临床样本和公共数据库分析
评估CHRNA9在TNBC中的表达及与预后的关联。
分析TCGA数据库中125例TNBC组织与112例癌旁组织的CHRNA9表达差异;利用METABRIC数据集进行Kaplan-Meier生存分析。
α9 Nicotinic Acetylcholine Receptor Promotes Tumor Proliferation and Suppresses Ferroptosis in Triple-Negative Breast Cancer.
包含临床样本及数据库分析、体外细胞功能实验(增殖、铁死亡相关指标)、体内异种移植及同种移植模型,并有机制验证(Western blot检测通路蛋白)和多肽拮抗剂治疗效果验证。
HCC38和HCC1937人TNBC细胞系 MDA-MB-468、MDA-MB-231等多株乳腺癌细胞系(用于表达谱分析) HCC38异种移植裸鼠模型 4T1同种移植BALB/c小鼠模型
CHRNA9过表达/敲低的稳定细胞系构建效率(Western blot验证) 铁死亡诱导条件:erastin处理浓度25 μM及处理时间48小时 细胞接种数量与时间:HCC38细胞4×10^6皮下接种裸鼠,4T1细胞5×10^5接种BALB/c小鼠 GeXIVA[1,2]给药剂量:17 μg/kg,每日一次皮下注射 肿瘤体积监测时间点:HCC38模型每2周测量,4T1模型第7天起隔天测量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CHRNA9在TNBC中的表达及与预后的关联。
分析TCGA数据库中125例TNBC组织与112例癌旁组织的CHRNA9表达差异;利用METABRIC数据集进行Kaplan-Meier生存分析。
验证α9 nAChR蛋白在乳腺癌细胞系中的表达水平。
通过Western blot检测10株乳腺癌细胞系和正常乳腺上皮细胞MCF10A中α9 nAChR的表达。
检测α9 nAChR过表达或敲低对TNBC细胞增殖的影响。
在HCC38和HCC1937细胞中通过慢病毒转染构建CHRNA9过表达和敲低稳定系,通过ATP测定和集落形成实验评估细胞生长。
探究α9 nAChR调控细胞增殖的分子机制,并排除凋亡参与。
通过Western blot检测AKT、ERK、STAT3磷酸化水平及BAX/Bcl-2比例。
检测α9 nAChR对铁死亡表型和相关通路的影响。
在erastin诱导铁死亡条件下,检测ROS、MDA、GSH水平及SLC7A11/GPX4/Keap1/Nrf2/HO-1蛋白表达。
验证α9 nAChR在体内作为治疗靶点的潜力。
采用HCC38异种移植裸鼠模型评价CHRNA9敲低效果;采用4T1同种移植BALB/c小鼠模型评价GeXIVA[1,2]治疗的效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Procell | PM150110 |
| DMEM培养基 | Procell | PM150210 | |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| 青霉素/链霉素 | Procell | PB180120 | |
| 病毒包装与感染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Lumi™ Steady II细胞活力检测试剂盒 | Beyotime | C0058XL |
| 铁死亡检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
| DCFH-DA探针 | -- | -- | |
| 细胞丙二醛(MDA)检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- | |
| 还原型谷胱甘肽(GSH)检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | SEQ00010 | |
| ECL化学发光试剂盒 | Merck Millipore | WBKLS0500 | |
| 抗BAX抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| 抗Bcl-2抗体 | Affinity Biosciences | AF6139 | |
| 抗GPX4抗体 | Proteintech | 67763-1-Ig | |
| 抗磷酸化AKT (Ser473)抗体 | Proteintech | 66444-1-Ig | |
| 抗AKT抗体 | Proteintech | 60203-2-Ig | |
| 抗磷酸化ERK (Thr202/Tyr204)抗体 | Affinity Biosciences | AF1015 | |
| 抗ERK抗体 | Affinity Biosciences | BF8004 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 抗磷酸化STAT3 (Tyr705)抗体 | Affinity Biosciences | AF3293 | |
| 抗STAT3抗体 | Affinity Biosciences | AF6294 | |
| 抗SLC7A11抗体 | Affinity Biosciences | DF12509 | |
| 抗CHRNA9抗体 | Thermo Fisher | PA5-46826 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 66031-1-lg | |
| 抗Keap1抗体 | Proteintech | 10503-2-AP | |
| 抗Nrf2抗体 | Affinity Biosciences | AF0639 | |
| 抗HO-1抗体 | Affinity Biosciences | AF5393 | |
| 抗PD-L1抗体 | Proteintech | 66248-1-Ig | |
| 抗IDO1抗体 | Proteintech | 13268-1-AP | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Guangzhou Yancheng Biotechnology Company Limited | -- |
| BALB/c小鼠 | Guangzhou Yancheng Biotechnology Company Limited | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism软件 | GraphPad Software, Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(HCC38和HCC1937购自Procell),培养基(RPMI 1640或DMEM),FBS浓度10%,青霉素/链霉素1%,培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:方法2.1 |
| 质粒构建与转染 | 过表达载体pCDH-GFP,敲低载体pLKO.1,shRNA序列(详见方法),转染试剂VSVG和pCMV delta R8.28,polybrene浓度8 μg/mL,细胞培养24小时,puromycin筛选 阅读提示:方法2.4 |
| 体外增殖实验 | ATP检测试剂盒(Beyotime C0058XL),处理时间0-96小时,检测时间点;集落形成实验细胞接种数(HCC38 1000细胞/孔,HCC1937 500细胞/孔),培养时间(过表达15天,敲低23天) 阅读提示:方法2.2和2.3 |
| 铁死亡诱导及指标检测 | erastin浓度(25 μM)用于过表达组比较;ROS检测使用DCFH-DA(10 μM,孵育20分钟);MDA和GSH检测试剂盒品牌;处理时间(ROS检测为48小时) 阅读提示:方法2.5 |
| 蛋白质印迹检测 | 抗体清单、稀释比例、孵育条件(4°C过夜)、二抗孵育时间(1小时)、蛋白上样量(20 μg)、PVDF膜品牌及货号(SEQ00010) 阅读提示:方法2.6 |
| 动物模型及治疗 | 小鼠品系和来源(BALB/c裸鼠和BALB/c小鼠,4-6周龄),细胞接种数量(HCC38 4×10^6,4T1 5×10^5),接种体积(100 μL PBS),GeXIVA[1,2]给药剂量(17 μg/kg),给药途径(皮下注射),给药频率(每日一次),治疗开始时间(第8天),肿瘤测量时间(异种移植模型每2周,同种移植模型第7天起隔天) 阅读提示:方法2.7 |
| 数据统计 | 统计方法:单因素方差分析、双因素方差分析、t检验、Log-rank检验;显著性水平p<0.05 阅读提示:方法2.9 |