生物信息学分析ENTR1表达与临床相关性
分析ENTR1在多种癌症中的表达水平及其与预后的关系。
利用TCGA、CPTAC、HPA等数据库分析ENTR1在肿瘤和正常组织中的mRNA和蛋白表达,以及其与OS、DSS、DFI、PFI的相关性。
ENTR1 affects the progression of colon cancer by regulating energy metabolism under the influence of glycolysis.
包含体外细胞实验(HCT116)验证增殖、迁移、糖酵解相关酶表达,并结合多组学生物信息学分析(SMR、WGCNA等),但缺乏体内实验验证。
HCT-116结肠癌细胞系 TCGA泛癌数据集 eQTLGen与FinnGen数据库(用于SMR分析)
HCT-116细胞系(STR鉴定) siRNA敲低ENTR1(GeneRal Biol合成) CCK-8增殖检测(0h, 24h, 48h, 72h) 糖酵解酶GLUT1, LDHA, PKM2的表达水平
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析ENTR1在多种癌症中的表达水平及其与预后的关系。
利用TCGA、CPTAC、HPA等数据库分析ENTR1在肿瘤和正常组织中的mRNA和蛋白表达,以及其与OS、DSS、DFI、PFI的相关性。
评估ENTR1表达与结肠癌的潜在因果关系。
使用SMR分析结合eQTL和GWAS数据,以及代谢物MR分析。
验证ENTR1对结肠癌细胞增殖、迁移、侵袭和糖酵解的影响。
在HCT-116细胞中使用siRNA敲低ENTR1,然后进行CCK-8、活/死染色、划痕、Transwell、qPCR、WB和免疫荧光检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| RNA提取 | AG RNAex Pro RNA提取试剂盒 | Accurate Biotechnology | -- |
| 逆转录 | Evo M-MLV逆转录试剂盒 | Accurate Biotechnology | -- |
| qPCR | SYBR Green Pro Taq HS qPCR试剂盒 | Accurate Biotechnology | -- |
| CFX Duet实时荧光定量PCR系统 | BIO-RAD | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| Western blot | SDS-PAGE上样缓冲液 | Beyotime | -- |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 快速封闭液 | Servicebio | -- | |
| 抗GLUT1抗体 | Santa Cruz | sc-377228 | |
| 抗ENTR1抗体 | Santa Cruz | sc-398909 | |
| 抗LDHA抗体 | Proteintech | 19987-1-AP | |
| 抗PKM2抗体 | Proteintech | 60268-1-Ig | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Servicebio | GB15003-100 | |
| 二抗 | Proteintech | SA00001-1 | |
| 二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| siRNA转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Biosharp | -- |
| 活/死染色 | Calcein/PI细胞活力与细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| 激光共聚焦培养皿 | Nest | -- | |
| 荧光显微镜DMi8 | Leica | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Solarbio | -- |
| 山羊血清 | Gibco | -- | |
| 抗GLUT1抗体 | Santa Cruz | sc-377228 | |
| 抗ENTR1抗体 | Santa Cruz | sc-398909 | |
| 抗LDHA抗体 | Proteintech | 19987-1-AP | |
| 抗PKM2抗体 | Proteintech | 60268-1-Ig | |
| 二抗 | Proteintech | RGAM004 | |
| 二抗 | Proteintech | RGAR004 | |
| DAPI染色液 | Solarbio | -- | |
| FITC标记的鬼笔环肽 | Biosharp | -- | |
| 共聚焦激光扫描显微镜FV3000 | Olympus | -- | |
| 迁移/侵袭实验 | 基质胶 | Beyotime | -- |
| 结晶紫 | Beckman | -- | |
| 分子对接 | AlphaFold 3 | -- | -- |
| PyMOL | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HCT-116细胞系来源,培养基,FBS浓度,培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Materials and methods, Cell culture |
| siRNA转染 | siRNA序列,转染试剂(Lipofectamine 3000),转染条件 阅读提示:Materials and methods, siRNA transfection |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种数量,检测时间点,CCK-8孵育时间,波长 阅读提示:Materials and methods, Cell Proliferation |
| 迁移/侵袭实验 | 细胞数量,血清浓度,基质胶浓度,孵育时间 阅读提示:Materials and methods, Cell migration and invasion |
| 分子表达检测 | 抗体稀释比例,引物序列,内参基因 阅读提示:Materials and methods, Western blotting, qRT-PCR, Immunofluorescence |