整合分析与实验验证确定CD44和核仁素在脊髓损伤后胶质生成中的作用

Integrative analysis and experimental validation identify the role of CD44 and Nucleolin in regulating gliogenesis following spinal cord injury.

作者信息Ming Shi, Yazhou Sun, Lu Ding, Xinyue Li, Qi Xu, Fuxin Wei, Tianshun Gao, David Y B Deng
PMID40797111
发布时间2025-08-13
DOI10.1186/s13619-025-00253-x

实验完整度

包含单细胞转录组整合分析、体内动物模型( crush injury)、体外细胞实验(BV2、C8-D1A)及功能验证(流式、免疫荧光、PLA、Western blot),并验证了机制通路(NF-κB)。

主要模型

小鼠脊髓挤压损伤模型 BV2小胶质细胞系 C8-D1A星形胶质细胞系

重点核对

脊髓损伤模型:T10 crush injury,雌性C57BL/6小鼠,8周龄,体重18-20g SPP1处理BV2细胞浓度0.1-1 μg/mL,时长24h PTN处理C8-D1A细胞浓度1 μg/mL,时长72h 流式检测时间点:sham, 1, 3, 7 dpi 统计分析:技术重复三次,p<0.05

摘要

脊髓损伤(SCI)触发一系列复杂的细胞和分子反应,然而复杂的细胞通讯仍未完全理解。本研究探讨了细胞间通讯如何促进SCI后小胶质细胞和星形胶质细胞的激活。在此,我们整合了四个使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)或单核RNA测序(snRNA-seq)的数据集,并构建了损伤脊髓的全面细胞图谱。分析了小胶质细胞和星形胶质细胞的转录组变化。我们确定了CD44是SPP1介导的小胶质细胞激活中的关键受体,其代表了一个参与炎症反应的小胶质细胞亚群。我们定义了一个在损伤后3天出现的星形胶质细胞胶质生成亚群,该亚群成为损伤脊髓中的主要细胞类型。这些星形胶质细胞高表达核仁素(Ncl)基因,并通过多效生长因子(Ptn)信号通路相互作用,这与星形胶质细胞增殖相关。为了验证这些发现,我们使用了挤压损伤模型。分离的小胶质细胞和星形胶质细胞的流式细胞术证实了SCI后小胶质细胞中CD44和星形胶质细胞中NCL的上调。体内结果证实CD44阳性小胶质细胞积累,PLA结果进一步证实SPP1与CD44的结合。同时,星形胶质细胞中NCL表达的上调促进了它们的增殖,强调了NCL受体在SCI后胶质生成中的作用。体外验证表明,外源性SPP1通过促进p65磷酸化并激活BV2小胶质细胞中的NF-κB通路来上调CD44表达,而IL-6的高表达表明炎症激活。PTN可能增强NCL表达,从而促进星形胶质细胞增殖。总的来说,我们的研究确定了调节炎症反应和胶质生成的关键受体。靶向CD44和NCL受体可能为调节炎症和促进SCI后组织修复提供有前景的治疗策略。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
脊髓损伤后细胞间通讯如何通过配体-受体相互作用调节小胶质细胞激活和星形胶质细胞增殖?
核心机制
SPP1通过CD44受体激活NF-κB通路,促进小胶质细胞炎症反应;PTN通过NCL受体促进星形胶质细胞增殖。
主要证据
单细胞测序整合分析、体内 crush 损伤模型、流式细胞术、免疫荧光、PLA、Western blot和体外细胞实验均证实CD44和NCL在损伤后的上调及其功能。
研究意义
靶向CD44和NCL受体可能为调节脊髓损伤后的炎症反应和促进组织修复提供治疗策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

数据整合与细胞图谱构建

建立脊髓损伤后细胞异质性和转录动态的全面图谱。

整合四个scRNA-seq/snRNA-seq数据集,使用RPCA去批次,聚类识别12种主要细胞类型,进行UMAP和标记基因验证。

2

细胞通讯分析

鉴定损伤后关键配体-受体相互作用和信号通路。

使用CellChat分析不同时间点(sham, 1, 3, 7 dpi)的细胞通讯,比较信号模式和信息流。

3

体内模型验证

验证生信预测的CD44和NCL表达变化及配体-受体相互作用。

建立小鼠脊髓挤压损伤模型,通过流式、免疫荧光、PLA和Western blot检测CD44、SPP1、NCL、PTN的表达和定位。

4

体外功能实验

验证SPP1-CD44和PTN-NCL信号的功能和机制。

用重组SPP1处理BV2细胞,用重组PTN处理C8-D1A细胞,通过qRT-PCR、Western blot、ELISA、PLA、CCK-8检测表达和功能变化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

细胞通讯分析
验证样本或模型特征
验证免疫效应
验证机制链路
评估体内效果

产品清单

实验环节名称品牌货号
OCT包埋剂SAKURA4583
小鼠抗GFAP抗体CST3670S
兔抗NCL抗体CST14574S
兔抗PTN抗体BioswampPAB59860
小鼠抗CD44抗体AffinityBF9213
山羊抗Iba1抗体Abcamab289874
兔抗Ki67抗体Abcamab15580
Alexa Fluor 488偶联山羊抗小鼠二抗InvitrogenA-10680
Alexa Fluor 488偶联驴抗山羊二抗InvitrogenA32814
Alexa Fluor 568偶联山羊抗小鼠二抗AbcamAb175473
Alexa Fluor 647偶联山羊抗兔二抗InvitrogenA-21244
脊髓组织解离试剂盒AccuraMedAM-SJ2403053C
可固定活性染料510BD Pharmingen564406
APC-Cy7大鼠抗小鼠CD45抗体BD Pharmingen561037
PerCP-Cy5.5大鼠抗小鼠CD11b抗体BD Pharmingen561114
PE-Cy7大鼠抗小鼠CD44抗体BD Pharmingen560569
CytoFLEX流式细胞仪Beckman Coulter--
NCL兔单克隆抗体CST14574
PE小鼠抗GFAP抗体BD Pharmingen561483
BV421小鼠抗Ki-67抗体BD Pharmingen562899
山羊抗兔Alexa Fluor 488偶联二抗InvitrogenA-11008
PE-Vio770抗小鼠ACSA-2抗体Miltenyi130-116-246
BD FACS Aria III流式细胞分选仪BD--
BV2小胶质细胞系ProcellCL-0493
C8-D1A星形胶质细胞系ProcellCL-0506
重组小鼠SPP1蛋白MCEHY-P71786
重组小鼠PTN蛋白MCEHY-P71213
小鼠抗CD44抗体AffinityBF9213
兔抗p65抗体ServicebioGB11997
兔抗磷酸化p65抗体ServicebioGB113882
兔抗NCL抗体Proteintech10556-1-AP
兔抗PTN抗体BioswampPAB59860
兔抗GAPDH抗体Proteintech10494-1-AP
HRP偶联小鼠二抗ProteintechSA00001-1
HRP偶联兔二抗ProteintechSA00001-2
ECL化学发光试剂盒AffinibodyAIWB-006
小鼠IL-6 ELISA试剂盒InvitrogenECM007
Duolink原位红色检测试剂盒Sigma-AldrichDUO92102
小鼠抗PTN抗体Santa Cruzsc-74443

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
单细胞测序数据分析
数据集来源(GSE189070, GSE196928, GSE172167, Figshare 17702045);质量控制参数:去除基因数≤200或线粒体基因比例≥20%的细胞;整合方法:RPCA;聚类参数:阶段1 2000高变基因、30 PCs,阶段2 4000高变基因、40 PCs;差异表达基因阈值调整p<0.01, log2FC>0.75。
阅读提示:Methods: Data source and processing, Integration analysis of scRNA-seq data
细胞通讯分析
CellChat版本v1.6.1;使用CellChatDB.mouse数据库;子簇细胞数阈值>50;分析条件:Sham, 1dpi, 3dpi, 7dpi。
阅读提示:Methods: Cell-cell communication analysis
动物模型
小鼠品系:雌性C57BL/6,8周龄,体重18-20g;手术:T10 crush injury,用时3秒;使用0.1mm镊子。
阅读提示:Methods: Adult crush injury model surgeries
免疫荧光染色
抗体浓度:GFAP 1:200, NCL 1:200, PTN 1:100, CD44 1:100, SPP1 1:100, Iba1 1:1000, Ki67 1:1000;二抗浓度1:500;切片厚度10 μm。
阅读提示:Methods: Immunofluorescent staining
流式细胞术
组织解离:3mm脊髓段;使用Spinal cord tissue dissociation kit;抗体:CD45, CD11b, CD44 (BD) 各1μl;NCL染色:Perm/Wash处理后3μl NCL抗体;GFAP, Ki67抗体量;仪器:CytoFLEX Flow Cytometer。
阅读提示:Methods: Flow cytometry analysis
体外实验
细胞培养:BV2和C8-D1A,2×10^5 cells/well;SPP1处理浓度0.1-1 μg/mL;PTN处理浓度1 μg/mL;时间0, 12, 24, 48, 72h;qRT-PCR引物序列见Methods;Western blot抗体及稀释比例。
阅读提示:Methods: In vitro experiments, Cell culture, mRNA expression analysis, Western blot analysis
PLA检测
Duolink in situ red kit (DUO92102);细胞或组织固定;PLA抗体浓度;信号定量方法。
阅读提示:Methods: Proximity ligation assay (PLA)