网络药理学分析
鉴定XHP活性成分与PTC的共同靶点,并构建PPI网络。
通过TCMSP获取XHP活性成分,Swiss Target Prediction预测靶点,GeneCard和DisGeNET获取PTC相关基因,Venn分析筛选共同靶点,STRING构建PPI网络。
HIF1A acts as target of XiHuang Pill in the treatment of papillary thyroid cancer by regulating dedifferentiation.
包含网络药理学、分子对接、TCGA数据分析和体外细胞实验等多个独立证据层级,且具有功能验证和机制验证。
TPC-1细胞系 IHH4细胞系 Nthy-ori 3-1正常甲状腺细胞系 TCGA队列(510例PTC患者和58例正常样本)
XHP处理浓度:10、50、100 μmol/L HIF1A过表达质粒oe-HIF1A及对照oe-NC转染 CCK-8、集落形成、划痕愈合、Transwell实验检测增殖、迁移、侵袭 qRT-PCR和Western blot检测HIF1A、CD97、NIS、TG、TPO表达 TCGA数据中HIF1A高/低表达分组及生存分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定XHP活性成分与PTC的共同靶点,并构建PPI网络。
通过TCMSP获取XHP活性成分,Swiss Target Prediction预测靶点,GeneCard和DisGeNET获取PTC相关基因,Venn分析筛选共同靶点,STRING构建PPI网络。
探究共同靶点的功能富集。
利用R软件clusterProfiler包进行GO和KEGG富集分析,并用ggplot2可视化。
验证核心成分与核心靶点的结合活性。
获取核心成分2D结构和靶点蛋白3D结构,使用Autodock 4进行分子对接,结合能< -1.5 kcal/mol视为有效。
评估核心靶点在PTC中的表达、预后、分期、分化和免疫浸润的关联。
基于TCGA数据(510例PTC,58例正常)比较表达,进行生存分析、分期比较、TDS相关性、免疫浸润分析(CIBERSORT)及XGBoost重要性排序。
验证HIF1A在PTC细胞中的表达及其对分化的影响。
检测正常甲状腺细胞系和PTC细胞系中HIF1A表达,并在TPC-1细胞中转染oe-HIF1A,检测分化标志物(CD97、NIS、TG、TPO)表达。
评估XHP对TPC-1细胞恶性表型和分化的影响。
用不同浓度XHP处理TPC-1细胞,检测细胞活力、增殖、迁移、侵袭,以及HIF1A和分化标志物表达。
验证XHP是否通过下调HIF1A来抑制恶性表型和促进分化。
在XHP处理的TPC-1细胞中过表达HIF1A,观察对增殖、迁移、侵袭和分化的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Effectene转染试剂 | QIAGEN | -- |
| RNA提取 | RNeasy Plus Mini试剂盒 | QIAGEN | -- |
| 逆转录 | QuantiTect逆转录试剂盒 | QIAGEN | -- |
| qRT-PCR | Heiff UNICON Universal Blue qPCR SYBR Green预混液 | Yisheng Biotechnology | -- |
| LightCycler 480系统 | Roche | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Yisheng | -- | |
| HIF1A抗体 | Huabio | ER 1802-41 | |
| CD97抗体 | Huabio | HA722563 | |
| NIS抗体 | Proteintech | 24324-1-AP | |
| TG抗体 | Proteintech | 21714-1-AP | |
| TPO抗体 | Abcam | ab109383 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | SA00010-2 | |
| ECL化学发光试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源(Nthy-ori 3-1, TPC-1, IHH4),培养基和添加物(RPMI-1640+10%FBS+1%P/S),培养条件(37°C, 5% CO2),XHP处理浓度(10/50/100 μmol/L) 阅读提示:Methods 2.8 Cell culture and treatment |
| 细胞转染 | 转染试剂(Effectene,QIAGEN),细胞接种密度(1.5×10^5/孔),转染后孵育时间(24h) 阅读提示:Methods 2.9 Cell transfection |
| CCK-8实验 | 细胞密度(2000细胞/孔),检测时间点(12/24/48/72h),CCK-8试剂用量(10μL),孵育时间(3h) 阅读提示:Methods 2.10 CCK-8 assay |
| 集落形成实验 | 细胞密度(800细胞/孔),培养时间(7-14天),结晶紫浓度(0.5%) 阅读提示:Methods 2.11 Colony formation assay |
| 划痕愈合实验 | 细胞密度(5×10^5/孔),划痕后培养基(无血清RPMI-1640),观察时间(0h和24h) 阅读提示:Methods 2.12 Wound healing analysis |
| Transwell侵袭实验 | Matrigel预包被,细胞密度(2×10^4),上室无血清,下室含10%FBS,孵育时间(24h) 阅读提示:Methods 2.13 Transwell analysis for invasion |
| qRT-PCR | RNA提取试剂盒(RNeasy Plus Mini),逆转录试剂盒(QuantiTect),qPCR试剂(SYBR Green),循环条件(95°C 30s, 40×95°C 3s, 60°C 20s),内参(GAPDH) 阅读提示:Methods 2.14 Quantitative real-time PCR |
| Western blot | RIPA裂解液,BCA定量,抗体及稀释比例(文中未明确),ECL显色 阅读提示:Methods 2.15 Western blotting |
| 统计分析 | 统计方法(t检验,方差分析,Tukey检验),显著性水平(P<0.05),软件(GraphPad Prism 10.1.3) 阅读提示:Methods 2.16 Statistical analysis |