复合物组装与结构解析
获得α1AAR与拮抗剂多沙唑嗪和西洛多辛的复合物结构,以揭示结合模式。
采用通用GPCR结构测定方法,组装α1AAR-mBRIL–Fab–G7-13复合物,通过冷冻电镜数据采集和处理,获得2.99 Å和3.19 Å分辨率的结构模型。
Molecular mechanism of antagonist recognition and regulation of the α1A-adrenoceptor.
包含冷冻电镜结构解析、基于结构的突变功能验证(NanoBiT实验)以及受体亚型间残基互换实验,形成结构与功能双重验证。
α1AAR-mBRIL融合受体(冷冻电镜结构) HEK293T细胞(NanoBiT功能实验) α1BAR及突变体(NanoBiT功能实验)
α1AAR突变体M292L、F86L、F86M、V185A对西洛多辛抑制效能的影响 α1BAR突变体L314M、A204V、A204V/L314M对西洛多辛抑制效能的影响 NanoBiT实验中使用的细胞系为HEK293T,转染DNA量及比例 功能实验重复次数为3次,使用三参数逻辑方程拟合激活曲线
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得α1AAR与拮抗剂多沙唑嗪和西洛多辛的复合物结构,以揭示结合模式。
采用通用GPCR结构测定方法,组装α1AAR-mBRIL–Fab–G7-13复合物,通过冷冻电镜数据采集和处理,获得2.99 Å和3.19 Å分辨率的结构模型。
比较不同拮抗剂在α1AAR正构口袋中的结合姿势和相互作用。
分析多沙唑嗪和西洛多辛与α1AAR残基的相互作用,包括氢键、π-π堆积和疏水接触,并与其他已知结构(如坦索罗辛和A61603)进行比较。
验证结构鉴定的关键残基(M2926.55、V1855.39、F862.64)是否决定西洛多辛的亚型选择性。
构建α1AAR突变体(M292L、F86L、F86M、V185A),以及与α1BAR相应残基互换的突变体,并通过NanoBiT G蛋白招募实验检测西洛多辛和多沙唑嗪的抑制效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白表达与纯化 | pET-22b(+)载体 | -- | -- |
| 大肠杆菌BL21 (DE3)细胞 | -- | -- | |
| 蛋白纯化 | 镍-次氮基三乙酸色谱 | -- | -- |
| 蛋白浓缩 | 30 kDa截留分子量浓缩器 | Millipore | -- |
| 细胞培养与转染 | Expi293F细胞 | Thermo Fisher | A14527 |
| 细胞转染 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 23966 |
| 药物处理 | 多沙唑嗪 | TOPSCIENCE | T22316 |
| 西洛多辛 | TOPSCIENCE | T1504 | |
| 膜蛋白溶解 | 正十二烷基-β-D-麦芽糖苷 | Anatrace | D310 |
| 膜蛋白稳定 | 胆固醇半琥珀酸酯 | Sigma | C6512 |
| 亲和纯化 | 抗FLAG M1亲和树脂 | Sigma-Aldrich | A4596 |
| 去垢剂交换 | 乙二醇-薯蓣皂苷 | Anatrace | GDN101 |
| 尺寸排阻色谱 | Superdex 200 Increase 10/300色谱柱 | GE Healthcare | -- |
| 冷冻电镜制样 | Vitrobot Mark IV | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 冷冻电镜数据采集 | Titan Krios Gi3显微镜 | Thermo Fisher Scientific FEI | -- |
| GIF能量过滤器 | Gatan | -- | |
| 细胞培养 | 人胚胎肾293T细胞 | Pricella | CL-0005 |
| 6孔板 | Corning | -- | |
| 转染 | Lipo8000 | Beyotime | C0533 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Hyclone | -- |
| 白色96孔细胞培养板 | Beyotime | -- | |
| 发光检测 | 发光微孔板读数仪(SpectraMax iD5) | Molecular Devices | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism 8 | GraphPad Software, Inc | -- |
| 冷冻电镜数据收集 | 非晶合金膜载网(CryoMatrix镍钛合金膜,R1.2/1.3) | Zhenjiang Lehua Electronic Technology Co, Ltd | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 结构解析 | 质粒构建、蛋白表达条件(如Expi293F细胞密度、转染时间60小时)、裂解缓冲液和膜缓冲液中拮抗剂浓度(3 μM多沙唑嗪或1 μM西洛多辛)、去垢剂类型和浓度、凝胶过滤色谱柱型号、冷冻电镜制样参数(湿度、温度、blot时间、blot force)、数据采集参数(放大倍数、帧数、剂量率、欠焦值) 阅读提示:Experimental procedures: Complex formation and purification, Cryo-EM sample preparation and data acquisition |
| NanoBiT功能实验 | 细胞系(HEK293T)及来源,转染DNA量(500 ng GPCR-LgBiT、1 μg Gαq、500 ng SmBiT-Gβ、500 ng Gγ),转染试剂及规格(Lipo8000),拮抗剂浓度范围(文中未明确说明具体浓度点,图S9-S10有代表性浓度),底物浓度(5 μM),孵育时间(15分钟),重复次数(n=3) 阅读提示:Experimental procedures: Nanobit G protein recruitment assay, Figures S7-S10, Data S1-S3 |
| 数据统计分析 | 采用Dunnett检验比较不同浓度拮抗剂存在下与无拮抗剂的激活曲线-logEC50值差异,显著性阈值p < 0.05 阅读提示:Experimental procedures: Statistical analyses |