线粒体损伤诱导SFXN2降解
验证线粒体功能障碍是否导致SFXN2蛋白水平下降
用CCCP、MPP+、FCCP、寡霉素和鱼藤酮处理HEK293细胞,通过Western blot检测SFXN2水平。
SFXN2 contributes mitochondrial dysfunction-induced apoptosis as a substrate of Parkin.
包含体外细胞实验(HEK293、SH-SY5Y、N2a)、分子互作(co-IP、IF)、功能验证(凋亡、RNA-seq)及体外泛素化实验。
HEK293细胞 SH-SY5Y细胞 N2a细胞 HeLa细胞
CCCP浓度20 μM处理HEK293细胞诱导线粒体损伤 Parkin knockdown或overexpression对SFXN2蛋白水平的影响 MG132处理浓度10 μM抑制蛋白酶体活性 SFXN2 knockdown增加凋亡率,过表达减少凋亡 MPP+浓度1 mM处理SH-SY5Y细胞24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证线粒体功能障碍是否导致SFXN2蛋白水平下降
用CCCP、MPP+、FCCP、寡霉素和鱼藤酮处理HEK293细胞,通过Western blot检测SFXN2水平。
检测Parkin是否介导SFXN2的泛素-蛋白酶体降解
通过siRNA敲低或过表达Parkin,观察SFXN2蛋白水平变化;使用失活突变体验证E3活性必要性;用MG132阻断蛋白酶体。
确认Parkin与SFXN2在物理上的相互作用
通过共免疫沉淀(co-IP)和免疫荧光实验检测内源及外源Parkin-SFXN2相互作用。
验证Parkin是否作为E3连接酶促进SFXN2多聚泛素化
在细胞和体外泛素化实验中,检测SFXN2泛素化水平,并比较不同泛素突变体(K48、K63)的影响。
探究SFXN2水平变化对线粒体损伤诱导凋亡的影响
在HEK293、SH-SY5Y和N2a细胞中敲低或过表达SFXN2,使用Annexin V/PI染色流式检测凋亡,并检测凋亡标志蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | F8318 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| DMEM/F12培养基 | Gibco | C11330500BT | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 13778150 | |
| 蛋白裂解 | IP裂解液 | Beyotime | P0013 |
| 蛋白酶体抑制 | MG132 | -- | -- |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Thermo Fisher Scientific | 20423 |
| 抗Myc琼脂糖珠 | Sigma-Aldrich | A7470 | |
| 抗HA琼脂糖珠 | Thermo Fisher Scientific | 88836 | |
| 体外泛素化 | 重组人Parkin pS65蛋白 | Boston Biochem | E3-166-025 |
| 线粒体分离 | 玻璃匀浆器 | Sangon Biotech | F519062-0001 |
| 免疫荧光 | 含DAPI封片剂 | Abcam | ab104139 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | AM9738 |
| RT-qPCR | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K16225 |
| Maxima SYBR Green qPCR溶液 | Thermo Fisher Scientific | K0252 | |
| 流式凋亡检测 | FITC Annexin V凋亡检测试剂盒 | BD Biosciences | 556547 |
| 流式分析 | CytoFLEX SRT流式细胞分选仪 | Beckman Coulter | -- |
| 显微成像 | LSM900 Airyscan2共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| qPCR仪器 | QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞类型、培养基、血清浓度、抗生素浓度 阅读提示:Materials and methods 2.1 Cell culture |
| 药物处理 | CCCP浓度(20 μM)、处理时间(0-12h)、MPP+浓度(1 mM)、处理时间(24h) 阅读提示:Results 3.1 和 Figure 1 图例 |
| 蛋白降解抑制 | MG132浓度(10 μM)、处理时间(6-8h) 阅读提示:Results 3.1, 3.2, 3.4 和 Figure 2,4 图例 |
| 细胞转染 | 质粒或siRNA浓度、转染试剂(Lipofectamine 3000或RNAiMAX) 阅读提示:Materials and methods 2.3 Transfection |
| 凋亡检测 | Annexin V/PI染色后孵育时间(15分钟)和温度(25°C) 阅读提示:Materials and methods 2.11 Flow cytometry of apoptosis |
| 体外泛素化 | E1、E2浓度、泛素浓度、Parkin浓度、反应时间(30分钟)和温度(37°C) 阅读提示:Materials and methods 2.7 In vitro ubiquitination assay |