临床评估与遗传分析
鉴定DSD表型并分析遗传病因。
对先证者及其家族成员进行体格检查、激素水平检测、染色体核型分析、C-带分析、全外显子组测序和Sanger测序。
A novel variant in the MAP3K1 genomic locus reveals abnormal cell apoptosis as a potential pathogenic mechanism in 46, XY disorders of sex development.
包含家系遗传分析、体外细胞实验(凋亡、周期、蛋白表达)和机制验证,但仅限于293T细胞系,缺乏动物模型或患者组织验证,实验完整性中等。
293T细胞系 46,XY DSD家系
MAP3K1 c.4445G>A杂合变异 293T细胞系 凋亡检测:Annexin V-FITC/PI染色,流式细胞术 细胞周期:PI染色,流式细胞术 蛋白表达:Western blot mRNA表达:RT-qPCR
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定DSD表型并分析遗传病因。
对先证者及其家族成员进行体格检查、激素水平检测、染色体核型分析、C-带分析、全外显子组测序和Sanger测序。
验证MAP3K1 c.4445G>A变异对细胞功能的影响。
使用CRISPR/Cas9基因编辑技术,在293T细胞中引入杂合c.4445G>A变异,并通过RT-qPCR和测序验证。
评估变异对细胞存活、凋亡和细胞周期的影响。
使用CCK-8检测细胞活力;流式细胞术检测凋亡率和细胞周期分布。
分析凋亡相关蛋白、MAPK通路和性发育相关因子的蛋白表达变化。
使用Western blot检测Bax、Bcl-2、Caspase 3、cleaved Caspase 3、MAP3K1、ERK1/2、p-ERK1/2、p38、p-p38、SOX9和FOXL2的蛋白水平。
检测性发育相关因子的mRNA表达变化。
使用RT-qPCR检测SOX9和FOXL2的mRNA表达水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | QIAamp DNA血液微型试剂盒 | Qiagen | 51104 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricella | PM150210 |
| 胎牛血清 | Pricella | 164210-50 | |
| 基因编辑 | NLS-Cas9-NLS核酸酶 | GenScript | Z03469 |
| 向导RNA | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | MedChemExpress | HY-K0301 |
| Western blot | GAPDH抗体 | Proteintech | HRP-6004 |
| Bax抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| Bcl-2抗体 | Proteintech | 12789-1-AP | |
| Caspase 3抗体 | Wanleibio | WL02117 | |
| cleaved Caspase 3抗体 | Wanleibio | WL01992 | |
| SOX9抗体 | Proteintech | 67439-1-Ig | |
| FOXL2抗体 | Proteintech | 84144-1-RR | |
| ERK1/2抗体 | Proteintech | 16443-1-AP | |
| p-ERK1/2抗体 | Proteintech | 28733-1-AP | |
| p38抗体 | Proteintech | 14064-1-AP | |
| p-p38抗体 | Proteintech | 28796-1-AP | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Bioworld Technology | BS22357 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Bioworld Technology | BS22356 | |
| ECL底物 | MilliporeSigma | WBKLS0050 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| SYBR荧光定量试剂盒 | Takara Bio | -- | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC | -- | -- |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| RNase A | -- | -- | |
| 蛋白提取 | 蛋白提取试剂盒 | Beijing Solarbio Science and Technology Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 家系遗传分析 | 家系成员数量及关系;先证者表型(尿道开口异常,阴茎弯曲);激素水平(LH、E2、T降低);染色体核型(46,XY);WES和Sanger测序结果;变异位点c.4445G>A 阅读提示:Materials and methods: Patients, Karyotype analysis and sex hormone examination, Gene sequencing and bioinformatics analysis; Results: Clinical evaluation, Identification of 46, XY DSD, Identification and bioinformatics analysis of the mutated gene; Figure 1, 2, 3 |
| 细胞系构建 | 293T细胞来源;培养条件(DMEM, 10% FBS, 37°C, 5% CO2);gRNA序列;电穿孔条件;杂合变异的验证(RT-qPCR和测序) 阅读提示:Materials and methods: Cell culturing, Construction of the heterozygous variant cell line using CRISPR/Cas9; Figure 4A-B |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒货号(HY-K0301);细胞培养时间(48h);CCK-8孵育时间(2h);检测波长(450nm) 阅读提示:Materials and methods: Cell counting kit (CCK)-8 assay; Figure 4E |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC和PI染色用量(5 µl);孵育时间(15min);流式细胞仪型号(Navios);结果分析软件(FlowJo 10.10) 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry; Figure 5F-G |
| 细胞周期检测 | 细胞数量(1.5×10^6);75%乙醇固定24h;RNase A处理(100 µl, 37°C, 30min);PI染色(400 µl, 4°C, 30min) 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry; Figure 5H-I |
| 蛋白表达分析 | 蛋白上样量(25 µg/lane);一抗稀释比;二抗稀释比;ECL显色;抗体来源和货号 阅读提示:Materials and methods: Western blot analysis; Figure 5A-D, 6A-B, 6E-F |
| mRNA表达分析 | RNA提取试剂(TRIzol);逆转录试剂盒(SYBR荧光定量试剂盒);引物序列;扩增条件(预变性95°C 3min, 40循环95°C 30sec, 60°C 35sec, 72°C 10sec);2^-ΔΔCq法 阅读提示:Materials and methods: RT-qPCR; Figure 6C-D |