临床样本和公共数据分析
评估KMT2D在前列腺癌进展中的临床相关性
分析GSE35988和GSE70770数据集,比较CRPC与局限性PCa中KMT2D mRNA水平。
Histone methyltransferase KMT2D targets the SPOP-G3BP1 axis to enhance AR stability and drive castration-resistant prostate cancer progression.
包含体外细胞实验、体内小鼠移植瘤模型、临床数据(TCGA/GEO)分析,以及机制验证(泛素化、CHX追踪、CUT&Tag、ATAC-seq、CETSA)。
LNCaP细胞(激素敏感性前列腺癌细胞系) C4-2细胞(去势抵抗性前列腺癌细胞系) 22Rv1细胞(含AR-V7剪接变体的前列腺癌细胞系) C4-2皮下移植瘤裸鼠模型(去势处理)
KMT2D敲低后AR蛋白水平降低(LNCaP约0.47倍,C4-2约0.64倍) KMT2D敲低后AR半衰期缩短(CHX追踪) 泛素化水平变化(KMT2D敲低导致AR泛素化增加) SPOP敲低可恢复AR蛋白水平(KMT2D敲低后) G3BP1过表达恢复KMT2D敲低导致的AR及下游基因表达降低
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估KMT2D在前列腺癌进展中的临床相关性
分析GSE35988和GSE70770数据集,比较CRPC与局限性PCa中KMT2D mRNA水平。
确定KMT2D是否调控AR蛋白水平及其作用层面
在LNCaP、C4-2和22Rv1细胞中敲低KMT2D,检测AR蛋白和mRNA水平、AR半衰期、泛素化水平及蛋白酶体抑制作用。
阐明KMT2D调控AR稳定性所涉及的中间环节
检测KMT2D敲低后AR相关E3连接酶的表达和结合,以及G3BP1的表达;通过CUT&Tag和ATAC-seq分析G3BP1位点的表观遗传状态;通过功能回复实验验证G3BP1的作用。
评估MI-503对KMT2D功能的影响及与恩杂鲁胺的联合效果
用不同浓度MI-503处理细胞,检测AR和G3BP1蛋白水平及AR半衰期;测定MI-503的IC50,并用联合指数评估协同效应;检测联合用药对AR下游基因表达、细胞增殖和凋亡的影响。
验证MI-503联合恩杂鲁胺在体内的抗肿瘤效果
将C4-2细胞皮下接种至裸鼠,肿瘤体积约100 mm3后分组给药,定期测量肿瘤大小和体重,最终分析肿瘤重量。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| 青霉素/链霉素溶液 | Procell | 15140122 | |
| 药物处理 | 恩杂鲁胺 | MedChemExpress | SC0074 |
| MI-503 | AbMole | MI-503 | |
| MG132 | MedChemExpress | HY-13259 | |
| 二甲基亚砜 | Beyotime | ST038 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| Opti-MEM I 减血清培养基 | GIBCO | 31985-070 | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | CK04 |
| 克隆形成实验 | 磷酸盐缓冲液 | Procell | PB180523 |
| 结晶紫溶液 | Beyotime | C0121 | |
| 免疫沉淀 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MedChemExpress | HY-K0010 | |
| 磷酸酶抑制剂 | MedChemExpress | HY-K0021 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 | |
| Protein A/G琼脂糖 | MedChemExpress | HY-K0202 | |
| Western blot | SDS上样缓冲液 | Beyotime | P0015 |
| 硝酸纤维素膜 | abm | B500 | |
| 转膜缓冲液 | Beyotime | P0021A | |
| 脱脂奶粉 | Biosharp | BS102 | |
| 抗AR抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7305 | |
| 抗SKP2抗体 | Proteintech | 15010-1-AP | |
| 抗SPOP抗体 | Proteintech | 16750-1-AP | |
| 抗STUB1抗体 | Proteintech | 16750-1-AP | |
| 抗MDM2抗体 | Cell Signaling Technology | 86934S | |
| 抗泛素抗体 | ZEN BIO | 382766 | |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-47724 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | ABclonal | AS014 | |
| 增强化学发光系统 | Biosharp | BL523B | |
| 化学发光成像系统 | Tanon | 5200 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| HiScript III 一步法RT SuperMix | Vazyme | R323-01 | |
| Taq Pro Universal SYBR定量PCR预混液 | Vazyme | Q712-02 | |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1062 |
| 胰酶消化 | Beyotime | C0203 | |
| CUT&Tag | CUT&Tag检测试剂盒 | Vazyme | TD903-01 |
| DNA纯化试剂盒 | EpiCypher | 14-1001 | |
| Illumina文库制备试剂盒 | Vazyme | TD502-01 | |
| ATAC-seq | AMPure磁珠 | Beckman | A63881 |
| Qubit荧光计 | Thermo Fisher Scientific | Q32884 | |
| 动物实验 | 基质胶 | YEASEN | 40183ES08 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外细胞培养与处理 | 细胞系(LNCaP、C4-2、22Rv1)来源和培养条件、siRNA靶序列和浓度、药物处理浓度和时间(如MG132浓度、CHX浓度) 阅读提示:Materials and Methods:Cell culture and transfection,Determination of half-life of protein |
| 蛋白检测与泛素化分析 | 抗体信息(克隆号、稀释比例)、IP/WB条件、MG132对泛素化水平的影响 阅读提示:Materials and Methods:Immunoprecipitation,Western blotting;Figure 1 legend |
| 表观遗传学(CUT&Tag和ATAC-seq) | 细胞处理时间、抗体用量、测序深度、数据分析参数 阅读提示:Materials and Methods:CUT&Tag and data analysis,Preparation of ATAC-Seq library and data analysis |
| 体内动物模型 | 细胞系和数量、小鼠品系和性别、基质胶比例、去势手术时机、给药剂量和方式、分组、终点判定标准 阅读提示:Materials and Methods:Mouse model;Figure 5 legend |
| 统计与协同分析 | 统计方法(ANOVA、Bliss指数)、CI计算方法、重复次数 阅读提示:Materials and Methods:Statistical analysis |