单细胞转录组测序及数据处理
描绘CRC肿瘤微环境的细胞组成和性别差异。
对32例CRC患者的肿瘤组织进行单细胞3'文库制备和测序,经质量控制后获得167,437个细胞,鉴定出9种主要细胞类型。
Notable influences of estrogen and sex-specific microenvironment in colorectal cancer revealed by single-cell transcriptome analysis.
包含单细胞转录组测序及多组学分析,并有多重免疫组化、Western blot和TUNEL实验进行功能验证。
32例CRC患者肿瘤样本(19男13女) RKO人结直肠癌细胞系 LS174T人结直肠癌细胞系
单细胞测序样本:32例CRC肿瘤样本(19男13女) 雌激素处理浓度:10⁻⁶ M、10⁻⁷ M、10⁻⁸ M,处理48小时 Western blot检测凋亡相关蛋白BAX、BCL-2、CASP9、Cle-CASP9 TUNEL染色评估细胞凋亡 多重免疫组化验证CD8+ GZMB+ EOMES+ T细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘CRC肿瘤微环境的细胞组成和性别差异。
对32例CRC患者的肿瘤组织进行单细胞3'文库制备和测序,经质量控制后获得167,437个细胞,鉴定出9种主要细胞类型。
鉴定细胞类型并评估其功能和通路活性。
基于经典标记基因注释细胞类型,使用AUCell评估细胞功能和信号通路基因集得分。
验证雌激素对CRC细胞凋亡的诱导作用。
用不同浓度E2处理RKO和LS174T细胞,通过Western blot检测凋亡相关蛋白表达,TUNEL染色检测DNA断裂。
探究CD8+ T细胞抗肿瘤功能的性别差异及其转录调控机制。
对T细胞亚群进行聚类,评估细胞毒性基因集得分,使用SCENIC分析转录因子调控网络,并通过多重免疫组化验证EOMES和GZMB表达。
探究B细胞分化状态和抗原呈递能力的性别差异。
对B细胞亚群进行聚类和轨迹分析,评估分化状态和抗原呈递基因集得分,并通过CellChat分析B细胞与T细胞的MHC-I相互作用。
探究Macro_CCL4与CD8+ T细胞的通讯及其性别差异。
对髓系细胞亚群进行分析,评估TNF相关通路,使用CellChat分析细胞间配体-受体相互作用。
探究CAF亚群的性别差异及其与肿瘤细胞的通讯。
对成纤维细胞进行聚类,鉴定CAF_MMP11为mCAF表型,分析其与恶性上皮细胞的相互作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞悬液制备 | MACS人肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| 单细胞文库构建 | DNBelab C4单细胞RNA制备试剂盒 | -- | -- |
| 单细胞测序 | DNBelab C4测序平台 | -- | -- |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Corning | -- |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| 青霉素和链霉素 | ThermoFisher | -- | |
| 细胞处理 | β-雌二醇 | Merck | 50-28-2 |
| 蛋白浓度测定 | BCA蛋白检测试剂盒 | Servicebio | G2026 |
| Western blot | SDS-PAGE凝胶 | Vazyme | -- |
| PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 | |
| 快速封闭液 | Servicebio | G2052 | |
| 抗BAX抗体 | Cell Signaling Technology | D2E11 | |
| 抗BCL-2抗体 | ZEN BIO | R22494 | |
| 抗CASP9抗体 | ZEN BIO | R22844 | |
| 抗Cleaved-CASP9抗体 | ZEN BIO | R381336 | |
| 抗GAPDH抗体 | Servicebio | ZB15004-HRP-100 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Servicebio | GB23303 | |
| ECL化学发光试剂 | Servicebio | G2020 | |
| TUNEL染色 | TMR(红色)TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | Servicebio | G1502 |
| 蛋白酶K | -- | -- | |
| DNase I | Servicebio | G3342 | |
| DAPI抗淬灭封片剂 | Servicebio | G1407 | |
| 多重免疫组化 | PANO 5重免疫组化试剂盒 | Panovue | 10002100100 |
| 柠檬酸盐溶液(pH 9.5) | ZSGB-BIO | -- | |
| 抗EOMES抗体 | Abcam | EPR21950-241 | |
| 辣根过氧化物酶标记的二抗 | Panovue | -- | |
| TSA工作液 | Panovue | -- | |
| 抗GZMB抗体 | CST | D6E9W | |
| 抗CD8抗体 | CST | C8/144B | |
| TissueFAXS细胞分析平台 | -- | -- | |
| StrataQuest软件 | -- | -- | |
| 图像扫描 | Pannoramic 250 FLASH III数字切片扫描仪 | -- | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞测序样本 | 样本数量:32例CRC患者(19男13女) 阅读提示:Materials and Methods: Human subjects |
| 单细胞数据处理 | 过滤标准:线粒体转录本比例≤20%,基因数300-6000,UMI≤30000 阅读提示:Materials and Methods: Single-cell RNA-seq data processing |
| 雌激素处理 | E2浓度:10⁻⁶ M、10⁻⁷ M、10⁻⁸ M,处理时间48小时 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture and treatment |
| Western blot | 抗体及稀释比例:BAX (1:1000), BCL-2 (1:1000), CASP9 (1:1000), Cle-CASP9 (1:1000), GAPDH (1:3000) 阅读提示:Materials and Methods: Western blot |
| TUNEL染色 | 细胞接种密度:1×10⁵ cells/35mm dish,固定和透化处理 阅读提示:Materials and Methods: TUNEL staining |
| 多重免疫组化 | 样本:5男5女CRC病例,未接受新辅助治疗;抗体及稀释比例:EOMES (1:50), GZMB (1:200), CD8 (1:200) 阅读提示:Materials and Methods: Multi-color immunohistochemistry |
| 细胞通讯分析 | CellChat参数:配体受体表达细胞数≥10 阅读提示:Materials and Methods: Cell-cell interaction analysis |