网络药理学靶点预测与通路富集分析
识别汉黄芩素治疗催乳素瘤的潜在靶点及主要信号通路。
检索TCMSP、SwissTargetPrediction、STITCH数据库获取药物靶点;从GEO数据库获取GSE119063数据集、GeneCards和PharmGKB获取疾病靶点,取交集后构建PPI网络并识别9个Hub基因;进行GO和KEGG富集分析。
Wogonin inhibits the proliferation of prolactinoma through the PI3K/AKT signaling pathway.
包含网络药理学预测、分子对接、体外细胞实验(CCK-8、克隆形成、Western blot、ELISA)和体内裸鼠异种移植瘤模型验证,具有多层级实验证据。
大鼠垂体瘤细胞系MMQ 大鼠垂体瘤细胞系GH3 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型
汉黄芩素处理浓度和时间:GH3细胞0、30、60、120μM;MMQ细胞0、50、100、200μM,处理72小时 细胞活力检测使用CCK-8试剂盒,细胞接种密度为每孔1×10^4细胞,五个复孔 体内实验:BALB/c裸鼠皮下注射约1.0×10^7个GH3细胞,肿瘤体积达2-4mm后随机分为4组(n=5) 给药方案:汉黄芩素120mg/kg/天灌胃,溴隐亭1mg/kg/天灌胃,连续14天 Western blot检测p-PI3K、p-AKT、Bax、cleaved caspase-3和cleaved caspase-9,以GAPDH为内参,n=5
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别汉黄芩素治疗催乳素瘤的潜在靶点及主要信号通路。
检索TCMSP、SwissTargetPrediction、STITCH数据库获取药物靶点;从GEO数据库获取GSE119063数据集、GeneCards和PharmGKB获取疾病靶点,取交集后构建PPI网络并识别9个Hub基因;进行GO和KEGG富集分析。
验证汉黄芩素与Hub靶点的结合亲和力和稳定性。
利用AutoDockTools进行分子对接,汉黄芩素分别与9个Hub靶点(BCL2、CCL2、EGFR、ESR1、ESR2、IL6、KDR、MYC、PTGS2)进行对接,结合能范围为-3.83至-6.67 kcal/mol。
评估汉黄芩素对催乳素瘤细胞增殖和克隆形成能力的影响。
使用GH3和MMQ细胞,以不同浓度汉黄芩素处理不同时间,通过CCK-8检测细胞活力;GH3细胞进行克隆形成实验(0、30、60、120μM),观察克隆形成数量。
验证汉黄芩素对PI3K/AKT通路磷酸化及凋亡蛋白表达的影响。
分别用不同浓度汉黄芩素处理GH3和MMQ细胞72小时后,提取蛋白,检测p-PI3K、p-AKT、Bax、cleaved caspase-3、cleaved caspase-9的表达水平。
评估汉黄芩素对催乳素瘤细胞催乳素分泌的影响。
收集汉黄芩素处理72小时后的GH3和MMQ细胞上清,使用大鼠PRL ELISA试剂盒检测PRL浓度。
评估汉黄芩素在体内对催乳素瘤生长的影响及其与溴隐亭的联合作用。
将GH3细胞皮下注射入BALB/c裸鼠,建立异种移植瘤模型,肿瘤形成后随机分4组,分别给予汉黄芩素、溴隐亭或联合治疗,测量肿瘤体积和重量,并通过免疫组化检测Ki-67、p-PI3K和p-AKT表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 汉黄芩素 | Shanghai Macklin Biochemical Technology Co., Ltd. | W820521-50 mg |
| 溴隐亭 | Shanghai Macklin Biochemical Technology Co., Ltd. | B860726-50 mg | |
| 细胞培养 | Ham's F12K培养基 | Wuhan Procell Life Science and Technology Co., Ltd. | -- |
| 马血清 | Wuhan Procell Life Science and Technology Co., Ltd. | -- | |
| 胎牛血清 | Wuhan Procell Life Science and Technology Co., Ltd. | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Wuhan Procell Life Science and Technology Co., Ltd. | -- | |
| Western blot | 抗GAPDH抗体 | Affinity Biosciences | T0004 |
| 抗PI3K抗体 | Affinity Biosciences | AF6242 | |
| 抗AKT抗体 | Affinity Biosciences | AF6261 | |
| 抗Bax抗体 | Affinity Biosciences | AF0120 | |
| 抗磷酸化PI3K抗体 | ImmunoWay Biotechnology | YP0224 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060T | |
| 抗裂解Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661S | |
| 抗裂解Caspase-9抗体 | Cell Signaling Technology | 9507S | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Melone Pharmaceutical Co., Ltd. | MAO218 |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Bioswamp | RA20563 |
| 细胞活力检测 | Multiskan FC酶标仪 | Thermo Scientific | -- |
| Western blot | Tanon-4600 | Shanghai, China | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 鼠垂体瘤细胞系MMQ和GH3;培养条件:Ham's F12K培养基,15%马血清,2.5%胎牛血清,1%青霉素-链霉素,37°C,5% CO2 阅读提示:2.8 Cell culture |
| 细胞活力检测(CCK-8) | 细胞接种密度1×10^4细胞/孔,5个复孔;处理浓度和时间(24、48、72小时);汉黄芩素浓度范围(0-200μM);CCK-8试剂盒检测,OD值于450nm读取 阅读提示:2.9 Cell viability assay |
| 克隆形成实验 | GH3细胞接种密度1,000-2,000细胞/孔,6孔板,3个复孔;处理浓度(0、30、60、120μM);培养14-21天,每4-5天换液 阅读提示:2.10 Colony formation assay |
| ELISA | 细胞接种密度1×10^5细胞/孔,6孔板,3个复孔;处理时间72小时;处理浓度:GH3细胞0、30、60、120μM,MMQ细胞0、50、100、200μM;使用大鼠PRL ELISA试剂盒 阅读提示:2.11 Enzyme-linked immunosorbent assay |
| Western blot | 处理时间72小时;处理浓度:GH3细胞0、30、60、120μM,MMQ细胞0、50、100、200μM;蛋白质提取后BCA定量,SDS-PAGE上样;一抗孵育条件;独立重复5次 阅读提示:2.12 Western blot analysis |
| 体内动物实验 | 雌性BALB/c裸鼠(4-6周龄,n=20);皮下注射GH3细胞(约1.0×10^7);随机分为对照组、汉黄芩素组(120mg/kg/day灌胃)、溴隐亭组(1mg/kg/day灌胃)、联合组;持续14天;检测肿瘤体积和重量;免疫组化检测Ki-67、p-PI3K、p-AKT 阅读提示:2.13 Tumor cell xenograft nude mouse models; 2.14 Immunohistochemistry |