组;Kaplan-Meier和Cox回归分析预后。
评估SORCS2对OC细胞增殖、迁移、周期和凋亡的影响。
在SKOV3细胞中稳定过表达SORCS2,在OVCAR3细胞中用siRNA敲低;进行CCK-8、克隆形成、Transwell迁移、流式细胞术(周期和凋亡)。
探讨SORCS2对T细胞活化和免疫因子释放的影响。
将SKOV3(过表达或对照)与活化的T细胞共培养5天,收集T细胞和上清液,用Western blot检测T细胞活化标志物,ELISA检测免疫因子。
评估SORCS2过表达对OC细胞体内肿瘤生长的影响。
将SKOV3/SORCS2-OV或对照细胞皮下注射到BALB/c裸鼠,监测肿瘤体积和重量,并进行IHC和TUNEL染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Servicebio | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | H9268 | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778150 | |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | -- | |
| T细胞共培养 | Ficoll-Paque PLUS分离液 | Yuningwei Biotechnology | -- |
| Dynabeads™ Untouched™人T细胞分离试剂盒 | Thermo Fisher | 11344D | |
| Dynabeads™人T细胞活化磁珠CD3/CD28 | Thermo Fisher | 11131D | |
| 细胞功能实验 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| PI/RNase染色缓冲液 | Servicebio | -- | |
| Annexin V-FITC凋亡检测试剂 | Servicebio | -- | |
| 流式分析 | Novocyte D2060R流式细胞仪 | Agilent | -- |
| 分子实验 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| SYBR Green混合液 | Servicebio | -- | |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 快速封闭液 | Servicebio | -- | |
| Amersham Imager 680成像系统 | Cytiva | -- | |
| IHC | AIPATHWELL软件 | Servicebio | -- |
| ELISA | 人IL-2 ELISA试剂盒 | Solarbio | SEKH-0008 |
| 人IFN-γ ELISA试剂盒 | Solarbio | SEKH-0046 | |
| 人TNF-α ELISA试剂盒 | Solarbio | SEKH-0047 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 数据来源(GEPIA、GEO数据集)、分析标准(|Spearman|>0.5,P<0.05)、GSEA阈值(FDR<0.05) 阅读提示:Methods 'Bioinformatic data and analysis' |
| 临床样本验证 | 样本量(96对)、随访时间(中位28.5个月)、分组依据(H评分中位数)、免疫组化评分标准 阅读提示:Methods 'OC tissue sample acquisition and patient follow-up' |
| 细胞功能实验 | 细胞系(SKOV3、OVCAR3)、转染方法(过表达载体、siRNA浓度)、检测时间(0/24/48/72h,10天,24h)、接种密度 阅读提示:Methods 'Cell culture and transfection' 和 'In vitro functional experiments' |
| T细胞共培养 | T细胞分离和活化方法、共培养比例(5:1)、共培养时间(5天)、检测指标(CD25、CD44、CD69、IL-2、IFN-γ、TNF-α) 阅读提示:Methods 'T cell co-culture experiment' |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(8周)、性别(雌性)、每组样本量(6)、细胞注射量(5×10⁵)、实验周期(5周)、伦理批准号(2024-484-01) 阅读提示:Methods 'Animal experiments' |