数据整合与细胞图谱构建
建立脊髓损伤后细胞异质性和转录动态的全面图谱。
整合四个scRNA-seq/snRNA-seq数据集,使用RPCA去批次,聚类识别12种主要细胞类型,进行UMAP和标记基因验证。
Integrative analysis and experimental validation identify the role of CD44 and Nucleolin in regulating gliogenesis following spinal cord injury.
包含单细胞转录组整合分析、体内动物模型( crush injury)、体外细胞实验(BV2、C8-D1A)及功能验证(流式、免疫荧光、PLA、Western blot),并验证了机制通路(NF-κB)。
小鼠脊髓挤压损伤模型 BV2小胶质细胞系 C8-D1A星形胶质细胞系
脊髓损伤模型:T10 crush injury,雌性C57BL/6小鼠,8周龄,体重18-20g SPP1处理BV2细胞浓度0.1-1 μg/mL,时长24h PTN处理C8-D1A细胞浓度1 μg/mL,时长72h 流式检测时间点:sham, 1, 3, 7 dpi 统计分析:技术重复三次,p<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立脊髓损伤后细胞异质性和转录动态的全面图谱。
整合四个scRNA-seq/snRNA-seq数据集,使用RPCA去批次,聚类识别12种主要细胞类型,进行UMAP和标记基因验证。
鉴定损伤后关键配体-受体相互作用和信号通路。
使用CellChat分析不同时间点(sham, 1, 3, 7 dpi)的细胞通讯,比较信号模式和信息流。
验证生信预测的CD44和NCL表达变化及配体-受体相互作用。
建立小鼠脊髓挤压损伤模型,通过流式、免疫荧光、PLA和Western blot检测CD44、SPP1、NCL、PTN的表达和定位。
验证SPP1-CD44和PTN-NCL信号的功能和机制。
用重组SPP1处理BV2细胞,用重组PTN处理C8-D1A细胞,通过qRT-PCR、Western blot、ELISA、PLA、CCK-8检测表达和功能变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织包埋 | OCT包埋剂 | SAKURA | 4583 |
| 免疫荧光 | 小鼠抗GFAP抗体 | CST | 3670S |
| 兔抗NCL抗体 | CST | 14574S | |
| 兔抗PTN抗体 | Bioswamp | PAB59860 | |
| 小鼠抗CD44抗体 | Affinity | BF9213 | |
| 山羊抗Iba1抗体 | Abcam | ab289874 | |
| 兔抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| Alexa Fluor 488偶联山羊抗小鼠二抗 | Invitrogen | A-10680 | |
| Alexa Fluor 488偶联驴抗山羊二抗 | Invitrogen | A32814 | |
| Alexa Fluor 568偶联山羊抗小鼠二抗 | Abcam | Ab175473 | |
| Alexa Fluor 647偶联山羊抗兔二抗 | Invitrogen | A-21244 | |
| 流式细胞术 | 脊髓组织解离试剂盒 | AccuraMed | AM-SJ2403053C |
| 可固定活性染料510 | BD Pharmingen | 564406 | |
| APC-Cy7大鼠抗小鼠CD45抗体 | BD Pharmingen | 561037 | |
| PerCP-Cy5.5大鼠抗小鼠CD11b抗体 | BD Pharmingen | 561114 | |
| PE-Cy7大鼠抗小鼠CD44抗体 | BD Pharmingen | 560569 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| NCL兔单克隆抗体 | CST | 14574 | |
| PE小鼠抗GFAP抗体 | BD Pharmingen | 561483 | |
| BV421小鼠抗Ki-67抗体 | BD Pharmingen | 562899 | |
| 山羊抗兔Alexa Fluor 488偶联二抗 | Invitrogen | A-11008 | |
| 流式分选 | PE-Vio770抗小鼠ACSA-2抗体 | Miltenyi | 130-116-246 |
| BD FACS Aria III流式细胞分选仪 | BD | -- | |
| 细胞培养 | BV2小胶质细胞系 | Procell | CL-0493 |
| C8-D1A星形胶质细胞系 | Procell | CL-0506 | |
| 细胞处理 | 重组小鼠SPP1蛋白 | MCE | HY-P71786 |
| 重组小鼠PTN蛋白 | MCE | HY-P71213 | |
| Western blot | 小鼠抗CD44抗体 | Affinity | BF9213 |
| 兔抗p65抗体 | Servicebio | GB11997 | |
| 兔抗磷酸化p65抗体 | Servicebio | GB113882 | |
| 兔抗NCL抗体 | Proteintech | 10556-1-AP | |
| 兔抗PTN抗体 | Bioswamp | PAB59860 | |
| 兔抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| HRP偶联小鼠二抗 | Proteintech | SA00001-1 | |
| HRP偶联兔二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| ECL化学发光试剂盒 | Affinibody | AIWB-006 | |
| ELISA | 小鼠IL-6 ELISA试剂盒 | Invitrogen | ECM007 |
| PLA | Duolink原位红色检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | DUO92102 |
| 小鼠抗PTN抗体 | Santa Cruz | sc-74443 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞测序数据分析 | 数据集来源(GSE189070, GSE196928, GSE172167, Figshare 17702045);质量控制参数:去除基因数≤200或线粒体基因比例≥20%的细胞;整合方法:RPCA;聚类参数:阶段1 2000高变基因、30 PCs,阶段2 4000高变基因、40 PCs;差异表达基因阈值调整p<0.01, log2FC>0.75。 阅读提示:Methods: Data source and processing, Integration analysis of scRNA-seq data |
| 细胞通讯分析 | CellChat版本v1.6.1;使用CellChatDB.mouse数据库;子簇细胞数阈值>50;分析条件:Sham, 1dpi, 3dpi, 7dpi。 阅读提示:Methods: Cell-cell communication analysis |
| 动物模型 | 小鼠品系:雌性C57BL/6,8周龄,体重18-20g;手术:T10 crush injury,用时3秒;使用0.1mm镊子。 阅读提示:Methods: Adult crush injury model surgeries |
| 免疫荧光染色 | 抗体浓度:GFAP 1:200, NCL 1:200, PTN 1:100, CD44 1:100, SPP1 1:100, Iba1 1:1000, Ki67 1:1000;二抗浓度1:500;切片厚度10 μm。 阅读提示:Methods: Immunofluorescent staining |
| 流式细胞术 | 组织解离:3mm脊髓段;使用Spinal cord tissue dissociation kit;抗体:CD45, CD11b, CD44 (BD) 各1μl;NCL染色:Perm/Wash处理后3μl NCL抗体;GFAP, Ki67抗体量;仪器:CytoFLEX Flow Cytometer。 阅读提示:Methods: Flow cytometry analysis |
| 体外实验 | 细胞培养:BV2和C8-D1A,2×10^5 cells/well;SPP1处理浓度0.1-1 μg/mL;PTN处理浓度1 μg/mL;时间0, 12, 24, 48, 72h;qRT-PCR引物序列见Methods;Western blot抗体及稀释比例。 阅读提示:Methods: In vitro experiments, Cell culture, mRNA expression analysis, Western blot analysis |
| PLA检测 | Duolink in situ red kit (DUO92102);细胞或组织固定;PLA抗体浓度;信号定量方法。 阅读提示:Methods: Proximity ligation assay (PLA) |