生物信息学分析TRIM21表达及临床相关性
分析TRIM21在泛癌及PAAD中的表达水平,及其与临床参数和预后的关系。
利用GEPIA 2、GEO、cBioPortal、HPA、TIMER2.0和Kaplan-Meier Plotter数据库分析TRIM21的表达、临床相关性及预后价值。
TRIM21 as a potential prognostic biomarker and therapeutic target affects the growth of pancreatic cancer.
包含生物信息学分析(GEPIA2、GEO、cBioPortal等)和体外功能实验(CCK-8、集落形成、划痕、流式、Western blot),但缺乏体内实验或患者样本验证。
PANC-1人胰腺癌细胞系 hTERT-HPNE正常胰腺细胞系
TRIM21在PANC-1细胞中的敲低效率(siRNA-411和siRNA-891) siRNA转染浓度及转染试剂信息 细胞系来源及培养条件(DMEM、10% FBS、37°C、5% CO2) 实验重复次数(n=3) 统计学方法(t检验或Mann-Whitney U检验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析TRIM21在泛癌及PAAD中的表达水平,及其与临床参数和预后的关系。
利用GEPIA 2、GEO、cBioPortal、HPA、TIMER2.0和Kaplan-Meier Plotter数据库分析TRIM21的表达、临床相关性及预后价值。
验证TRIM21在胰腺癌细胞系中的表达,并建立TRIM21敲低的细胞模型。
培养胰腺癌细胞系PANC-1、SW1990、ASPC-1、BXPC-3和正常胰腺细胞hTERT-HPNE,通过Western blot检测TRIM21表达;用siRNA转染PANC-1细胞敲低TRIM21。
评估TRIM21敲低对PANC-1细胞增殖和迁移能力的影响。
采用CCK-8实验检测细胞活力,集落形成实验检测增殖能力,划痕愈合实验检测迁移能力。
评估TRIM21敲低对PANC-1细胞凋亡和细胞周期分布的影响。
流式细胞术检测凋亡率和细胞周期分布。
验证TRIM21敲低对Wnt/β-catenin信号通路蛋白表达的影响。
通过Western blot检测Wnt3a、β-catenin、GSK3β、c-Myc和CyclinD1的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Pricella | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| CO2培养箱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞转染 | 小干扰RNA | Genepharma | -- |
| 转染试剂 | Genepharma | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Biosharp | -- |
| 酶标仪 | BioTek | -- | |
| 细胞迁移检测 | 显微镜 | Leica | -- |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡试剂盒 | Nextronics | -- |
| 细胞周期检测 | FACS Calibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 蛋白表达检测 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 磷酸酶抑制剂 | -- | -- | |
| 4×蛋白上样缓冲液 | -- | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗TRIM21抗体 | Abclonal | A13547 | |
| 抗Wnt抗体 | Proteintech | HZ-1296 | |
| 抗β-catenin抗体 | Proteintech | 51067-2-AP | |
| 抗GSK3β抗体 | Proteintech | 51065-1-AP | |
| 抗c-myc抗体 | Proteintech | 10828-1-AP | |
| 抗cyclin D1抗体 | Proteintech | 26939-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Abclonal | A19056 | |
| 增强化学发光试剂 | -- | -- | |
| 天能化学发光成像系统 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 数据库版本与样本量(TCGA、GTEx、CPTAC、GEO数据集GSE183795和GSE211398) 阅读提示:Methods中“Data collection and bioinformatics analysis”部分及Figure 1-4。 |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、抗生素浓度、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Methods中“Cell lines and culture conditions”部分。 |
| 细胞转染 | siRNA序列、转染试剂、转染时间(24-48h)、敲低效率验证 阅读提示:Methods中“Cell transfection”部分。 |
| 细胞功能实验 | CCK-8检测时间点、细胞接种密度;集落形成细胞密度、培养时间;划痕实验划痕工具、无血清培养基、观察时间点 阅读提示:Methods中“CCK8 experiment”、“Colony formation experiment”、“Wound scratch assay”部分及Figure 5-6。 |
| 凋亡与细胞周期检测 | 凋亡试剂盒、细胞数量、固定条件、PI染色;细胞周期检测分析方法 阅读提示:Methods中“Cell cycle and apoptosis experiment”部分及Figure 7-8。 |
| Western blot | 蛋白提取方法、抗体稀释比例、内参(GAPDH) 阅读提示:Methods中“Western blotting”部分及Figure 10。 |