TP53突变与铂耐药关联分析
探究TP53错义突变与铂耐药的相关性
分析96例HGSOC肿瘤样本的TP53突变,分为原发敏感、原发耐药、复发敏感、复发耐药四组,并进行功能验证。
Distinct functional heterogeneity of TP53 R175 mutations in platinum-resistant ovarian cancer: unveiling molecular mechanisms and therapeutic targets.
包含患者样本突变分析、体外细胞功能实验、RNA-seq、ChIP-seq、IP-MS及药物抑制实验等多种证据层级。
p53-null SKOV3卵巢癌细胞 p53-null H1299肺癌细胞 OVCAR8卵巢癌细胞(内源性p53) 96例HGSOC患者样本队列
SKOV3和H1299细胞中稳定表达p53NC、p53R175H、p53R175G 顺铂处理浓度及IC50测定 OSE-127处理浓度10ng/ml CHD1敲低使用siRNA 24个DEGs筛选条件(fold change≥2, padj<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究TP53错义突变与铂耐药的相关性
分析96例HGSOC肿瘤样本的TP53突变,分为原发敏感、原发耐药、复发敏感、复发耐药四组,并进行功能验证。
比较两种突变在细胞迁移和药物耐药方面的功能差异
在p53-null SKOV3、H1299及OVCAR8细胞中稳定表达p53NC、p53R175H、p53R175G,通过CCK-8、凋亡、迁移、伤口愈合等实验检测功能。
识别p53R175G和p53R175H介导顺铂耐药的关键通路和基因
对稳定表达p53R175H或p53R175G的SKOV3和H1299细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因和富集通路。
验证IL7R在p53R175G驱动的肿瘤进展和耐药中的作用
用OSE-127抑制IL7R,通过CCK-8、迁移和伤口愈合实验评估联合顺铂的效果。
探究p53R175G和p53R175H的转录调控差异
对SKOV3和H1299细胞进行ChIP-seq,分析p53突变体的基因组结合位点和靶基因。
验证CHD1与p53R175G的特异性相互作用及其功能影响
通过Co-IP验证相互作用,用siRNA敲低CHD1,检测靶基因表达、细胞耐药和迁移能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Excell | FSD500 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | -- |
| 药物处理 | 顺铂 | Selleck | S1166 |
| APR-246 | Selleck | S7724 | |
| COTI-2 | Selleck | S8580 | |
| OSE-127 | MCE | HY-P99412 | |
| 细胞迁移 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 细胞染色 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| 凋亡检测 | Annexin V-PE凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1065L |
| 流式分析 | FACSCALBUR流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 免疫共沉淀 | 抗FLAG M2磁珠 | Sigma | M8823 |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | Millipore | IPFL00010 |
| ECL试剂 | Solarbio | -- | |
| 抗FLAG抗体 | ABclonal | AE004 | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| IL7R抗体 | ABclonal | A11678 | |
| STAT1抗体 | ABclonal | A19563 | |
| 磷酸化STAT1-Y701抗体 | ABclonal | AP0135 | |
| CHD1抗体 | Santa Cruz | -- | |
| p53抗体 | Proteintech | 10442-1-AP | |
| HRP山羊抗兔IgG | ABclonal | AS014 | |
| HRP山羊抗小鼠IgG | ABclonal | AS003 | |
| Caspase-1抗体 | Abmart | P79884R2S | |
| E-钙黏蛋白抗体 | ABclonal | A20798 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | ABclonal | A19083 | |
| 波形蛋白抗体 | ABclonal | A19607 | |
| 细胞周期蛋白E1抗体 | Proteintech | 11554-1-AP | |
| 细胞周期蛋白D1抗体 | Proteintech | 60186-1-Ig | |
| RNA提取 | NcmSpin细胞/组织总RNA提取试剂盒 | NCM | M5105 |
| 逆转录 | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR037Q |
| RT-qPCR | TB Green Premix Ex Taq II试剂盒 | Takara | RR820Q |
| Bio-Rad CFX Opus 96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告检测系统 | Promega | E1910 |
| RNA-seq | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- |
| Qubit 2.0荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| IP-MS | 蛋白酶抑制剂混合物 | Selleck | B14001 |
| 胰蛋白酶 | Promega | V5280 | |
| Pierce C18吸头 | Thermo Scientific | 87784 | |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ChIP | 微球菌核酸酶 | NEB | M0247S |
| 核糖核酸酶A | TRAN | GE101-01 | |
| 蛋白酶K | TRAN | GE201-01 | |
| PCR纯化试剂盒 | Qiagen | 28106 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、FBS浓度、培养条件 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 功能实验 | 细胞密度、药物浓度、处理时间、检测方法 阅读提示:Methods: Cell viability assay, Cell migration assay, Wound healing assay, Apoptosis assay |
| RNA-seq | 顺铂浓度、处理时间、生物重复数 阅读提示:Methods: RNA sequencing (RNA-seq) |
| ChIP-seq | 交联时间、MNase用量、抗体、测序平台 阅读提示:Methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay |
| IP-MS | 裂解缓冲液、抗体、酶解条件、质谱平台 阅读提示:Methods: Immunopurification–mass spectrometry (IP-MS) |