单细胞测序分析骨肉瘤微环境细胞组成
鉴定骨肉瘤病变中的细胞类型及其异质性,尤其是血管内皮细胞和巨噬细胞的特征。
使用公开的GSE152048数据集,包含5个原发骨肉瘤样本,通过Seurat包进行降维聚类,鉴定出PECAM1+/CDH5+的血管内皮细胞和CD163+/MRC1+的M2型巨噬细胞;比较肿瘤内皮与正常内皮差异表达基因,GO分析显示膜相关通路差异;CellChat分析揭示内皮细胞与巨噬细胞间的相互作用。
Immune-Modulating Dual-Targeted Nanomaterials for Low-Temperature Photothermal-Photodynamic-Chemodynamic Therapy of Osteosarcoma Targeting Tumor and Endothelial Cells.
包含体外细胞实验、动物移植瘤模型、单细胞测序及转录组分析等多层级证据,并进行了功能验证和机制验证。
143B人骨肉瘤细胞系 骨肉瘤相关异质性血管内皮细胞(HVECs) BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 单细胞RNA测序数据集(GSE152048)
纳米材料浓度以P-Fe3O4含量计,体外实验使用100 μg/mL,体内注射剂量通常为10 mg/kg NIR激光波长808 nm,功率密度1.8 W/cm2,细胞或肿瘤组织维持在42.5±0.5°C,持续5分钟 动物模型:BALB/c裸鼠注射1.5×10^7个143B细胞,共4次尾静脉注射,间隔3天 细胞系来源:143B骨肉瘤细胞系购自Procell (Cat# CL-1031) 药物处理:palmatine浓度未明确说明,但Loading效率为35.3%
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定骨肉瘤病变中的细胞类型及其异质性,尤其是血管内皮细胞和巨噬细胞的特征。
使用公开的GSE152048数据集,包含5个原发骨肉瘤样本,通过Seurat包进行降维聚类,鉴定出PECAM1+/CDH5+的血管内皮细胞和CD163+/MRC1+的M2型巨噬细胞;比较肿瘤内皮与正常内皮差异表达基因,GO分析显示膜相关通路差异;CellChat分析揭示内皮细胞与巨噬细胞间的相互作用。
评估RRM2在骨肉瘤细胞和HVECs中的潜在治疗价值。
对骨肉瘤组织、细胞和HVECs进行mRNA测序,鉴定差异表达基因;通过Western blot检测RRM2过表达对cyclin B1和CHEK1的影响;TCGA数据分析RRM2与预后的相关性;通过细胞周期实验验证RRM2过表达加速细胞周期并逆转顺铂效果。
评估Palmatine是否能有效抑制DNA复制和修复,作为顺铂的替代药物。
通过分子对接模拟Palmatine与G-四链体和双链DNA的结合;转录组测序分析Palmatine处理后的差异基因;Western blot检测RRM2、CHEK1、cyclin B1/E1表达;流式细胞术检测凋亡。
构建并验证多功能纳米材料的物理化学性质。
通过多孔Fe3O4纳米颗粒负载palmatine,再用骨肉瘤细胞和HVEC的混合膜包被;通过TEM、HAADF、元素分析、粒径、Zeta电位、FTIR、UV-vis、Western blot和荧光标记验证结构和膜成分;研究不同条件下的药物释放。
验证P-Fe3O4@Pal@HM对骨肉瘤细胞和HVECs的特异性靶向和摄取。
通过流式细胞术检测不同细胞系对荧光标记纳米材料的摄取;共聚焦显微镜观察膜融合和内吞;体内成像评估肿瘤蓄积。
确定纳米材料的光热转换效率和低温光热治疗条件。
测量不同浓度纳米材料在NIR照射下的温度变化,评估光热稳定性;体内光热成像确定肿瘤区域温度达到42.5°C。
评估P-Fe3O4@Pal@HM联合NIR对骨肉瘤细胞和HVECs的直接杀伤作用。
通过CCK-8检测细胞活力,流式细胞术检测凋亡和ROS水平,Western blot检测DNA损伤和修复相关蛋白表达,TMB实验验证类Fenton反应。
验证损伤的HVECs诱导巨噬细胞M1极化及其增强的抗肿瘤效应。
通过Transwell共培养实验,将损伤的HVECs与巨噬细胞共培养,检测CD86、TNF-α、IFN-γ等表达;使用infliximab、canakinumab、NAC进行抑制实验;评估M1巨噬细胞条件培养基对肿瘤细胞和HVECs的杀伤作用,并检测凋亡和ROS水平。
在骨肉瘤异种移植模型中评估P-Fe3O4@Pal@HM+NIR的抗肿瘤效果和机制验证。
建立BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型,分组治疗,测量肿瘤体积;通过TUNEL、Ki-67、RRM2、CD31、CD86染色评估凋亡、增殖和免疫浸润;分离肿瘤内巨噬细胞、HVECs和肿瘤细胞进行PCR检测;RRM2过表达实验验证靶点特异性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 纳米材料制备 | 盐酸巴马汀 | Shanghai Macklin Biochemical Co., Ltd. | -- |
| 细胞培养 | 143B骨肉瘤细胞系 | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | CL-1031 |
| 最低必需培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | -- | |
| 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | -- | -- | |
| 细胞冻存 | CELLSAVING无血清细胞冻存液 | New Cell & Molecular Biotech Co., Ltd. | C40100/C40050 |
| 细胞培养 | T25细胞培养瓶 | ABclonal Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 一次性丁腈手套 | ABclonal Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 膜和细胞骨架染色 | FITC标记的鬼笔环肽 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd | CA1620 |
| 细胞核染色 | DAPI | -- | -- |
| 荧光标记 | DiI | -- | -- |
| DiD | -- | -- | |
| Hoechst 33342 | -- | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-PE/7AAD凋亡试剂盒 | -- | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo Laboratories, Japan | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白浓度测定 | BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | -- |
| 蛋白印迹 | PVDF膜 | -- | -- |
| 增强化学发光液 | Vazyme Biotech Co., Ltd. | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 免疫抑制实验 | 英夫利昔单抗 | MCE | -- |
| 卡那单抗 | MCE | -- | |
| N-乙酰半胱氨酸 | MCE | -- | |
| 纳米材料表征 | 挤出器 | -- | -- |
| 马尔文Zetasizer Nano ZS90 | Malvern | -- | |
| 显微镜 | 共聚焦显微镜 | Olympus | -- |
| 流式细胞术 | BD Accuri C6 Plus流式细胞仪 | BD | -- |
| 体内成像 | 布鲁克小动物活体成像系统FX PRO | Bruker | -- |
| 细胞因子检测 | ELISA试剂盒 | -- | -- |
| PCR | PCR引物 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞测序分析 | 数据集GSE152048,过滤标准(基因数>200且<2500,线粒体基因<5%),聚类和CellChat参数 阅读提示:Methods中'Single-Cell Sequencing Analysis of Osteosarcoma Tissue' |
| 转录组测序 | 数据集GSE225588,差异表达筛选标准(p_val_adj<0.05, |avg_log2FC|>0.5, |pct.1-pct.2|>0.2),样本分组(T vs C) 阅读提示:Methods中'mRNA Sequencing Methods and the Acquisition of Genes with Differential Expression' |
| 分子对接 | AutoDock 4.2.6参数(Lamarckian遗传算法,GA runs=100),DNA结构PDB ID,Palmatine来源ZINC608233 阅读提示:Methods中'Materials and Methods for Molecular Docking' |
| 纳米材料合成与表征 | P-Fe3O4合成方法参考文献[Zhu and Diao],粒径约150 nm,palmatine负载量35.3%,膜包被挤出条件(200 nm孔径,至少60次),药物释放条件(pH 7.4/5.0,H2O2 100 μM,NIR) 阅读提示:Methods中'Preparation of P-Fe3O4@Pal@HM Nanomaterials and Their Characteristics'和'Drug Loading and Drug Release Efficiency' |
| 体外细胞实验 | 细胞系来源(143B购自Procell,Cat# CL-1031),培养条件(MEM+10%FBS+100 U/mL青霉素-链霉素),PMA浓度0.1 μg/mL分化THP-1,纳米材料浓度100 μg/mL(以P-Fe3O4计),处理时间24h(毒性),光热条件42.5±0.5°C,5分钟 阅读提示:Methods中'Cell Line Culture and Treatment'和'Photothermal Performance of P-Fe3O4@Pal@HM Nanomaterials' |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠,每只注射1.5×10^7个143B细胞(150 μL),尾静脉注射纳米材料(剂量10 mg/kg,以P-Fe3O4计),共4次,间隔3天,治疗组分组(PBS, Cisplatin, Palmatine, P-Fe3O4@Pal@HM, P-Fe3O4@Pal@HM+NIR),每组3个重复 阅读提示:Methods中'Animal Experiments' |
| 免疫微环境实验 | Transwell共培养条件,抑制实验药物浓度(infliximab 5 μg/mL, canakinumab 5 μg/mL, NAC 3 mM),检测指标(CD86, TNF-α, IFN-γ, ROS等) 阅读提示:Results中'P-Fe3O4@Pal@HM Nanomaterials for Regulating the Osteosarcoma Immune Microenvironment: An Enhanced Killing Effect'及图9 |