细胞系筛选与PD-L1沉默
筛选PD-L1高表达的乳腺癌细胞系,用于后续基因沉默实验。
检测六种乳腺癌细胞系中PD-L1 mRNA表达,选择表达最高的MDA-MB-231,使用siRNA沉默PD-L1并验证沉默效率。
Tumor-expressing PD-L1 regulates NT5E expression through MAPK/ERK pathway in triple-negative breast cancer.
包含体外细胞实验(增殖、迁移、侵袭)、RNA-seq和生物信息学分析及临床标本IHC验证,但缺乏体内动物模型验证,机制验证仅限于通路蛋白水平。
MDA-MB-231三阴性乳腺癌细胞系 临床乳腺癌组织标本(39例) TCGA乳腺癌患者队列(615例)
siRNA沉默PD-L1和NT5E的序列及转染效率 NT5E与PD-L1在TCGA及临床标本中的表达相关性 PD-L1和NT5E沉默后细胞增殖、迁移、侵袭能力的改变 Western blot检测MAPK/ERK通路蛋白p-MEK和p-ERK的表达变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选PD-L1高表达的乳腺癌细胞系,用于后续基因沉默实验。
检测六种乳腺癌细胞系中PD-L1 mRNA表达,选择表达最高的MDA-MB-231,使用siRNA沉默PD-L1并验证沉默效率。
鉴定PD-L1沉默后差异表达基因,寻找潜在下游靶点。
对PD-L1沉默的MDA-MB-231细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因,结合TCGA数据库相关性和表达筛选,选定NT5E作为研究对象。
验证NT5E与PD-L1在乳腺癌组织中的表达相关性及预后价值。
对39例乳腺癌组织进行IHC染色,分析NT5E与PD-L1表达相关性;利用TCGA数据验证NT5E与临床病理特征的关系及对总生存期的影响。
明确PD-L1与NT5E之间的调控关系。
在MDA-MB-231中分别沉默PD-L1和NT5E,通过qRT-PCR和Western blot检测相互表达变化。
评估PD-L1和NT5E对乳腺癌细胞增殖和转移能力的影响。
通过CCK-8、克隆形成、Transwell迁移/侵袭和划痕愈合实验检测PD-L1或NT5E敲低后的细胞功能变化。
验证PD-L1调控NT5E是否通过MAPK/ERK通路。
通过对RNA-seq数据进行KEGG和GO富集分析,并使用Western blot检测PD-L1敲低后MAPK/ERK通路蛋白表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091-148 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Sigma-Aldrich | P0781 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| RNA提取与qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| TUREscript逆转录预混液 | Aidlab | AT341 | |
| GO Taq qPCR预混液 | Promega | A6002 | |
| 免疫组织化学 | PD-L1抗体 | Proteintech | 28076-1-AP |
| NT5E抗体 | Boster | A02120-3 | |
| 生物素化抗兔免疫球蛋白 | Bioworld | BA1054 | |
| DAB显色剂 | ZSBIO | ZLI9018 | |
| Harris苏木素 | BASO | BA4097 | |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | MedChemExpress | HY-K0301 |
| 结晶紫 | Solarbio | G1062 | |
| 细胞迁移与侵袭 | Transwell小室 | BD Biosciences | 3472 |
| Matrigel基质胶 | BD Biosciences | 354234 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA蛋白裂解液 | Solarbio | R0010 |
| SDS-PAGE凝胶 | Epizyme Biotech | PG212 | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | IPVH00010 | |
| 封闭液 | Report | RW0501 | |
| MEK抗体 | Boster | BM4055 | |
| p-MEK抗体 | Boster | BM4690 | |
| ERK抗体 | Bioworld | AP0485 | |
| p-ERK抗体 | Bioworld | BS4759 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| ECL检测试剂盒 | Thermo Scientific | WP20005 | |
| 图像采集 | 倒置相差显微镜 | Leica | DFC295 |
| 基因沉默 | PD-L1小干扰RNA | GenePharma | -- |
| NT5E小干扰RNA | GenePharma | -- | |
| 免疫组织化学 | Triton X-100 | Solarbio | T8200 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系选择、siRNA序列、转染试剂及浓度、细胞密度 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture, synchronization, and transfection |
| 基因表达分析 | qPCR引物序列、TRIzol提取、逆转录条件、qPCR循环参数 阅读提示:Materials and Methods: RNA extraction and quantitative real-time PCR analysis |
| 转录组测序与分析 | PD-L1沉默效率、差异表达基因筛选标准、TCGA数据分析流程 阅读提示:Materials and Methods: RNA-seq analysis (Results section) |
| 免疫组织化学 | 组织切片处理、抗原修复方式、一抗稀释度、评分标准 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry (IHC) assay |
| 细胞功能实验 | 细胞接种密度、培养时间、染色方法、统计比较 阅读提示:Materials and Methods: Cell proliferation and colony formation assays, Transwell assay, Wound healing assay; Figure legends 3 and 6 |
| 通路机制验证 | 抗体信息、蛋白上样量、电泳条件、封闭条件、显色方法 阅读提示:Materials and Methods: Western blotting analysis; Results section 'PD-L1 influences NT5E expression via the MAPK/ERK pathway' |