临床样本与数据库分析
评估DHCR24在卵巢癌组织中的表达及其与预后的关系。
利用GEPIA数据库分析TCGA中DHCR24表达,使用Kaplan-Meier Plotter进行生存分析;通过qPCR和IHC检测70例OC组织及16例正常/OC组织中DHCR24表达。
3β-Hydroxysterol Δ24-Reductase Promotes Ovarian Cancer Progression by Activating the TGF-β1/Smad2/3 Signaling Pathway.
包含数据库及临床样本表达分析、体外细胞功能实验、体内裸鼠成瘤实验、转录组测序及拯救实验等多层级验证,明确功能及机制验证。
卵巢癌细胞系SKOV3、CAOV3、ES2、A2780 正常卵巢上皮细胞IOSE-80 BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 卵巢癌患者组织样本(70例石蜡切片,16例新鲜组织)
DHCR24在卵巢癌组织及细胞系中的表达水平 DHCR24敲低及过表达对细胞增殖、迁移、侵袭和EMT的影响 TGF-β1通路关键蛋白(TGF-β1、p-Smad2、p-Smad3)的变化 DHCR24抑制剂SH-42对细胞恶性行为的影响 裸鼠皮下移植瘤的生长情况
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估DHCR24在卵巢癌组织中的表达及其与预后的关系。
利用GEPIA数据库分析TCGA中DHCR24表达,使用Kaplan-Meier Plotter进行生存分析;通过qPCR和IHC检测70例OC组织及16例正常/OC组织中DHCR24表达。
验证DHCR24对卵巢癌细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭和EMT的影响。
构建DHCR24敲低和过表达细胞系,进行CCK-8、克隆形成、流式凋亡、Transwell、划痕实验和WB检测EMT及凋亡相关蛋白。
验证DHCR24在体内对卵巢癌细胞增殖的影响。
BALB/c裸鼠皮下注射敲低或过表达DHCR24的细胞,测量肿瘤体积、生长曲线和重量,并通过IHC检测相关蛋白。
探索DHCR24影响卵巢癌的潜在信号通路。
对SKOV3/sh1和shNC细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因,并进行KEGG和GSEA富集分析。
验证DHCR24是否通过TGF-β1通路发挥促癌作用。
在DHCR24敲低细胞中加TGF-β1,在过表达细胞中加SB431542,检测细胞功能及通路蛋白变化。
评估DHCR24抑制剂对卵巢癌细胞恶性行为的影响。
用SH-42处理SKOV3和ES2细胞(包括过表达DHCR24的ES2),检测增殖、迁移和侵袭能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A培养基 | Procell | -- |
| RNA提取 | Trizol试剂 | TaKaRa | 9109 |
| qPCR | TB Green Premix Ex Taq | TaKaRa | RR820A |
| Western blot | 抗体稀释液 | Beyotime | P0256 |
| DHCR24抗体 | CST | 2033 | |
| E-cadherin抗体 | CST | 3195 | |
| N-cadherin抗体 | CST | 13116 | |
| Vimentin抗体 | CST | 5741 | |
| Bax抗体 | CST | 5023 | |
| Bcl2抗体 | CST | 3498 | |
| TGF-β1抗体 | Abcam | ab215715 | |
| Smad2/3抗体 | CST | 8685 | |
| Phospho-Smad2抗体 | CST | 3108 | |
| Phospho-Smad3抗体 | Abcam | ab52903 | |
| GAPDH抗体 | Zen-BioScience | 380626 | |
| β-Actin抗体 | Zen-BioScience | 380624 | |
| 超敏化学发光试剂盒 | Biosharp | BL520A | |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| CCK-8 | CCK-8溶液 | APExBIO | K1018 |
| 酶标仪(Infinite 200 PRO) | Tecan | Infinite | |
| 细胞培养成像 | 显微镜(CKX53) | OLYMPUS | CKX53 |
| Transwell | Transwell小室 | BIOFIL | -- |
| 基质胶 | Mogengel-Bio | 082704 | |
| 染色 | 结晶紫溶液 | Beyotime | C0121 |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC和碘化丙啶 | Elabscience | E-CK-A211 |
| 流式细胞仪(CytoFLEX S) | Beckman Coulter | CytoFLEX | |
| 免疫组化 | 苏木素 | Servicebio | G1004 |
| RNA测序 | NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | NovaSeq |
| 拯救实验 | TGF-β1 | MCE | HY-P7118 |
| SB431542 | Selleck Chemicals | S1067 | |
| 药物处理 | SH-42 | MCE | HY-143228 |
| 药物溶解 | 二甲基亚砜 | -- | -- |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基种类、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods 2.3 Cell Culture |
| 基因表达分析 | DHCR24表达水平(qPCR和WB) 阅读提示:Materials and Methods 2.4 RNA Extraction and qPCR, 2.5 Western Blot |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度、处理时间、重复次数 阅读提示:Materials and Methods 2.7 CCK-8, 2.8 Colony Formation, 2.9 Transwell, 2.10 Wound Healing |
| 凋亡检测 | annexin V-FITC和PI染色步骤、流式细胞仪型号 阅读提示:Materials and Methods 2.11 Flow Cytometry Assay |
| 体内实验 | 小鼠品系、细胞注射数量、分组、观察时间 阅读提示:Materials and Methods 2.12 Subcutaneous Tumor Model in Mice |
| 通路验证 | TGF-β1通路蛋白表达(TGF-β1、p-Smad2/3) 阅读提示:Materials and Methods 2.5 Western Blot; Results 3.8 |
| 拯救实验 | TGF-β1和SB431542浓度、处理时间 阅读提示:Materials and Methods 2.15 Rescue Experiment |