分析不同再灌注时间点的细胞死亡模式
探索七种细胞死亡形式与再灌注时间的关系。
利用公共RNA-seq数据(GSE193997、CRA008354、GSE168610)分析不同再灌注时间点(1.5h、6h、12h、24h、48h、72h)细胞死亡相关基因表达变化。
Temporal regulation of genetic programs governing multiple cell death during myocardial ischemia-reperfusion injury.
包含体内动物模型、体外细胞实验及多组学数据(bulk RNA-seq、scRNA-seq、ST-seq)分析,并进行了功能验证和机制验证,但缺少类器官等额外证据层级。
H9c2细胞(缺氧/复氧模型) C57BL/6小鼠心肌缺血再灌注模型
再灌注时间点(6h、12h、24h) 细胞死亡类型(凋亡、自噬、铁死亡、坏死、焦亡等)的基因表达变化 TUNEL染色检测凋亡 GPX4表达变化 单细胞RNA测序分析(GSE227238)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索七种细胞死亡形式与再灌注时间的关系。
利用公共RNA-seq数据(GSE193997、CRA008354、GSE168610)分析不同再灌注时间点(1.5h、6h、12h、24h、48h、72h)细胞死亡相关基因表达变化。
确定不同细胞类型(如心肌细胞、巨噬细胞等)在再灌注后的细胞死亡模式。
分析scRNA-seq数据GSE227238,注释细胞类型,计算不同细胞死亡得分。
验证心肌细胞在不同复氧时间点的死亡模式变化。
H9c2细胞进行缺氧8小时,复氧2h、6h、12h、24h,检测细胞活力和死亡相关基因表达。
在体内验证细胞死亡模式与再灌注时间的关系。
C57BL/6小鼠建立心肌I/R模型(缺血30分钟,再灌注6h、12h、24h),检测细胞死亡相关基因表达和TUNEL染色。
确认铁死亡在再灌注中后期的主要作用。
使用ST-seq数据GSE227088分析铁死亡相关基因表达,并通过免疫组化和免疫荧光检测GPX4表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | C57BL/6小鼠 | GemPharmatech Co. Ltd. | -- |
| 细胞培养 | H9c2细胞 | Procell Life Science Technology Co., Ltd. | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| SDS-PAGE凝胶 | YEASEN | -- | |
| PVDF膜 | Merck | 03010040001 | |
| ECL底物液 | Thermo Fisher Scientific | 32209 | |
| RT-qPCR | 细胞/组织总RNA提取试剂盒 | YEASEN | 19221ES50 |
| Hifair®一步法RT-gDNA消化SuperMix qPCR试剂盒 | YEASEN | 11142ES60 | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | YEASEN | 11201ES08 | |
| ABI QuantStudio6 Q6实时荧光定量PCR系统 | ABI | -- | |
| 免疫荧光 | GPX4一抗 | HUABIO | ET1706-45 |
| 含DAPI的Fluoroshield组织封片剂 | -- | -- | |
| 共聚焦显微镜(ECLIPSE Ti) | Nikon | -- | |
| TUNEL染色 | TUNEL BrightRed凋亡检测试剂盒 | Vazyme | A113-01 |
| CCK-8检测 | CCK-8检测试剂盒 | YEASEN | 40203ES60 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系、年龄、性别、缺血时间、再灌注时间点 阅读提示:详见2.1和2.2节 |
| 细胞实验 | H9c2细胞培养条件(DMEM、CO2浓度)、缺氧时间(8h)和复氧时间点(2h,6h,12h,24h) 阅读提示:详见2.3节 |
| 基因表达检测 | 用于Western blot和RT-qPCR的抗体和引物序列 阅读提示:详见2.5、2.6节及补充表S1、S2 |
| 细胞死亡评估 | TUNEL染色和CCK-8检测的具体步骤和条件 阅读提示:详见2.8和2.9节 |
| 数据分析 | 使用的公共数据集(GSE193997, CRA008354, GSE168610, GSE227238, GSE227088)及分析流程 阅读提示:详见2.10-2.12节及补充表S3 |