表达与预后分析
探究FBXL18在EC组织和细胞中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用TCGA数据、UALCAN数据库及qRT-PCR和Western blot检测FBXL18在EC组织、细胞系和正常对照中的表达,并进行Kaplan-Meier生存分析。
FBXL18 promotes endometrial carcinoma progression via destabilizing DUSP16 and thus activating JNK signaling pathway.
包含临床样本、多种细胞系体外功能实验、体内异种移植瘤模型、分子机制验证(Co-IP、泛素化、CHX实验)等多个独立证据层级。
子宫内膜癌细胞系KLE、Ishikawa 正常子宫内膜基质细胞系ESC BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 配对EC组织和癌旁正常组织
FBXL18在EC组织和细胞系中高表达,且与预后不良相关 FBXL18调控EC细胞增殖、迁移和侵袭能力 FBXL18与DUSP16存在物理相互作用,促进其泛素化降解 FBXL18通过DUSP16激活JNK/c-JUN信号通路 体内沉默FBXL18抑制肿瘤生长,伴随DUSP16蛋白升高和JNK信号失活
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究FBXL18在EC组织和细胞中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用TCGA数据、UALCAN数据库及qRT-PCR和Western blot检测FBXL18在EC组织、细胞系和正常对照中的表达,并进行Kaplan-Meier生存分析。
确定FBXL18对EC细胞增殖、迁移、侵袭和EMT的影响。
通过shRNA敲低和过表达FBXL18,利用CCK-8、集落形成、伤口愈合、Transwell侵袭实验和Western blot检测EMT标志物。
探究FBXL18调控的下游信号通路和直接底物。
利用TCGA数据、GO/KEGG富集分析和GSEA,并结合Western blot验证JNK通路磷酸化;利用BioGRID数据库预测底物,通过Co-IP、泛素化实验和CHX实验验证FBXL18与DUSP16的互作及泛素化降解。
验证FBXL18敲低对EC肿瘤生长的影响。
将shFBXL18和shNC稳定细胞系皮下注射BALB/c裸鼠,监测肿瘤体积和重量,并进行Western blot和qRT-PCR分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Hyclone | -- |
| DMEM/F12培养基 | Hyclone | -- | |
| 胎牛血清 | Beyotime | -- | |
| 病毒感染 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 细胞转染 | HighGene转染试剂 | ABclonal | -- |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂 | Beyotime | -- |
| 细胞染色 | 结晶紫 | Beyotime | -- |
| 细胞迁移 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 细胞侵袭 | 基质胶 | BD | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 反转录 | BeyoRT II M-MLV逆转录酶 | Beyotime | -- |
| qRT-PCR | SYBR Green荧光染料 | Takara | -- |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| 磷酸酶和蛋白酶抑制剂 | Servicebio | -- | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 增强化学发光试剂 | Beyotime | -- | |
| Co-IP | Protein A+G琼脂糖珠 | CST | -- |
| 泛素化实验 | MG132蛋白酶体抑制剂 | MCE | -- |
| 抗体 | FBXL18抗体 | Santa Cruz | sc-100738 |
| DUSP16抗体 | CST | 5523 | |
| GAPDH抗体 | Servicebio | GB15004-100 | |
| JNK抗体 | CST | 9252 | |
| 磷酸化JNK抗体 | CST | 9251 | |
| c-Jun抗体 | CST | 9165 | |
| 磷酸化c-Jun抗体 | CST | 3270 | |
| FLAG抗体 | CST | 14793 | |
| HA抗体 | CST | 3724 | |
| 泛素抗体 | ABclonal | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(Pricella、中科院细胞库),培养基(DMEM或DMEM/F12),FBS浓度(10%),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and cell culture |
| 病毒感染和筛选 | 慢病毒载体(shFBXL18、LV-FBXL18),感染细胞密度(50%),筛选浓度(嘌呤霉素3 µg/ml),筛选时间(1周) 阅读提示:Materials and Methods: Lentivirus, plasmids, SiRNA, and generation of stably cell lines |
| 细胞增殖 | CCK-8实验细胞密度(5×10^3/孔),检测时间点(0,24,48,72h);集落形成实验接种密度(1×10^3/孔),培养时间(约2周),克隆计数标准(≥50个细胞) 阅读提示:Materials and Methods: Cell proliferation assays |
| 迁移和侵袭 | 伤口愈合实验细胞覆盖度(95%),无血清培养时间(24h);Transwell实验细胞密度(5×10^5/ml),上室细胞数(1×10^4),下室血清浓度(20%),培养时间(36h) 阅读提示:Materials and Methods: Wound healing and transwell invasion assay |
| 蛋白降解和泛素化 | MG132浓度(20 µM)和处理时间(6h);CHX浓度(10 µg/ml)和时间点(0,2,4,8h) 阅读提示:Materials and Methods: Co-immunoprecipitation and ubiquitination assay, Protein stability and degradation experiment |
| 动物实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠),性别(原文写male,但应是female),周龄(6周),每组样本量(n=6),细胞注射量(5×10^6),基质胶混合比例(1:1),监测时间(5周) 阅读提示:Materials and Methods: Animal experiments |