缺氧诱导模型建立
验证缺氧条件下HCC细胞中FAM99A和FAM99B的表达变化。
将HCC细胞(HEPG2、SK-1、HCCLM3)在2% O2、93% N2、5% CO2条件下培养48小时,通过Western blot检测HIFα表达,通过RT-qPCR检测FAM99A和FAM99B表达。
Hypoxia-Induced Suppression of FAM99A and FAM99B Contributes to the Development and Glucose Metabolic Reprogramming of Hepatocellular Carcinoma.
包含体外细胞功能实验(增殖、迁移、侵袭)、代谢指标测定及Seahorse分析,并采用转录组和小RNA测序进行机制初探,但缺乏体内实验验证。
HCCLM3细胞 HEPG2细胞 SK-1细胞
缺氧处理条件:2% O2,93% N2,5% CO2,48小时 细胞分组:HCCLM3(OV-NC、OV-FAM99A、OV-FAM99B),HEPG2(KD-NC、KD-FAM99A、KD-FAM99B) 过表达和敲低效率验证:RT-qPCR确认FAM99A和FAM99B表达变化 功能实验时间点:CCK-8在0、12、24、48小时;伤口愈合和Transwell在48小时 代谢测定:葡萄糖、乳酸、ATP含量及Seahorse OCR、ECAR、glycoPER
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证缺氧条件下HCC细胞中FAM99A和FAM99B的表达变化。
将HCC细胞(HEPG2、SK-1、HCCLM3)在2% O2、93% N2、5% CO2条件下培养48小时,通过Western blot检测HIFα表达,通过RT-qPCR检测FAM99A和FAM99B表达。
建立FAM99A和FAM99B过表达和敲低的稳定细胞系,用于功能研究。
使用慢病毒载体(shRNA和过表达载体)感染HCCLM3和HEPG2细胞,经嘌呤霉素筛选稳定表达,并验证敲低和过表达效率。
评估FAM99A和FAM99B对HCC细胞恶性表型的影响。
通过CCK-8检测细胞活力,流式细胞术检测细胞周期,伤口愈合实验检测迁移,Transwell实验检测侵袭。
测量FAM99A和FAM99B对糖酵解相关代谢指标的影响。
测定细胞内葡萄糖、乳酸、ATP含量及pH值;Western blot检测糖酵解相关蛋白(HK、PFKL、PKM2)表达;Seahorse分析OCR、ECAR、glycoPER等。
鉴定FAM99A和FAM99B下游的DEGs和DE-miRNAs,并预测其功能及调控网络。
对OV-NC、OV-FAM99A、OV-FAM99B组HCCLM3细胞进行转录组和小RNA测序;使用DESeq2鉴定DEGs和DE-miRNAs,进行GO/KEGG富集分析,构建PPI和ceRNA网络,并用RT-qPCR验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Servicebio | G4515 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| CO2培养箱 | Crystal Technology | CL191C | |
| 细胞计数试剂盒8 | Dojindo Laboratories | CK04 | |
| 细胞周期检测 | 碘化丙啶染色液 | -- | -- |
| 流式细胞仪 | Agilent | Novocyte advanteon | |
| 细胞迁移检测 | ibidi划痕插件 | Ibidi | -- |
| 细胞侵袭检测 | 基质胶 | Corning | 346234 |
| Transwell小室 | -- | -- | |
| 结晶紫染色液 | -- | -- | |
| 显微镜观察 | BX53显微镜 | Olympus | -- |
| 细胞破碎 | 超声波细胞破碎仪 | Sonics | VCX 130 |
| 葡萄糖测定 | 葡萄糖检测试剂盒 | Njjcbio | A154-1-1 |
| 乳酸测定 | L-乳酸含量检测试剂盒 | Solarbio | bc2235 |
| ATP测定 | ATP含量检测试剂盒 | Solarbio | bc0305 |
| 代谢测定 | SeahorseXF糖酵解速率测定试剂盒 | Agilent | 103344-100 |
| Seahorse XFe24分析仪 | Agilent | -- | |
| XF24细胞培养板 | Agilent | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| 抗己糖激酶抗体 | Abcam | ab150423 | |
| 抗磷酸果糖激酶抗体 | Abcam | ab97443 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abmart | P30008M | |
| 抗兔IgG辣根过氧化物酶标记抗体 | CST | 7074 | |
| ECL化学发光液 | ApplyGen | P1020-1 | |
| 5200 Multi凝胶成像系统 | Tanon | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Lifetech | 15596026 |
| EzDrop1000紫外分光光度计 | Blue Ray | -- | |
| miDETECT A Track miRNA qRT-PCR Starter Kit | RiboBio | C10712-1 | |
| riboSCRIPT mRNA/lncRNA qRT-PCR Starter Kit | RiboBio | C11030-2 | |
| 7500实时荧光定量PCR系统 | ABI | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与缺氧处理 | 缺氧条件(2% O2,93% N2,5% CO2)、处理时间(48小时)、细胞融合度(约70%) 阅读提示:Methods 2.1 Cell Culture and Hypoxia Treatment |
| 基因表达调控 | 慢病毒载体构建、感染时间(72小时)、嘌呤霉素筛选浓度(5 μg/mL) 阅读提示:Methods 2.2 Cell Transfection |
| 细胞功能检测 | CCK-8检测时间点(0、12、24、48小时)、伤口愈合和Transwell实验时间(48小时)、细胞接种密度 阅读提示:Methods 2.3 Cell Proliferation Assay, 2.4 Cell Migration and Invasion Assay |
| 代谢指标测定 | 葡萄糖、乳酸、ATP检测试剂盒及检测波长(505、570、340 nm)、Seahorse实验细胞密度(3×10^4)、Rot/AA浓度(0.5 μmol/L)、2-DG浓度(50 mmol/L) 阅读提示:Methods 2.5 Glucose, Lactic Acid, and ATP Assays, 2.6 Seahorse Assay |
| Western blot | 抗体稀释比例(HK 1:1000,PFKL 1:1000,PKM 1:10000,GAPDH 1:1000) 阅读提示:Methods 2.7 Western Blotting Assay |
| RT-qPCR | 引物序列(Table S2)、内参基因 阅读提示:Methods 2.8 RT-qPCR Assay, Table S2 |
| 测序分析 | 差异表达阈值(校正后p<0.05,|log2FC|>1) 阅读提示:Methods 2.9 Transcriptome and SmallRNA Sequencing |