筛选与HBx相互作用的宿主蛋白
鉴定与HBx相互作用的宿主蛋白。
在HepG2细胞中过表达HBx或HBV 1.3质粒,然后免疫沉淀HBx,通过质谱鉴定相互作用蛋白。
Lamin A/C promotes HBV transcription by modulating histone modification associated with cccDNA minichromosome in an HBx-dependent manner.
包含体外细胞模型(HepG2-NTCP、HepG2.2.15)、多种功能实验(敲低/过表达、CHX追踪、泛素化)、机制验证(ChIP-qPCR、HBx缺失系统)等多个独立证据层级。
HBV感染的HepG2-NTCP细胞 HepG2.2.15细胞 HuH-7细胞
Lamin A/C与HBx的物理相互作用(co-IP、共定位) Lamin A/C对HBx蛋白稳定性及泛素化水平的影响 Lamin A/C对cccDNA转录活性及组蛋白修饰(H3K4me3、H3K27Ac、H3K9me3、H3K27me3)的影响 HBx缺失对Lamin A/C介导的cccDNA转录调控的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与HBx相互作用的宿主蛋白。
在HepG2细胞中过表达HBx或HBV 1.3质粒,然后免疫沉淀HBx,通过质谱鉴定相互作用蛋白。
确认Lamin A/C是否与HBx物理结合。
在HuH-7细胞中过表达HBx,进行相互共免疫沉淀和免疫荧光共定位实验。
检测Lamin A/C是否影响HBx蛋白的稳定性。
通过RNA干扰敲低或过表达Lamin A/C,检测HBx蛋白和mRNA水平,并进行CHX追踪和泛素化实验。
评估Lamin A/C对cccDNA转录活性的作用。
在HBV感染的HepG2-NTCP细胞或HepG2.2.15细胞中敲低或过表达Lamin A/C,检测HBV RNA、DNA、蛋白和cccDNA转录活性。
确定Lamin A/C的作用是否依赖于HBx。
使用HBx缺失病毒(HBV-ΔHBx)感染HepG2-NTCP细胞,比较Lamin A/C敲低或过表达对野生型HBV和突变体HBV转录的影响。
探究Lamin A/C是否通过表观遗传机制调控cccDNA转录。
通过ChIP-qPCR检测cccDNA上组蛋白修饰(H3K4me3、H3K27Ac、H3K9me3、H3K27me3)的水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| G418 | Solarbio | -- | |
| 多西环素 | Solarbio | -- | |
| 药物处理 | MG132 | Merck | 133407-82-6 |
| 硼替佐米 | Solarbio | -- | |
| 病毒制备 | PEG8000 | Solarbio | -- |
| 质粒构建 | pReceiver-M98-Lamin A/C质粒 | GeneCopoeia | -- |
| RNA干扰 | Lamin A/C siRNA | GenePharma | -- |
| 免疫印迹 | 抗Lamin A/C抗体 | CST | #4777 |
| 抗HBx抗体 | Santa Cruz | sc-57760 | |
| 免疫荧光 | 抗Lamin A/C抗体 | Thermo Fisher | PA5-78041 |
| 免疫沉淀 | 抗HBxAg抗体 | Abcam | ab39716 |
| 免疫印迹 | 抗Flag抗体 | Proteintech | 20543-1-AP |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | 2118S | |
| 抗泛素抗体 | Santa Cruz | sc-166553 | |
| ChIP | 抗H3K4me3抗体 | Abcam | ab8580 |
| 抗H3K27Ac抗体 | Abcam | ab177178 | |
| 抗H3K9me3抗体 | Abcam | ab176916 | |
| 抗H3K27me3抗体 | Abcam | ab192985 | |
| Western blot | HRP标记的山羊抗兔IgG | CST | 7074 |
| HRP标记的山羊抗鼠IgG | CST | 7076 | |
| 免疫荧光 | DyLight 488标记的山羊抗小鼠二抗 | Abcam | ab96899 |
| DyLight 549标记的山羊抗兔二抗 | Abcam | ab96881 | |
| 细胞裂解 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | KeyGEN Bio TECH | KGB5303-50 | |
| 免疫沉淀 | 蛋白A+G琼脂糖 | Beyotime | P2017 |
| Western blot | PVDF膜 | Bio-Rad | 1620177 |
| ECL底物 | NCM Biotech | P10300 | |
| 质谱分析 | 考马斯亮蓝 | Beyotime | P0017 |
| qRT-PCR | SYBR Premix Ex Taq | TaKaRa | RR420Q |
| cccDNA检测 | Premix Ex Taq (探针qPCR) | TaKaRa | RR390Q |
| 新生RNA合成 | Click-iT新生RNA捕获试剂盒 | Thermo Fisher | MP10365 |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质IP试剂盒(磁珠) | Cell Signaling Technology | #9003 |
| DNA纯化 | 通用DNA纯化试剂盒 | TIANGEN | DP214 |
| 免疫荧光 | DAPI | Invitrogen | P36966 |
| 奥林巴斯共聚焦显微镜 | Olympus | FV1000 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(HepG2、HuH-7)、培养基(DMEM)、血清浓度、G418剂量、多西环素剂量 阅读提示:Materials and methods, Cell culture and reagents |
| 病毒感染 | 病毒制备方法(PEG8000沉淀)、感染复数(vge/cell)、感染试剂(PEG8000浓度) 阅读提示:Materials and methods, Preparation of HBV-associated virus |
| siRNA转染 | siRNA序列、转染试剂和方法、转染时间 阅读提示:Materials and methods, Plasmids, siRNAs, and antibodies |
| 蛋白检测 | 抗体稀释比例、裂解缓冲液、免疫沉淀条件 阅读提示:Materials and methods, Co-immunoprecipitation and Western blotting |
| cccDNA转录活性检测 | cccDNA提取方法、qPCR引物、Taqman探针 阅读提示:Materials and methods, HBV DNA and cccDNA extraction |
| ChIP-qPCR | 交联条件、抗体、磁珠、洗涤条件、定量PCR方法 阅读提示:Materials and methods, Chromatin immunoprecipitation (ChIP) coupled with qPCR |