生信分析鉴定IGFBP6
寻找肝纤维化进展中的关键分子
整合分析多个GEO数据集,识别差异表达基因,关注纤维化相关通路。
Pantothenic acid ameliorates hepatic fibrosis by targeting IGFBP6 to regulate the TGF-β/SMADs pathway.
包含体外细胞模型、CRISPR敲除验证、体内TAA诱导纤维化模型及机制研究(免疫共沉淀、荧光素酶报告等)。
TAA诱导的肝纤维化小鼠模型 TGF-β刺激的原代小鼠肝星状细胞 TGF-β刺激的LX2细胞系 IGFBP6敲除LX2细胞系
TAA诱导肝纤维化小鼠模型(剂量递增方案) TGF-β刺激浓度(10 ng/mL)及处理时间 PA给药浓度(10或50 mg/kg,经口灌胃) IGFBP6敲除(CRISPR-Cas9)验证PA靶点特异性 泛素化降解检测(MG132抑制实验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找肝纤维化进展中的关键分子
整合分析多个GEO数据集,识别差异表达基因,关注纤维化相关通路。
确认IGFBP6在肝星状细胞中的特异性表达
分离原代小鼠肝细胞,比较不同细胞类型中IGFBP6的表达;分析scRNA-seq数据。
证明IGFBP6在HSC活化中的促纤维化作用
用TGF-β刺激原代HSCs和LX2细胞,敲除IGFBP6后检测纤维化标志物。
发现靶向IGFBP6的抗纤维化化合物
利用PubChem筛选FDA批准的化合物,经SwissADME过滤,用细胞实验验证候选药物的效果。
阐明PA如何调节IGFBP6
利用分子对接、MST、CETSA、Co-IP等实验研究PA与IGFBP6的结合及降解方式。
验证PA对肝纤维化的预防和治疗作用
在TAA诱导的肝纤维化模型中,预防性及治疗性给予PA,评估纤维化程度和标志物表达。
确认PA通过IGFBP6抑制TGF-β/SMAD通路
检测PA对SMAD2/3磷酸化和核转位的影响,并在IGFBP6敲除细胞中验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 硫代乙酰胺 | MedChemExpress | HY-Y0698 |
| 泛酸 | MedChemExpress | HY-B0430 | |
| 细胞培养 | 乙二醇双(2-氨基乙基醚)四乙酸 | MedChemExpress | HY-D0861 |
| 细胞分离 | Liberase | Roche | 05401020001 |
| Nycodenz | Axis-Shield | 1002424 | |
| Percoll | Cytiva | 17089101 | |
| 细胞培养 | HepatoZYME-SFM培养基 | Gibco | 17705-021 |
| DMEM培养基 | Gibco | 11995-073 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875-093 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140-122 | |
| 支原体检测试剂盒 | Yeasen | 40615ES | |
| LX2细胞系 | Procell | CL-0560 | |
| 293T细胞系 | Procell | CL-0005 | |
| THLE-2细胞系 | Cell Bank of the Chinese Academy of Sciences | SCSP-5068 | |
| 药物处理 | 二甲基亚砜 | MedChemExpress | HY-Y0320 |
| MG132 | MedChemExpress | HY-13259 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | MedChemExpress | HY-193123 | |
| SIS3 | MedChemExpress | HY-13013 | |
| 药物筛选 | 生物素 | MedChemExpress | HY-B0511 |
| 地塞米松 | MedChemExpress | HY-14648 | |
| 丙硫氧嘧啶 | MedChemExpress | HY-B0346 | |
| 吡硫翁锌 | MedChemExpress | HY-B0572 | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0011 |
| Western blotting | 硝酸纤维素膜 | Servicebio | G6014 |
| α-SMA抗体 | Proteintech | 14395 | |
| 纤连蛋白抗体 | Proteintech | 15613 | |
| I型胶原α1抗体 | Proteintech | 66761 | |
| IGFBP6抗体 | Proteintech | 18445 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004 | |
| β-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2146 | |
| 磷酸化SMAD2/3抗体 | Cell Signaling Technology | 8828 | |
| SMAD2/3抗体 | Cell Signaling Technology | 72255 | |
| 二抗 | ZSGB-BIO | ZB-2305 | |
| 二抗 | ZSGB-BIO | ZB-2301 | |
| 化学发光试剂 | Biosharp | BL520B | |
| 凝胶成像系统 | ProteinSimple | FluorChem | |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Precision Biotechnology | AG21017 |
| qRT-PCR | 反转录试剂盒 | Precision Biotechnology | AG11728 |
| SYBR Green qPCR试剂盒 | Precision Biotechnology | AG11701 | |
| LightCycler 480 II实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 基因编辑 | lentiCRISPR v2载体 | Addgene | 52961 |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| pMD2.G包装质粒 | Addgene | 12259 | |
| 聚乙烯亚胺 | Beyotime | C0539 | |
| 聚凝胺 | MedChemExpress | HY-112735 | |
| 嘌呤霉素 | MedChemExpress | HY-B1743 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0039 |
| 分子对接 | MOE软件 | -- | -- |
| PyMOL软件 | Schrödinger | 2.04 | |
| Maestro软件 | Schrödinger | -- | |
| MST | 重组人IGFBP6蛋白 | MCE | HY-P73141 |
| Ni-NTA亲和层析 | Thermo Scientific | HisPur | |
| RED-tris-NTA蛋白标记试剂盒 | NanoTemper | -- | |
| Co-IP | IGFBP6抗体 | Proteintech | 32157 |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2003 | |
| 组织学染色 | 天狼星红染色试剂盒 | Solarbio | G1472 |
| 马松三色染色试剂盒 | Solarbio | G1340 | |
| 柠檬酸盐缓冲液 | Solarbio | C1010 | |
| 免疫组化试剂盒 | ZSGB-BIO | SP9000 | |
| 全自动病理切片扫描仪 | LogiScience | MSCAN200 | |
| 胶原含量检测 | Sircol可溶性胶原检测试剂盒 | Biocolor | S1000 |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | SouthernBiotech | 0100-20 |
| 荧光二抗 | Abcam | ab150080 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | TAA给药剂量(50 mg/kg起始,递增)、频率(每周3次)、持续时间(8周),以及PA给药剂量(预防10或50 mg/kg,治疗50 mg/kg)、途径(灌胃) 阅读提示:Methods: Mouse models of hepatic fibrosis |
| 细胞模型建立 | TGF-β刺激浓度(10 ng/mL)、处理时间(12, 24, 48小时),以及PA处理浓度(0.1-10 μM) 阅读提示:Methods: Cell lines and cell-related experiments |
| IGFBP6敲除验证 | sgRNA序列、慢病毒感染MOI、嘌呤霉素筛选浓度 阅读提示:Methods: CRISPR-Cas9 knockout |
| 蛋白降解机制 | MG132浓度(15 μM)、处理时间(24小时)、3-MA浓度(5 mM),以及PA浓度(1 μM) 阅读提示:Methods: Cell lines and cell-related experiments |
| 信号通路验证 | SMAD2/3磷酸化检测时间点(15, 30, 60分钟) 阅读提示:Methods: Western blotting; Fig. 10a, b |