生物信息学分析
鉴定RP11-480I12.5在NSCLC中的表达及其与IGF2BP3的关联。
利用GEPIA2分析RP11-480I12.5及其转录本在LUAD和LUSC中的表达,SRAMP预测m6A位点,m6A2Target预测WER,Enrichr进行KEGG富集分析,并筛选共调控基因。
Interaction between IGF2BP3 and RP11-480I12.5 facilitates proliferation and suppresses apoptosis in non-small cell lung cancer.
包含体外细胞功能实验(CCK-8、克隆形成、凋亡检测)、分子机制验证(RIP、RNA pull-down、放线菌素D实验)及生物信息学分析,但缺乏动物实验和临床样本验证。
H1650细胞系 Calu-1细胞系 A549、H1299细胞系
RP11-480I12.5在NSCLC细胞系中的表达水平 IGF2BP3与RP11-480I12.5的相互作用(RIP和RNA pull-down) RP11-480I12.5或IGF2BP3敲低后对细胞增殖和凋亡的影响 放线菌素D处理后mRNA稳定性 cisplatin诱导的凋亡敏感性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定RP11-480I12.5在NSCLC中的表达及其与IGF2BP3的关联。
利用GEPIA2分析RP11-480I12.5及其转录本在LUAD和LUSC中的表达,SRAMP预测m6A位点,m6A2Target预测WER,Enrichr进行KEGG富集分析,并筛选共调控基因。
建立RP11-480I12.5或IGF2BP3敲低的NSCLC细胞系以研究其功能。
培养NSCLC细胞系,使用慢病毒载体(JS039)感染H1650和Calu-1细胞,进行shRNA介导的敲低,并用嘌呤霉素筛选稳定细胞系。
验证RP11-480I12.5和IGF2BP3在NSCLC细胞中的表达水平及亚细胞定位。
通过RT-qPCR检测表达水平,FISH和IF检测定位及共定位。
评估RP11-480I12.5或IGF2BP3敲低对细胞增殖和凋亡的影响。
进行CCK-8细胞活力实验、克隆形成实验和流式细胞术凋亡检测(加或不加顺铂)。
验证RP11-480I12.5与IGF2BP3的物理相互作用以及IGF2BP3对RP11-480I12.5稳定性的影响。
RIP实验和RNA pull-down验证结合;放线菌素D追踪实验检测mRNA稳定性。
验证WDHD1是否为RP11-480I12.5/IGF2BP3轴的下游效应分子及其功能。
检测敲低RP11-480I12.5或IGF2BP3后WDHD1的表达;siRNA敲低WDHD1后进行功能实验。
评估WDHD1对NSCLC细胞增殖和凋亡的影响。
在H1650和Calu-1细胞中敲低WDHD1,进行CCK-8、克隆形成和凋亡检测(加或不加顺铂)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F-12K基础培养基 | Sigma | N6658 |
| RPMI-1640基础培养基 | BI | 01-100-1ACS | |
| McCoy's 5A基础培养基 | VivaCell | C3020-0500 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10100147 | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | PB180120 | |
| CO2培养箱 | Thermo | Forma | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | Vazyme | R333-01 |
| SYBR Green qPCR预混液 | Takara | RR820A | |
| 实时荧光定量PCR仪 | Analytik Jena | qTOWER | |
| 慢病毒构建 | 限制性内切酶BamH I和EcoR I | NEB | R0136, |
| 药物处理 | 嘌呤霉素 | Shanghai Shaoxinbio Co., LTD | SX50113 |
| siRNA转染 | GP-transfect-mate转染试剂 | GenePharma | G04009 |
| FISH | 免疫组化笔 | Servicebio | G6100 |
| 蛋白酶K | Servicebio | G1234 | |
| SSC缓冲液 | Servicebio | G3016-4 | |
| 倒置荧光显微镜 | NIKON | ECLIPSE | |
| 焦碳酸二乙酯 | Amresco | E174 | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Amresco | X100 |
| 抗IGF2BP3抗体 | Proteintech | 14642-1-AP | |
| FITC标记的山羊抗兔IgG(H+L) | Beyotime | A0562 | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 | |
| PVDF膜 | Invitrogen | B1000B | |
| 抗IGF2BP3抗体 | Proteintech | 14642-1-AP | |
| 抗WDHD1抗体 | Abways | AY0169 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abways | AB0037 | |
| ECL化学发光试剂盒 | Beyotime | P0018S | |
| Tanon 4600成像系统 | Tanon | -- | |
| 细胞活力 | CCK-8检测试剂盒 | Invitrogen | 15596026 |
| 酶标仪 | Thermo | 1510 | |
| 克隆形成 | 胰蛋白酶 | Gibco | 25200072 |
| 结晶紫 | Beyotime | C0121 | |
| 倒置显微镜 | ECHO | RVL-100-G | |
| 细胞凋亡 | Annexin-V-APC/7AAD凋亡检测试剂盒 | Procell | P-CA-066 |
| 流式细胞仪 | 文中未明确说明 | -- | |
| RIP | Magna RIP试剂盒 | Sigma | 17-700 |
| 抗IGF2BP3抗体 | Proteintech | 14642-1-AP | |
| 正常兔IgG | CST | -- | |
| RNA pull-down | Pierce磁性RNA-蛋白pull-down试剂盒 | Thermo | 20164 |
| RNA 3'端脱硫生物素标记试剂盒 | Thermo | 20163 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 筛选标准:RP11-480I12.5 |log2FC|≤0.5且P<0.01;转录本及IGF2BP3、WDHD1 |log2FC|≤1且P<0.05;GEPIA2相似基因检测参数 阅读提示:Methods-Bioinformatics analysis |
| 细胞培养 | 细胞系来源及培养条件:A549(F-12K)、H1299(RPMI-1640)、H1650(RPMI-1640)、Calu-1(McCoy's 5A);培养基成分(10%FBS、双抗);培养环境(37°C、5% CO2) 阅读提示:Methods-Cell culture |
| 敲低细胞系构建 | 慢病毒包装和感染条件:MOI=100;嘌呤霉素筛选浓度2 μg/ml;shRNA序列 阅读提示:Methods-Construction of stable lentiviral transfectants |
| 功能实验 | 细胞增殖(CCK-8和克隆形成)和凋亡检测参数:细胞密度、时间点、顺铂浓度(5 µg/L)和处理时间(24h) 阅读提示:Methods-Cell viability assay, Clone formation assay, Cell apoptosis |
| 分子机制验证 | RIP和RNA pull-down实验条件:抗体量(5 μg)、细胞数(2×10^7);放线菌素D浓度(5 µg/mL)及时间点(0,3,6,12,24h) 阅读提示:Methods-Actinomycin D chase assay, RIP assay, RNA pull-down |