Trunc-APC敲除细胞系的建立与转录组分析
研究敲除Trunc-APC对CRC细胞转录组的影响,特别是免疫相关通路。
使用CRISPR-Cas9在SW480和HT29细胞中敲除突变APC,进行RNA-seq和通路富集分析,并通过RT-qPCR验证I型干扰素和ISG表达变化。
Truncated APC impairs innate immune response by targeting MAVS on mitochondria in colorectal cancer.
包含细胞系敲除/敲低、转录组测序、蛋白互作、泛素化分析、线粒体定位、体外及异种移植瘤模型等多层级验证,并有功能与机制验证。
SW480细胞系 HT29细胞系 HCT116细胞系 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型
细胞系:SW480、HT29(表达Trunc-APC),HCT116(表达全长APC) CRISPR-Cas9敲除效率通过Western blot和DNA测序验证 药物处理:1 μM AZA 48 h + 500 nM TSA 24 h(体外) 动物给药:AZA 2.5 mg/kg/天×3天 + TSA 1.25 mg/kg/天×2天,重复一次 Xenograft模型中每组5只小鼠
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
研究敲除Trunc-APC对CRC细胞转录组的影响,特别是免疫相关通路。
使用CRISPR-Cas9在SW480和HT29细胞中敲除突变APC,进行RNA-seq和通路富集分析,并通过RT-qPCR验证I型干扰素和ISG表达变化。
确定Trunc-APC在线粒体的具体定位。
通过线粒体分离、蛋白酶K保护实验和免疫荧光,检测Trunc-APC的线粒体定位及其与Tom20的共定位。
鉴定Trunc-APC在线粒体上的相互作用蛋白,并验证其与MAVS的结合。
用质谱鉴定Trunc-APC相互作用蛋白,通过体内外IP、免疫荧光和临床样本验证Trunc-APC与MAVS的结合及共定位。
确定Trunc-APC和MAVS相互作用所需的结构域。
通过共转染不同截短体,用Co-IP检测Trunc-APC的1-1337、1-800、251-800、1-250变体与MAVS的相互作用,以及MAVS的ΔCARD、ΔPR、ΔTM变体与APC1-800的相互作用。
研究Trunc-APC是否影响MAVS的K63、K48、K27连接泛素化。
通过内源和外源Co-IP,使用HA-Ub突变体(K63、K48、K27)检测Trunc-APC敲除或过表达对MAVS泛素化的影响,并通过SDD-AGE检测MAVS聚集。
探究Trunc-APC是否干扰RIG-I与MAVS的结合。
通过Co-IP和PLA实验,在poly(I:C)刺激下检测过表达Trunc-APC对RIG-I-MAVS相互作用的影响。
评估AZA和TSA联合处理对Trunc-APC敲除细胞I型干扰素产生和凋亡的影响。
用AZA和TSA处理SW480对照和Trunc-APC敲除细胞,检测ISG和I型干扰素mRNA水平,通过流式细胞术检测凋亡。
在体内验证Trunc-APC敲低以及AZA和TSA联合治疗对肿瘤生长的影响。
将SW480对照和Trunc-APC敲低细胞皮下注射裸鼠,随后给予AZA和TSA治疗,测量肿瘤体积、重量,并进行IHC染色评估Ki67。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | GIBCO | C11875500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141 | |
| McCoy's 5A培养基 | Procell | PM150710 | |
| DMEM/高糖培养基 | GIBCO | C11995500BT | |
| 青霉素-链霉素 | Biosharp | BL505A | |
| CRISPR-Cas9敲除 | lentiCRISPR v2质粒 | Addgene | 52961 |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| 重组 | 嘌呤霉素 | InvivoGen | ant-pr-1 |
| 转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | 101000046 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | MCE | HY-K0301 |
| 凋亡检测 | Annexin V-APC | BioLegend | 640920 |
| Annexin V结合缓冲液 | BioLegend | 422201 | |
| DAPI染色液 | Beyotime | C1005 | |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Yeasen | 11402ES60 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | Takara | RR037A |
| SYBR Green qPCR预混液 | EZBioscience | A0012-R2 | |
| 亚细胞分级 | 核浆蛋白提取试剂盒 | TransGen | DE201 |
| 线粒体分离 | 线粒体分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 89874 |
| 免疫共沉淀 | 蛋白酶抑制剂 | CWBIO | CW2200S |
| Protein A/G磁珠 | MCE | HY-K0202 | |
| Western blot | 一步法UV成像PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Epizyme | -- |
| PVDF膜 | Roche | 3010040001 | |
| ChemiDoc Touch成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 银染和质谱 | 快速银染试剂盒 | Beyotime | P0017S |
| 邻位连接 | Duolink原位邻位连接试剂盒 | Sigma-Aldrich | DUO96010 |
| 药物处理 | 5-氮杂胞苷 | Merck | A3656 |
| MG-132 | MedChemexpress | 13259 | |
| 聚肌苷酸-聚胞苷酸 | MedChemexpress | 107202 | |
| 曲古抑菌素A | MedChemexpress | 15144 | |
| 免疫组化 | 抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 |
| DAB显色液 | Zsbio | ZLI9017 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC)、培养基种类(RPMI 1640、McCoy's 5A、DMEM)、FBS浓度(10%)、青霉素-链霉素添加 阅读提示:详见Materials and Methods中的Cell culture部分 |
| CRISPR-Cas9敲除 | sgRNA序列(补充表S2)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、筛选浓度(3 μg/mL puromycin)、单克隆培养时长(3周) 阅读提示:详见Materials and Methods中的Generation of knockout cell lines和补充表S2 |
| 药物处理 | AZA浓度(1 μM)和处理时间(48 h)、TSA浓度(500 nM)和处理时间(24 h)、联合给药顺序 阅读提示:详见Materials and Methods中的Apoptosis detection assay和Results中Figure 6A |
| 泛素化检测 | 细胞处理MG132浓度(1 μM)和时间(6 h)、细胞裂解液配方、抗体IP条件 阅读提示:详见Materials and Methods中的Western Blotting和Results中Figure 5A |
| 异种移植瘤模型 | 小鼠品系(BALB/c nu/nu)、周龄(5周)、细胞注入数量(6×10^6)、给药剂量(AZA 2.5 mg/kg/天×3天,TSA 1.25 mg/kg/天×2天)、治疗周期(28天) 阅读提示:详见Materials and Methods中的Xenograft models和Results中Figure 6E |