分子对接分析
评估NC与KIF20A之间的直接结合可能性及结合强度。
从PubChem和RCSB数据库获取KIF20A蛋白(ID: 8F18)和NC小分子(ID: CID_4501)的三维结构,使用分子对接模型计算结合能。
Nitidine chloride may mediate its antitumor effects by targeting kinesin family member 20A in colorectal cancer cells.
研究包含临床样本免疫组化、CRISPR敲除筛选、分子对接及转录组分析等多个实验层次,但缺乏体内实验和直接的KIF20A敲除后NC处理的功能验证。
HCT116细胞 结直肠癌临床组织样本(208例CRC及208例对照) CRC细胞系(C99、HCT116、C84)
NC处理HCT116细胞的浓度(6 μmol/L)和时间(48小时) 分子对接结合能阈值(Vina评分 < -4 kcal/mol) CRISPR敲除评分(CERES依赖评分) 免疫组化评分标准(强度×阳性比例) 临床样本的性别、肿瘤大小和分级分组
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NC与KIF20A之间的直接结合可能性及结合强度。
从PubChem和RCSB数据库获取KIF20A蛋白(ID: 8F18)和NC小分子(ID: CID_4501)的三维结构,使用分子对接模型计算结合能。
评估NC处理对HCT116细胞中KIF20A表达的影响。
HCT116细胞培养在RPMI 1640培养基中,用NC(6 μmol/L)或0.1% DMSO处理48小时,随后进行RNA提取和测序。
分析KIF20A在CRC细胞中的表达水平。
使用GEO数据库中的CRC相关scRNA-seq数据集(GSM8657093),通过Seurat包进行数据预处理、降维和聚类,分析KIF20A表达。
可视化KIF20A在CRC组织中的空间表达模式。
使用GEO数据库中的空间转录组数据集(GSM8594568),通过Seurat包和SCTransform方法进行标准化,并生成空间维度图。
系统评估KIF20A在CRC和非CRC组织中的表达差异。
从多个数据库获取KIF20A mRNA表达数据,进行标准化和批次效应校正,计算SMD并绘制sROC曲线。
验证KIF20A在CRC组织中的蛋白表达及其与临床特征的相关性。
收集416例组织样本(208例CRC和208例非癌对照),使用抗KIF20A抗体进行免疫组化染色,由两位病理学家独立评分,并进行统计分析。
评估KIF20A对CRC细胞增殖的必需性。
使用CRISPR敲除筛选技术,利用CERES算法计算依赖评分,评估KIF20A在多种CRC细胞系中的关键性。
探索NC处理CRC细胞后差异表达基因及其富集的生物学过程。
对NC处理和对照HCT116细胞进行RNA测序,识别显著下调基因,并与CRC高表达和KIF20A正相关基因取交集,进行GO和KEGG富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 (1x) | Thermo Fisher | -- |
| 胎牛血清 | Solarbio | -- | |
| 青霉素-链霉素 (100x) | Solarbio | -- | |
| 药物处理 | 氯化两面针碱 | Chengdu Herbpurify Co. Ltd. | -- |
| 二甲基亚砜 | Solarbio | -- | |
| RNA提取 | AxyPrepTM 多源总RNA小提试剂盒 | Axygen | -- |
| 免疫组化 | 抗KIF20A抗体 | Invitrogen™ | Sc-374508 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 分子对接 | 结合能阈值(Vina评分 < -4 kcal/mol),蛋白和小分子结构ID(8F18 和 CID_4501) 阅读提示:Materials and Methods: NC and KIF20A molecular docking |
| 细胞培养与药物处理 | HCT116细胞系,NC浓度(6 μmol/L),处理时间(48小时),对照组(0.1% DMSO),每组三个副孔 阅读提示:Materials and Methods: Analysis of gene expression change analysis following NC treatment |
| 单细胞RNA测序分析 | 数据集ID(GSM8657093),过滤条件(基因表达细胞数 > 3,细胞表达基因 > 50,线粒体含量 < 25%),主成分数量(20) 阅读提示:Materials and Methods: Single-cell RNA sequencing analysis of KIF20A in CRC cells |
| 空间转录组分析 | 数据集ID(GSM8594568),标准化方法(SCTransform) 阅读提示:Materials and Methods: Spatial transcriptome analysis of KIF20A in CRC cells |
| mRNA表达谱分析 | 数据来源数据库,纳入排除标准(人类原发CRC组织,对照组正常,每组样本数≥3),基因筛选标准(SMD > 0,95%CI不包含0,出现≥3项研究) 阅读提示:Materials and Methods: KIF20A mRNA expression profile in CRC tissue samples |
| 临床样本免疫组化 | 样本量(416例),抗体稀释度(1:1000),评分标准(强度0-3,比例0-4,最终评分=强度×比例),两位病理学家独立评估 阅读提示:Materials and Methods: Collection and immunohistochemical staining of clinical samples |
| CRISPR敲除筛选 | 依赖评分算法(CERES),评分解读标准(负评分表示敲除抑制生长) 阅读提示:Materials and Methods: Determination of KIF20A's effect on the proliferation of CRC cells |
| 转录组测序和功能富集分析 | 差异基因阈值(log2倍变化 < -1,调整后P < 0.05) 阅读提示:Materials and Methods: Analysis of gene expression change analysis following NC treatment; Results: Potential mechanism of action of NC in CRC cells |