单细胞转录组分析揭示雌激素和性别特异性微环境在结直肠癌中的显著影响。

Notable influences of estrogen and sex-specific microenvironment in colorectal cancer revealed by single-cell transcriptome analysis.

作者信息Yihui Zheng, Chaoxin Yang, Guozhong Xiao, Mingyuan Lei, Pengfei Qin, Huaxian Chen, Hongcheng Lin
PMID40520886
发布时间2025-05-28
DOI10.7150/ijms.106133

实验完整度

包含单细胞转录组测序及多组学分析,并有多重免疫组化、Western blot和TUNEL实验进行功能验证。

主要模型

32例CRC患者肿瘤样本(19男13女) RKO人结直肠癌细胞系 LS174T人结直肠癌细胞系

重点核对

单细胞测序样本:32例CRC肿瘤样本(19男13女) 雌激素处理浓度:10⁻⁶ M、10⁻⁷ M、10⁻⁸ M,处理48小时 Western blot检测凋亡相关蛋白BAX、BCL-2、CASP9、Cle-CASP9 TUNEL染色评估细胞凋亡 多重免疫组化验证CD8+ GZMB+ EOMES+ T细胞

摘要

背景:结直肠癌(CRC)是全球第三大常见恶性肿瘤,表现出显著的性别特异性预后差异,但其潜在生物学机制仍知之甚少。方法:在本研究中,我们对32例CRC样本进行了单细胞测序,随后进行了通路富集分析、细胞-细胞相互作用分析和转录因子分析。使用多重免疫组织化学检测了CD8+ T细胞中GZMB和转录因子EOMES的共表达。采用Western blot和TUNEL实验验证雌激素诱导的CRC细胞系凋亡。结果:经过质量控制,我们从所有样本中获得了总共167,437个细胞,涵盖9种细胞类型。具体而言,我们的分析揭示了CRC中细胞组成、功能和细胞间相互作用的性别差异。值得注意的是,女性CRC样本中雌激素信号通路激活与凋亡活性之间存在显著正相关,Western blot和TUNEL实验验证了雌激素介导的CRC细胞凋亡诱导。女性CRC中免疫反应显著增强,CD8+ T细胞中EOMES基因调控网络表达增加,从而增强T细胞免疫。此外,女性CRC的B细胞表现出改善的抗原呈递和与T细胞的MHC-I相互作用能力。另外,Macro_CCL4细胞与CD8+ T细胞进行性别特异性的TNF-TNFRSF1B串扰,可能导致女性抗肿瘤免疫力增强。相反,具有肌成纤维细胞CAF表型的CAF_MMP11细胞通过THBS、MK和FN1等信号通路与恶性上皮细胞相互作用,可能促进CRC进展。结论:我们的研究强调了CRC中按性别划分的独特免疫和激素反应,这可能解释所观察到的预后差异。这些发现可能为CRC的靶向治疗提供进一步的生物学见解。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
结直肠癌肿瘤微环境中性别差异的细胞和分子机制是什么?
核心机制
雌激素通过促进肿瘤细胞凋亡、增强CD8+ T细胞EOMES基因调控网络活性、改善B细胞抗原呈递及Macro_CCL4与CD8+ T细胞的TNF-TNFRSF1B相互作用,增强女性抗肿瘤免疫;而男性肿瘤微环境中CAF_MMP11通过THBS、MK和FN1信号与恶性上皮细胞相互作用促进肿瘤进展。
主要证据
单细胞转录组分析显示女性CRC中雌激素信号与凋亡通路正相关,体外实验证实雌激素诱导CRC细胞凋亡(Western blot和TUNEL);多重免疫组化显示女性CD8+ T细胞中EOMES和GZMB表达更高;CellChat分析显示女性B细胞与CD8+ T细胞MHC-I相互作用增强,以及Macro_CCL4与CD8+ T细胞的TNF-TNFRSF1B相互作用增强。
研究意义
揭示了CRC中性别特异的免疫和激素反应,为解释性别间预后差异提供了机制见解,可能为CRC的靶向治疗提供进一步的生物学依据。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

单细胞转录组测序及数据处理

描绘CRC肿瘤微环境的细胞组成和性别差异。

对32例CRC患者的肿瘤组织进行单细胞3'文库制备和测序,经质量控制后获得167,437个细胞,鉴定出9种主要细胞类型。

2

细胞类型注释及基因集评分

鉴定细胞类型并评估其功能和通路活性。

基于经典标记基因注释细胞类型,使用AUCell评估细胞功能和信号通路基因集得分。

3

雌激素诱导凋亡的体外验证

验证雌激素对CRC细胞凋亡的诱导作用。

用不同浓度E2处理RKO和LS174T细胞,通过Western blot检测凋亡相关蛋白表达,TUNEL染色检测DNA断裂。

4

CD8+ T细胞功能及转录调控分析

探究CD8+ T细胞抗肿瘤功能的性别差异及其转录调控机制。

对T细胞亚群进行聚类,评估细胞毒性基因集得分,使用SCENIC分析转录因子调控网络,并通过多重免疫组化验证EOMES和GZMB表达。

5

B细胞分化及抗原呈递分析

探究B细胞分化状态和抗原呈递能力的性别差异。

对B细胞亚群进行聚类和轨迹分析,评估分化状态和抗原呈递基因集得分,并通过CellChat分析B细胞与T细胞的MHC-I相互作用。

6

巨噬细胞与CD8+ T细胞相互作用分析

探究Macro_CCL4与CD8+ T细胞的通讯及其性别差异。

对髓系细胞亚群进行分析,评估TNF相关通路,使用CellChat分析细胞间配体-受体相互作用。

7

成纤维细胞亚群及与肿瘤细胞相互作用分析

探究CAF亚群的性别差异及其与肿瘤细胞的通讯。

对成纤维细胞进行聚类,鉴定CAF_MMP11为mCAF表型,分析其与恶性上皮细胞的相互作用。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

单细胞转录组测序和数据处理
细胞间通讯分析
转录因子和基因调控网络分析
组织偏好分析
蛋白表达和凋亡检测
免疫组织化学

产品清单

实验环节名称品牌货号
MACS人肿瘤解离试剂盒Miltenyi Biotec--
DNBelab C4单细胞RNA制备试剂盒----
DNBelab C4测序平台----
RPMI-1640培养基Corning--
胎牛血清Procell--
青霉素和链霉素ThermoFisher--
β-雌二醇Merck50-28-2
BCA蛋白检测试剂盒ServicebioG2026
SDS-PAGE凝胶Vazyme--
PVDF膜MilliporeISEQ00010
快速封闭液ServicebioG2052
抗BAX抗体Cell Signaling TechnologyD2E11
抗BCL-2抗体ZEN BIOR22494
抗CASP9抗体ZEN BIOR22844
抗Cleaved-CASP9抗体ZEN BIOR381336
抗GAPDH抗体ServicebioZB15004-HRP-100
HRP标记的山羊抗兔IgGServicebioGB23303
ECL化学发光试剂ServicebioG2020
TMR(红色)TUNEL细胞凋亡检测试剂盒ServicebioG1502
蛋白酶K----
DNase IServicebioG3342
DAPI抗淬灭封片剂ServicebioG1407
PANO 5重免疫组化试剂盒Panovue10002100100
柠檬酸盐溶液(pH 9.5)ZSGB-BIO--
抗EOMES抗体AbcamEPR21950-241
辣根过氧化物酶标记的二抗Panovue--
TSA工作液Panovue--
抗GZMB抗体CSTD6E9W
抗CD8抗体CSTC8/144B
TissueFAXS细胞分析平台----
StrataQuest软件----
Pannoramic 250 FLASH III数字切片扫描仪----
ImageJ软件----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
单细胞测序样本
样本数量:32例CRC患者(19男13女)
阅读提示:Materials and Methods: Human subjects
单细胞数据处理
过滤标准:线粒体转录本比例≤20%,基因数300-6000,UMI≤30000
阅读提示:Materials and Methods: Single-cell RNA-seq data processing
雌激素处理
E2浓度:10⁻⁶ M、10⁻⁷ M、10⁻⁸ M,处理时间48小时
阅读提示:Materials and Methods: Cell culture and treatment
Western blot
抗体及稀释比例:BAX (1:1000), BCL-2 (1:1000), CASP9 (1:1000), Cle-CASP9 (1:1000), GAPDH (1:3000)
阅读提示:Materials and Methods: Western blot
TUNEL染色
细胞接种密度:1×10⁵ cells/35mm dish,固定和透化处理
阅读提示:Materials and Methods: TUNEL staining
多重免疫组化
样本:5男5女CRC病例,未接受新辅助治疗;抗体及稀释比例:EOMES (1:50), GZMB (1:200), CD8 (1:200)
阅读提示:Materials and Methods: Multi-color immunohistochemistry
细胞通讯分析
CellChat参数:配体受体表达细胞数≥10
阅读提示:Materials and Methods: Cell-cell interaction analysis