表达与预后分析
验证HnRNPU在COAD组织中的表达及临床意义。
利用多个数据库(TIMER2.0、TCGA、GEO、UALCAN)分析HnRNPU mRNA和蛋白表达,并通过蛋白印迹和免疫组化检测10对及组织芯片(93例COAD,85例癌旁)中HnRNPU表达,进行生存分析和ROC曲线分析。
RNA-binding protein HnRNPU regulates proliferation and ferroptosis in colon adenocarcinoma by stabilizing the mRNA of system xc.
包含细胞实验(增殖、周期、铁死亡)、RNA-seq、RIP、双荧光素酶、组织芯片、异种移植瘤等多层级验证,且明确功能验证和机制验证。
人结肠癌细胞系SW620和SW480 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 COAD患者组织样本(含组织芯片178例和新鲜配对样本10例)
HnRNPU敲低效率验证(三个shRNA) 铁死亡抑制剂(liproxstatin-1)对细胞活力的影响 RSL3处理浓度(SW620:5μM, SW480:7.5μM) mRNA稳定性实验(放线菌素D浓度6mg/ml) SLC3A2/SLC7A11过表达对表型的回复
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证HnRNPU在COAD组织中的表达及临床意义。
利用多个数据库(TIMER2.0、TCGA、GEO、UALCAN)分析HnRNPU mRNA和蛋白表达,并通过蛋白印迹和免疫组化检测10对及组织芯片(93例COAD,85例癌旁)中HnRNPU表达,进行生存分析和ROC曲线分析。
评估HnRNPU对COAD细胞增殖和细胞周期的影响。
在SW620和SW480细胞中敲低HnRNPU,通过CCK-8、EdU和集落形成实验检测增殖,通过流式细胞术检测细胞周期,通过蛋白印迹检测周期蛋白。
确定HnRNPU敲低诱导的细胞死亡类型。
对HnRNPU敲低细胞使用不同死亡抑制剂(liproxstatin-1、Z-VAD-FMK、3-MA、necrostatin-1)处理,检测细胞活力。
验证HnRNPU敲低诱导铁死亡。
检测铁死亡相关蛋白(GPX4, SLC3A2, SLC7A11, 4-HNE)表达,以及GSH水平、GSH/GSSG比值、胱氨酸摄取能力,并观察铁离子水平。
检测HnRNPU敲低是否增加COAD细胞对铁死亡诱导剂的敏感性。
用RSL3或半胱氨酸剥夺处理HnRNPU敲低细胞,检测细胞活力、MDA水平、线粒体超微结构,并用liproxstatin-1验证。
验证HnRNPU是否调控SLC7A11和SLC3A2 mRNA稳定性并直接结合。
用放线菌素D处理检测mRNA半衰期,RIP检测结合,双荧光素酶报告基因确定结合区域。
验证SLC3A2/SLC7A11过表达是否逆转HnRNPU敲低的效果。
在HnRNPU敲低细胞中过表达SLC3A2或SLC7A11,检测增殖、GSH、胱氨酸摄取、MDA和线粒体形态。
验证HnRNPU在体内对肿瘤生长和铁死亡的影响。
将对照、HnRNPU敲低、HnRNPU敲低+SLC3A2/SLC7A11过表达的SW620细胞注入裸鼠皮下,测量肿瘤体积和重量,并通过IHC检测Ki-67和4-HNE。
验证HnRNPU与SLC3A2/SLC7A11在COAD组织中的相关性。
利用FerrDb数据库分析相关性,并通过IHC和蛋白印迹检测10对样本中HnRNPU、SLC3A2、SLC7A11表达,进行Spearman相关分析及生存分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | ABSIN | abs9560 |
| RPMI 1640培养基 | ABSIN | abs9484 | |
| 青霉素-链霉素 | Epizyme Biotech | CB010 | |
| 胎牛血清 | Procell | 164210-50 | |
| 药物处理 | Liproxstatin-1 | MedChemExpress | HY-12726 |
| RSL3 | MedChemExpress | HY-100218A | |
| 3-甲基腺嘌呤 | MedChemExpress | HY-19312 | |
| Z-VAD-FMK | MedChemExpress | HY-16658B | |
| 坏死他汀-1 | MedChemExpress | HY-15760 | |
| 慢病毒转染 | G-418硫酸盐 | MedChemExpress | HY-17561 |
| 杀稻瘟菌素 | Yeasen | 3513-03-9 | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0020 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Solarbio | P1260 | |
| 蛋白质印迹 | 分子量标准 | Solarbio | RP1910 |
| 脱脂牛奶 | Biosharp | BS102 | |
| 化学发光试剂 | ZOMANBIO | ZD310 | |
| RNA提取 | RNAeasy动物RNA提取试剂盒 | -- | -- |
| 逆转录 | BeyoR Q cDNA合成试剂盒 | Beyotime | R0027/D7190M |
| RT-qPCR | SYBR Green PCR预混液 | Beyotime | D7262 |
| 无RNA酶水 | Zoman | ZS105 | |
| 细胞周期分析 | 磷酸盐缓冲液 | Solarbio | P1022 |
| PI/RNase染色缓冲液 | BD | 550825 | |
| RIP实验 | PureBinding RNA免疫沉淀试剂盒 | Geneseed | P0101 |
| 荧光素酶报告基因实验 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Beyotime | ST1723 |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio | A8020 | |
| 免疫组化 | 抗原修复液 | Beyotime | P0084 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源与培养条件(培养基类型、血清浓度、青霉素-链霉素浓度、CO2浓度和温度) 阅读提示:Methods: Cell culture and reagents |
| 慢病毒感染与稳转株构建 | 慢病毒载体(sh-HnRNPU、oeSLC3A2、oeSLC7A11)及筛选抗生素(嘌呤霉素、G-418、杀稻瘟菌素)浓度 阅读提示:Methods: Lentivirus transfection and stable cell line construction |
| 细胞增殖实验 | CCK-8检测的细胞密度、处理时间;EdU和集落形成实验的具体条件 阅读提示:Results: 图2及Methods: Cell cycle analysis |
| 细胞周期分析 | PI染色后流式细胞术检测条件 阅读提示:Methods: Cell cycle analysis |
| 铁死亡诱导与抑制 | RSL3处理浓度(SW620:5μM, SW480:7.5μM)、liproxstatin-1浓度(1μM)、Z-VAD-FMK浓度(10μM)、3-MA浓度(200μM)、处理时间(24h) 阅读提示:Results: 图3和图4 |
| mRNA稳定性检测 | 放线菌素D浓度(6mg/ml)及取样时间点 阅读提示:Methods: mRNA stability assay |
| RIP实验 | RIP试剂盒、HnRNPU抗体、磁珠,以及RT-qPCR检测的SLC3A2/SLC7A11引物 阅读提示:Methods: RIP assay |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 报告基因载体构建(5'UTR、CDS、3'UTR)及转染试剂(Lipofectamine3000)和检测系统(Promega) 阅读提示:Methods: Dual-luciferase assay |
| 免疫组化分析 | 抗体信息(HnRNPU, Ki-67, 4-HNE, SLC7A11, SLC3A2)及染色评分方法(强度×面积) 阅读提示:Methods: Immunohistochemical staining |
| 异种移植瘤模型 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、注射细胞数(6×10^6)、接种部位(右腋下)、测量频率(每3天)、实验周期(4周) 阅读提示:Methods: Xenograft model |