IGF2BP3与RP11-480I12.5的相互作用促进非小细胞肺癌增殖并抑制凋亡

Interaction between IGF2BP3 and RP11-480I12.5 facilitates proliferation and suppresses apoptosis in non-small cell lung cancer.

作者信息Rizhu Li, Jie Gao, Hongming Chen, Jinyuan Yi, Yuanxi Yao, Fong Fong Liew, Yepeng Li
PMID41063234
发布时间2025-10-08
DOI10.1186/s40001-025-03193-z

实验完整度

包含体外细胞功能实验(CCK-8、克隆形成、凋亡检测)、分子机制验证(RIP、RNA pull-down、放线菌素D实验)及生物信息学分析,但缺乏动物实验和临床样本验证。

主要模型

H1650细胞系 Calu-1细胞系 A549、H1299细胞系

重点核对

RP11-480I12.5在NSCLC细胞系中的表达水平 IGF2BP3与RP11-480I12.5的相互作用(RIP和RNA pull-down) RP11-480I12.5或IGF2BP3敲低后对细胞增殖和凋亡的影响 放线菌素D处理后mRNA稳定性 cisplatin诱导的凋亡敏感性

摘要

背景 非小细胞肺癌(NSCLC)是一种全球发病率和死亡率增长最快的恶性肿瘤类型,占所有肺癌病例的80%以上,对人类健康构成重大威胁。长链非编码RNA的异常表达与NSCLC的进展有关。RP11-480I12.5在NSCLC中高度过表达,但其功能仍然未知。 方法 利用qPCR分析NSCLC细胞系中RP11-480I12.5的表达水平。为了阐明RP11-480I12.5的功能意义,用携带RP11-480I12.5-shRNA或IGF2BP3-shRNA的慢病毒感染H1650和Calu-1细胞。随后,使用CCK-8实验评估细胞活力,通过集落形成实验评估细胞增殖能力,并使用流式细胞术测定凋亡率。通过RNA结合蛋白免疫沉淀实验(RIP)和RNA pull-down实验评估RP11-480I12.5与IGF2BP3之间的相互作用。 结果 RP11-480I12.5在NSCLC的肺腺癌(LUAD)和肺鳞状细胞癌(LUSC)亚型中均显著增加。IGF2BP3在NSCLC中广泛表达,预后相关性较差,尤其是在LUAD中。相互作用测试表明RP11-480I12.5与IGF2BP3之间存在强结合,表明在NSCLC发病机制中存在功能协同作用。共调控基因WDHD1在NSCLC中显著增加,通过影响细胞增殖和死亡促进RP11-480I12.5–IGF2BP3轴的致瘤作用。 结论 RP11-480I12.5与IGF2BP3相互作用以增加WDHD1表达,促进NSCLC细胞增殖和抗凋亡能力。目前的研究结果阐明了RP11-480I12.5和IGF2BP3在分子水平上如何相互作用,这对NSCLC的进展具有重要意义。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
RP11-480I12.5在非小细胞肺癌中的功能及其与IGF2BP3相互作用的分子机制是什么?
核心机制
RP11-480I12.5与IGF2BP3相互作用,进而上调WDHD1表达,从而促进细胞增殖并抑制凋亡。
主要证据
RIP和RNA pull-down实验证明二者结合;敲低RP11-480I12.5或IGF2BP3降低WDHD1表达,并抑制增殖、促进凋亡;放线菌素D实验显示二者影响mRNA稳定性。
研究意义
为NSCLC的靶向治疗提供潜在靶点,并可能为改善顺铂耐药提供思路。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

生物信息学分析

鉴定RP11-480I12.5在NSCLC中的表达及其与IGF2BP3的关联。

利用GEPIA2分析RP11-480I12.5及其转录本在LUAD和LUSC中的表达,SRAMP预测m6A位点,m6A2Target预测WER,Enrichr进行KEGG富集分析,并筛选共调控基因。

2

细胞培养与稳转细胞系构建

建立RP11-480I12.5或IGF2BP3敲低的NSCLC细胞系以研究其功能。

培养NSCLC细胞系,使用慢病毒载体(JS039)感染H1650和Calu-1细胞,进行shRNA介导的敲低,并用嘌呤霉素筛选稳定细胞系。

3

表达和定位分析

验证RP11-480I12.5和IGF2BP3在NSCLC细胞中的表达水平及亚细胞定位。

通过RT-qPCR检测表达水平,FISH和IF检测定位及共定位。

4

功能实验

评估RP11-480I12.5或IGF2BP3敲低对细胞增殖和凋亡的影响。

进行CCK-8细胞活力实验、克隆形成实验和流式细胞术凋亡检测(加或不加顺铂)。

5

分子机制验证

验证RP11-480I12.5与IGF2BP3的物理相互作用以及IGF2BP3对RP11-480I12.5稳定性的影响。

RIP实验和RNA pull-down验证结合;放线菌素D追踪实验检测mRNA稳定性。

6

下游靶基因WDHD1的验证

验证WDHD1是否为RP11-480I12.5/IGF2BP3轴的下游效应分子及其功能。

检测敲低RP11-480I12.5或IGF2BP3后WDHD1的表达;siRNA敲低WDHD1后进行功能实验。

7

WDHD1功能验证

评估WDHD1对NSCLC细胞增殖和凋亡的影响。

在H1650和Calu-1细胞中敲低WDHD1,进行CCK-8、克隆形成和凋亡检测(加或不加顺铂)。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
F-12K基础培养基SigmaN6658
RPMI-1640基础培养基BI01-100-1ACS
McCoy's 5A基础培养基VivaCellC3020-0500
胎牛血清Gibco10100147
青霉素-链霉素ProcellPB180120
CO2培养箱ThermoForma
Trizol试剂Invitrogen15596026
逆转录试剂盒VazymeR333-01
SYBR Green qPCR预混液TakaraRR820A
实时荧光定量PCR仪Analytik JenaqTOWER
限制性内切酶BamH I和EcoR INEBR0136,
嘌呤霉素Shanghai Shaoxinbio Co., LTDSX50113
GP-transfect-mate转染试剂GenePharmaG04009
免疫组化笔ServicebioG6100
蛋白酶KServicebioG1234
SSC缓冲液ServicebioG3016-4
倒置荧光显微镜NIKONECLIPSE
焦碳酸二乙酯AmrescoE174
Triton X-100AmrescoX100
抗IGF2BP3抗体Proteintech14642-1-AP
FITC标记的山羊抗兔IgG(H+L)BeyotimeA0562
RIPA裂解液BeyotimeP0013C
BCA蛋白定量试剂盒BeyotimeP0010
PVDF膜InvitrogenB1000B
抗IGF2BP3抗体Proteintech14642-1-AP
抗WDHD1抗体AbwaysAY0169
抗GAPDH抗体AbwaysAB0037
ECL化学发光试剂盒BeyotimeP0018S
Tanon 4600成像系统Tanon--
CCK-8检测试剂盒Invitrogen15596026
酶标仪Thermo1510
胰蛋白酶Gibco25200072
结晶紫BeyotimeC0121
倒置显微镜ECHORVL-100-G
Annexin-V-APC/7AAD凋亡检测试剂盒ProcellP-CA-066
流式细胞仪文中未明确说明--
Magna RIP试剂盒Sigma17-700
抗IGF2BP3抗体Proteintech14642-1-AP
正常兔IgGCST--
Pierce磁性RNA-蛋白pull-down试剂盒Thermo20164
RNA 3'端脱硫生物素标记试剂盒Thermo20163

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
生物信息学分析
筛选标准:RP11-480I12.5 |log2FC|≤0.5且P<0.01;转录本及IGF2BP3、WDHD1 |log2FC|≤1且P<0.05;GEPIA2相似基因检测参数
阅读提示:Methods-Bioinformatics analysis
细胞培养
细胞系来源及培养条件:A549(F-12K)、H1299(RPMI-1640)、H1650(RPMI-1640)、Calu-1(McCoy's 5A);培养基成分(10%FBS、双抗);培养环境(37°C、5% CO2)
阅读提示:Methods-Cell culture
敲低细胞系构建
慢病毒包装和感染条件:MOI=100;嘌呤霉素筛选浓度2 μg/ml;shRNA序列
阅读提示:Methods-Construction of stable lentiviral transfectants
功能实验
细胞增殖(CCK-8和克隆形成)和凋亡检测参数:细胞密度、时间点、顺铂浓度(5 µg/L)和处理时间(24h)
阅读提示:Methods-Cell viability assay, Clone formation assay, Cell apoptosis
分子机制验证
RIP和RNA pull-down实验条件:抗体量(5 μg)、细胞数(2×10^7);放线菌素D浓度(5 µg/mL)及时间点(0,3,6,12,24h)
阅读提示:Methods-Actinomycin D chase assay, RIP assay, RNA pull-down