生信分析
评估胆固醇生物合成与抗肿瘤免疫的相关性
使用TCGA数据集进行GSVA和ImmuCellAI分析,以及临床组织芯片免疫组化验证。
Tumorous cholesterol biosynthesis curtails anti-tumor immunity by preventing MTOR-TFEB-mediated lysosomal degradation of CD274/PD-L1.
包含体外细胞共培养杀伤实验、MC38小鼠肿瘤模型、CRISPR敲除、免疫组化、免疫荧光、Western blot、qRT-PCR、流式细胞术等多层级验证,并包含机制研究和临床样本分析。
人黑色素瘤细胞系A2058和A375 小鼠结肠癌细胞系MC38 C57BL/6小鼠皮下移植瘤模型 黑色素瘤患者肿瘤组织标本
肿瘤细胞系:A2058、A375、MC38 HMGCR抑制剂:辛伐他汀(simvastatin)、阿托伐他汀(atorvastatin) 给药剂量:辛伐他汀20 mg/kg腹腔注射,每日一次 CD8+ T细胞耗竭:抗CD8A抗体(BioXCell, BE0117)100 μg/只 共培养体系:肿瘤细胞与活化T细胞比例1:5,共培养24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估胆固醇生物合成与抗肿瘤免疫的相关性
使用TCGA数据集进行GSVA和ImmuCellAI分析,以及临床组织芯片免疫组化验证。
评估HMGCR抑制对T细胞杀伤肿瘤细胞的影响
将活化的人T细胞(PBMC来源)与经辛伐他汀或阿托伐他汀处理的黑色素瘤细胞共培养,检测肿瘤细胞存活率和CD8+ T细胞GZMB表达。
评估HMGCR抑制对肿瘤生长和CD8+ T细胞浸润的影响
C57BL/6小鼠皮下接种MC38细胞,给予辛伐他汀和/或抗CTLA4抗体,检测肿瘤生长和免疫细胞浸润。
阐明胆固醇生物合成抑制调控CD274表达的分子机制
通过Western blot、qRT-PCR、免疫荧光等方法检测CD274蛋白和mRNA水平、溶酶体生物合成、MTOR和TFEB的磷酸化与定位。
验证HMGCR-MTOR-LAMP1轴与黑色素瘤患者免疫治疗反应和预后的关系
对黑色素瘤患者肿瘤组织进行免疫荧光染色,分析HMGCR、p-MTOR、LAMP1、CD274等表达与CD8+ T细胞浸润及免疫治疗反应的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 12100046 |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875093 | |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| 青霉素-链霉素 | Solarbio | P7630 | |
| 药物处理 | 辛伐他汀 | Selleck Chemicals | S1792 |
| 阿托伐他汀 | Selleck Chemicals | S2077 | |
| MG132 | Selleck Chemicals | S2619 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | Sigma-Aldrich | M9281 | |
| 氯喹 | Sigma-Aldrich | C6628 | |
| 胆固醇 | Sigma-Aldrich | C4951 | |
| U18666A | MedChemExpress | HY-107433 | |
| MHY1485 | MedChemExpress | HY-B0795 | |
| Torin 1 | MedChemExpress | HY-13003 | |
| 细胞因子处理 | 干扰素γ | PeproTech | 300-02-1000 |
| 动物实验 | 抗小鼠CTLA4抗体 | BioXCell | BE0164 |
| IgG同型对照抗体 | BioXCell | BE0089 | |
| 抗CD8A抗体 | BioXCell | BE0117 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Beyotime Biotechnology | ST551 |
| 免疫组化/免疫荧光 | Tris-EDTA缓冲液 | Solarbio | C1038 |
| 山羊血清 | Solarbio | SL038 | |
| 二抗 | CW Biotechnology | CW2069S | |
| 免疫组化 | AEC过氧化物酶底物试剂盒 | Solarbio | A2010 |
| Mayer苏木素 | Solarbio | G1080 | |
| 免疫荧光 | 吐温-20 | Solarbio | T8220 |
| DAPI封片剂 | Sigma-Aldrich | F6057 | |
| Triton X-100 | Beyotime Biotechnology | ST1723 | |
| LysoTracker Red DND-99 | Invitrogen | L7528 | |
| 亚细胞分离 | NP-40裂解缓冲液 | Thermo Scientific | 85124 |
| 磷酸酶抑制剂 | Roche | 04906845001 | |
| T细胞杀伤实验 | Ficoll分离液 | Dakewei | DKW-KLSH-0100 |
| EasySep人CD4+ T细胞分选试剂盒 | Stemcell Technologies | 17952 | |
| 白细胞介素2 | Peprotech | 200-02 | |
| CD3/CD28 T细胞活化剂 | Stemcell Technologies | 10970 | |
| 抗CD3抗体 | eBioscience | 16-0037 | |
| 流式分析 | Zombie UV活力染料试剂盒 | Biolegend | 423107 |
| APC抗人CD3抗体 | Biolegend | 300312 | |
| FITC抗人CD4抗体 | Biolegend | 300506 | |
| PE/Cy7抗人CD8A抗体 | Biolegend | 344712 | |
| PerCP/Cy5.5抗人CD8A抗体 | Biolegend | 344710 | |
| 细胞染色缓冲液 | Biolegend | 420201 | |
| Foxp3/转录因子染色缓冲液套装 | Invitrogen | 00-5523-00 | |
| PE抗人GZMB抗体 | Biolegend | 372208 | |
| Pacific Blue抗人FOXP3抗体 | Biolegend | 320116 | |
| PE/Cyanine7抗人CTLA4抗体 | Biolegend | 349914 | |
| BD LSR Fortessa流式细胞仪 | BD Bioscience | -- | |
| FlowJo 10.8.1软件 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞存活率检测 | 结晶紫 | Beyotime Biotechnology | C0121 |
| 肿瘤消化 | 小鼠肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-730 |
| gentleMACS Octo组织解离仪(带加热器) | Miltenyi Biotec | 130-096-427 | |
| 70微米细胞筛网 | Miltenyi Biotec | 130-098-462 | |
| 流式分析 | 细胞活化混合物 | Biolegend | 423304 |
| Pacific Blue抗小鼠PTPRC/CD45抗体 | Biolegend | 103126 | |
| APC抗小鼠CD3抗体 | Biolegend | 100236 | |
| PerCP抗小鼠CD8A抗体 | Biolegend | 100732 | |
| PE抗小鼠CD4抗体 | Biolegend | 100408 | |
| PE抗小鼠GZMB抗体 | Biolegend | 372208 | |
| FITC抗小鼠PDCD1抗体 | Biolegend | 135214 | |
| BV650抗小鼠IL10抗体 | Biolegend | 505039 | |
| PerCP/Cy5.5抗小鼠CTLA4抗体 | Biolegend | 106315 | |
| AF647抗小鼠FOXP3抗体 | Biolegend | 320014 | |
| qRT-PCR | RNAiso Plus | Takara | 9109 |
| Multiskan FC酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PrimeScript RT Master mix试剂盒 | Takara | RR036A | |
| SYBR Premix Ex Taq II试剂盒 | Takara | RR820A | |
| Bio-Rad彩色实时PCR检测系统 | Bio-Rad | iQTM5 | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Beyotime Biotechnology | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotechnology | P0012 | |
| SDS-PAGE凝胶电泳 | Beyotime Biotechnology | P0012A | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| HRP标记二抗 | Jackson ImmunoResearch | 111-035-003; | |
| Western ECL底物 | Thermo Fischer Scientific | 35055A | |
| Bio-Rad ChemiDoc XRS+凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 流式分析 | APC偶联抗人CD274抗体 | Biolegend | 32978 |
| 染色 | 菲律宾III | Cayman | Cay70440-500 |
| PDCD1和CD274结合实验 | 重组人PDCD1-FC嵌合蛋白 | R&D Systems | 1086-PD-050 |
| 山羊抗人IgG Alexa Fluor 488荧光二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11013 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源:A2058 (CRL-11147), A375 (CRL-1619) 来自ATCC;MC38来自中国科学院细胞库。培养基:DMEM (Gibco 12100046) 或RPMI 1640 (Gibco 11875093),添加10% FBS (Procell 164210)和1%青霉素-链霉素 (Solarbio P7630)。 阅读提示:Materials and methods, Cell culture and reagents |
| 药物处理 | 辛伐他汀和阿托伐他汀浓度(文中未明确给出具体浓度,需参考图例),处理时间24小时。其它抑制剂:MG132, 氯喹, MHY1485, Torin1, U18666A的浓度和时间需参考上下文。 阅读提示:Materials and methods, Cell culture and reagents; Figure legends 3B, 4C, 6B, 6C, S6B |
| T细胞杀伤实验 | 共培养比例(1:5),共培养时间(24小时),IL2浓度(1000 U/mL),抗CD3抗体浓度(100 ng/mL),T细胞活化条件(CD3/CD28激活剂刺激5天)。 阅读提示:Materials and methods, T cell-mediated tumor cell killing assay |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6),性别(雌性),年龄(6周),接种细胞数(MC38: 5×10^5),给药方案(辛伐他汀20 mg/kg每日腹腔注射,抗CTLA4抗体100 μg/只每3天),肿瘤测量方法(每3天)。 阅读提示:Materials and methods, Mice and tumor models |
| CD8+ T细胞耗竭 | 抗CD8A抗体(BioXCell, BE0117)用量(100 μg/只),注射时间(肿瘤种植前2天开始,其后每周两次)。 阅读提示:Materials and methods, Mice and tumor models |
| 流式分析 | 抗体克隆号和稀释度,死细胞排除(Zombie UV染料),固定/透化方法(Foxp3/转录因子缓冲液套装)。 阅读提示:Materials and methods, Flow cytometry analysis of TILs; Table 1 |
| Western blot | 一抗目录号和稀释比例(见表1),二抗来源,蛋白提取方法,ECL底物。 阅读提示:Materials and methods, Protein preparation and western blotting |
| 临床样本分析 | 患者队列:26例黑色素瘤患者,接受抗PDCD1治疗,应答评估基于RECIST标准。免疫荧光染色和相关性分析方法。 阅读提示:Materials and methods, Clinical tissue samples; Results, section "The activation..."; Figure 7 |