生信分析鉴定ITGB4与PD-L1的相关性
探究在顺铂耐药背景下,ITGB4是否与PD-L1表达相关。
通过分析CAMs相关基因集和PD-L1调控基因集的交集,鉴定出ITGB4;随后在GSE268855和TCGA-BLCA数据库中分析ITGB4与PD-L1表达的相关性。
Integrin β4 drives immune evasion and therapeutic resistance to PD-1 blockade in bladder cancer via MEK/ERK signaling.
包含体外细胞实验、体内小鼠模型、生物信息学分析等至少两个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
人膀胱癌细胞系HT-1376和5637 小鼠膀胱癌细胞系MB49 C57BL/6小鼠皮下移植瘤模型 BALB/c-nu/nu裸鼠异种移植瘤模型
ITGB4敲低或过表达对PD-L1表达的影响(HT-1376, 5637细胞) ITGB4 Y1510A突变对MEK/ERK/c-Jun通路磷酸化的影响 ERK抑制剂LY3214996(2 μM)处理对PD-L1表达的影响 在MB49小鼠模型中,ITGB4敲低联合抗PD-1(10 mg/kg)对肿瘤生长和CD8+ T细胞浸润的影响 ITGB4表达对enfortumab vedotin(2 nM)处理下细胞活力和凋亡的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究在顺铂耐药背景下,ITGB4是否与PD-L1表达相关。
通过分析CAMs相关基因集和PD-L1调控基因集的交集,鉴定出ITGB4;随后在GSE268855和TCGA-BLCA数据库中分析ITGB4与PD-L1表达的相关性。
验证ITGB4表达水平变化是否影响PD-L1的mRNA和蛋白水平。
在HT-1376和5637细胞中,通过shRNA敲低ITGB4或过表达ITGB4质粒,使用Western blot和RT-qPCR检测PD-L1表达。
评估ITGB4沉默是否增强PD-1阻断在BLCA中的抗肿瘤效果。
将感染shControl或shItgb4的MB49细胞皮下注射到C57BL/6小鼠中,用抗PD-1(10 mg/kg)或IgG处理三次,测量肿瘤体积并通过免疫荧光检测CD8+ T细胞浸润。
阐明ITGB4调控PD-L1表达的分子机制。
通过KEGG富集分析发现MAPK通路激活;在HT-1376和5637细胞中敲低或过表达ITGB4,检测MEK1、ERK1/2和c-Jun的磷酸化水平;并用Y1510A突变体验证其必要性。
验证MEK/ERK通路是ITGB4调控PD-L1所必需。
用ERK抑制剂LY3214996处理细胞,观察对PD-L1表达的影响;在MB49小鼠模型中,联合ERK抑制剂和抗PD-1治疗,评估抗肿瘤效果。
探索ITGB4与ADC药物靶点NECTIN4表达的关系。
通过RNA-Seq和DepMap数据库分析ITGB4与NECTIN4的相关性;在细胞中敲低或过表达ITGB4,检测NECTIN4的表达;并通过组织微阵列进行IHC验证。
验证ITGB4是否影响膀胱癌细胞对enfortumab vedotin的敏感性。
在HT-1376和5637细胞中敲低或过表达ITGB4,用CCK-8和Annexin V-PI实验检测药物敏感性;通过裸鼠异种移植模型验证体内效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | LY3214996 | Selleck | S8534 |
| 抗体治疗 | 帕博利珠单抗(抗PD-1) | Selleck | A2005 |
| 药物处理 | 恩诺单抗维多汀(Padcev) | Selleck | D4053 |
| Western blot | 抗ITGB4抗体 | Proteintech | 21738-1-AP |
| 抗p-ITGB4(Y1510)抗体 | Immunoway | YP0755 | |
| 抗MEK-1抗体 | Immunoway | YM8273 | |
| 抗p-MEK-1 (T386)抗体 | Immunoway | YP0425 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Immunoway | YM8336 | |
| 抗p-ERK1/2 (T202/T204)抗体 | Immunoway | YM8452 | |
| 抗c-Jun抗体 | Immunoway | YM8321 | |
| 抗p-c-Jun (S63)抗体 | Proteintech | 28907-1-AP | |
| 抗PD-L1抗体 | Proteintech | 28076-1-AP | |
| 抗NECTIN4抗体 | Proteintech | 21903-1-AP | |
| 抗HER2抗体 | Proteintech | 18299-1-AP | |
| 抗TROP2抗体 | Proteintech | 27360-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell Life Science & Technology | PM150210 |
| RPMI-1640培养基 | Procell Life Science & Technology | PM150110 | |
| 胎牛血清 | Procell Life Science & Technology | 164210-500 | |
| 青霉素-链霉素 | Procell Life Science & Technology | PB180120 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013 |
| ECL检测试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ChemiDoc XRS成像系统 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| 免疫组织化学 | 组织微阵列玻片 | Avilabio | KD1921 |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara Bio Inc. | RR037A | |
| TB Green快速qPCR预混液 | Takara Bio Inc. | RR430A | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂 | Beyotime | C0037 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基种类(DMEM或RPMI-1640)、FBS和P/S浓度、培养条件(37°C,5% CO2)。 阅读提示:Methods:Cell lines and cell culture |
| 基因敲低/过表达 | 转染试剂(Lipofectamine 2000)、质粒或shRNA序列、转染时间(72小时)、嘌呤霉素筛选浓度。 阅读提示:Methods:Cell transfection |
| 体外药物处理 | LY3214996浓度(2 μM)、处理时间(24小时);enfortumab vedotin浓度(2 nM)、处理时间(24小时)。 阅读提示:Figure legends:Figure 3, Figure 5 |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6, BALB/c-nu/nu)、年龄(6周龄)、体重(22-24 g)、细胞数量(1×10^7)、给药剂量和途径(抗PD-1 10 mg/kg腹腔注射,LY3214996 100 mg/kg口服,enfortumab vedotin 3 mg/kg静脉注射)、时间点。 阅读提示:Methods:C57BL/6 mice assay, Nude mouse xenograft assay |
| Western blot | 抗体稀释比例、蛋白上样量、膜类型(0.45μm PVDF)、封闭液等。 阅读提示:Methods:Western blot analysis |