生信分析与细胞表达验证
分析HNRNPC在甲状腺癌组织和细胞中的表达水平
使用GSCA、GEPIA2、Starbase数据库分析TC组织中HNRNPC表达,并通过RT-qPCR和Western blot检测甲状腺癌细胞系(BHT-101、B-CPAP、SW579)和正常甲状腺滤泡上皮细胞(Nthy-ori3-1)中HNRNPC的表达。
Mechanism of the N6-methyladenosine reader heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C facilitating immune escape in thyroid cancer by stabilizing programmed death ligand 1.
包含细胞模型、功能实验(增殖、迁移、侵袭)、免疫共培养、机制验证(Me-RIP、RIP、mRNA稳定性),但缺乏动物实验和临床样本验证。
人甲状腺癌细胞系SW579 人甲状腺癌细胞系B-CPAP 人甲状腺滤泡上皮细胞系Nthy-ori3-1 CD8+ T细胞共培养体系
HNRNPC过表达载体pcDNA3.1-HNRNPC及si-HNRNPC转染效率验证 转染后24小时进行后续实验 CD8+ T细胞与TC细胞共培养5天 放线菌素D处理浓度5 μg/mL,检测0、2、4、6小时 实验设置3个技术重复和3次独立生物学重复
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析HNRNPC在甲状腺癌组织和细胞中的表达水平
使用GSCA、GEPIA2、Starbase数据库分析TC组织中HNRNPC表达,并通过RT-qPCR和Western blot检测甲状腺癌细胞系(BHT-101、B-CPAP、SW579)和正常甲状腺滤泡上皮细胞(Nthy-ori3-1)中HNRNPC的表达。
验证HNRNPC对甲状腺癌细胞增殖、迁移、侵袭和免疫逃逸的影响
在SW579细胞中过表达HNRNPC,在B-CPAP细胞中敲低HNRNPC,通过CCK-8、集落形成、Transwell实验评估细胞增殖、迁移和侵袭;通过与CD8+ T细胞共培养,流式细胞术检测T细胞增殖,ELISA检测IFN-γ和TNF-α水平。
验证HNRNPC与PD-L1的相互作用及其对PD-L1 mRNA稳定性和m6A修饰的影响
通过Starbase和SRAMP数据库预测相关性及m6A位点;通过RIP实验检测HNRNPC与PD-L1 mRNA的结合;通过Me-RIP检测m6A修饰水平;用放线菌素D处理细胞检测PD-L1 mRNA稳定性。
验证PD-L1在HNRNPC促免疫逃逸中的关键作用
在SW579细胞中共转染oe-HNRNPC和si-PD-L1,检测PD-L1表达、细胞增殖、迁移、侵袭以及CD8+ T细胞增殖和细胞因子水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| pcDNA3.1-HNRNPC质粒 | GenePharma | -- | |
| si-HNRNPC小干扰RNA | GenePharma | -- | |
| si-PD-L1小干扰RNA | GenePharma | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- | |
| SYBR Premix Ex Taq II | Takara | -- | |
| ABI 7900HT实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| CCK-8 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | -- |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| Transwell实验 | Matrigel基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 苏木素 | Beyotime | C0107 | |
| CD8+ T细胞增殖实验 | 抗CD3/抗CD28四聚体抗体 | STEMCELL Technologies | -- |
| 白细胞介素-2 | -- | -- | |
| CFSE染料 | Solarbio | S1076 | |
| 流式细胞术 | FACS Calibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | Enzyme-linked Biotechnology | ml002953 |
| IFN-γ ELISA试剂盒 | Enzyme-linked Biotechnology | ml057856 | |
| Me-RIP | PolyATtract mRNA分离系统 | Thermo Fisher Scientific | 61006 |
| 抗IgG抗体 | Abcam | ab109489 | |
| 抗m6A抗体 | Abcam | ab151230 | |
| RIP | Magna RIP试剂盒 | Millipore | -- |
| 抗HNRNPC抗体 | GeneTex | GTX113463 | |
| 正常兔IgG | Abcam | ab172730 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013E |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 抗HNRNPC抗体 | Abcam | ab133607 | |
| 抗PD-L1抗体 | Abcam | ab213524 | |
| 山羊抗兔IgG抗体(HRP) | GeneTex | GTX26721 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 | |
| ECL Plus化学发光试剂盒 | Life Technology | -- | |
| 数据分析 | Image J软件 | National Institutes of Health | -- |
| 统计 | GraphPad Prism 9.5.0软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系培养条件:SW579和BHT-101使用DMEM含10% FBS和1%青霉素-链霉素;B-CPAP和Nthy-ori3-1使用RPMI 1640含10% FBS和1%青霉素-链霉素;5% CO2,37°C 阅读提示:Materials and methods - Cell culture |
| 细胞转染 | 转染试剂Lipofectamine 3000的用量(3.75 µL/mL),转染后24小时进行后续实验 阅读提示:Materials and methods - Cell transfection and grouping |
| CD8+ T细胞增殖实验 | CD8+ T细胞与TC细胞共培养时间5天,IL-2浓度20 IU/mL,CFSE标记 阅读提示:Materials and methods - CD8+ T cell proliferation assay |
| RNA稳定性分析 | 放线菌素D处理浓度5 μg/mL,检测时间点0、2、4、6小时 阅读提示:Materials and methods - RNA stability analysis |
| 统计设计 | 每组3个技术重复和3次独立生物学重复;使用Shapiro-Wilk检验正态性;两组比较用独立样本t检验;多组比较用单因素方差分析和Tukey事后检验;显著性水平P<0.05 阅读提示:Materials and methods - Statistical analysis |