单细胞测序揭示了去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的转录组景观及其与预后和免疫治疗反应的关系

Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response.

作者信息Yifeng Qiu, Yuhan Wang, Jiahe Liu, Kai Sun, Baohua Liu, Qi Hou
PMID40307786
发布时间2025-04-30
DOI10.1186/s12885-025-14212-x

实验完整度

包含scRNA-seq、bulk RNA-seq、体外细胞实验(TGF-β1处理、RT-qPCR、CCK-8、划痕、Western blot)和体内动物模型(皮下RM-1移植瘤),具有多个独立证据层级和功能验证。

主要模型

WPMY-1人前列腺成纤维细胞系 RM-1小鼠前列腺癌细胞系 C57BL/6J小鼠皮下移植瘤模型

重点核对

scRNA-seq数据来源:GSE141445(13例原发PCa)和GSE210358(13例CRPC) WPMY-1细胞TGF-β1处理浓度:10 ng/ml 动物模型:RM-1细胞(1×10^6)皮下接种于8周龄雄性C57BL/6J小鼠 治疗分组:抗PD-1(10 mg/kg)、抗TGF-β(10 mg/kg)、联合治疗及同型IgG对照,每三天腹腔注射 RM-1细胞和WPMY-1细胞购自Pricella Biotechnology Co., Ltd.

摘要

背景:肿瘤微环境(TME)日益被认为是去势抵抗性前列腺癌(CRPC)恶性转化和进展的决定因素。癌症相关成纤维细胞(CAFs)作为TME中关键的基质细胞成分,与肿瘤进展和免疫逃逸有关。然而,CRPC-CAFs在前列腺癌中的分子特征和生物学功能仍需进一步研究。方法:我们通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)确定了CRPC-CAFs和PCa-CAFs之间的差异转录组谱。利用批量RNA-seq数据评估CRPC-CAFs在前列腺癌中的预后意义。此外,我们检查了CRPC-CAFs对免疫治疗疗效和肿瘤免疫环境组成的影响。此外,应用皮下PCa模型来确定TGF-β信号阻断增强免疫治疗干预反应的潜力。结果:我们观察到与原发性PCa相比,CRPC中CAFs的比例显著增加。与TGF-β信号传导和ECM重塑相关的功能通路在CRPC-CAFs中显著上调。此外,基因调控网络分析揭示了CRPC-CAFs和PCa-CAFs之间转录因子活性谱的显著差异。CRPC-CAFs丰度升高与无复发生存期缩短和免疫治疗不敏感性相关。在CRPC-CAFs丰度高的患者中观察到抑制性免疫细胞浸润显著增加和免疫抑制分子表达水平上调。重要的是,抗TGF-β治疗通过上调PCa模型中的抗肿瘤免疫反应,显著增强了抗PD-1免疫治疗的疗效。结论:我们的结果强调了CRPC-CAFs对临床预后和免疫抑制肿瘤环境的影响,表明CRPC-CAFs可能作为CRPC的有前景的治疗靶点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
CRPC-CAFs的分子特征和生物学功能及其对前列腺癌预后和免疫治疗反应的影响
核心机制
CRPC-CAFs中TGF-β信号和ECM重塑通路显著上调,高丰度与免疫抑制微环境和免疫治疗抵抗相关,TGF-β阻断可增强抗PD-1免疫治疗的抗肿瘤效果
主要证据
通过scRNA-seq分析发现CRPC-CAFs比例增加和TGF-β信号上调;基于TCGA、GSE70769、GSE21034队列发现高CRPC-CAFs评分与不良RFS相关;体外TGF-β1处理WPMY-1细胞验证基因表达变化;皮下RM-1肿瘤模型证实抗TGF-β联合抗PD-1协同抑制肿瘤生长并增加CD4+和CD8+ T细胞浸润
研究意义
靶向CRPC-CAFs或TGF-β信号可能作为改善CRPC患者预后和免疫治疗疗效的潜在治疗策略

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

单细胞转录组分析鉴定CRPC-CAFs

揭示CRPC-CAFs与PCa-CAFs的差异转录组特征

对GSE141445和GSE210358数据集进行scRNA-seq处理,注释细胞类型,比较CAFs比例,并鉴定CRPC-CAFs标记基因

2

CRPC-CAFs功能富集分析

探索CRPC-CAFs富集的信号通路

对CRPC-CAFs上调标记基因进行KEGG和GO富集分析,并利用GSEA和AUCell分析信号通路活性

3

轨迹分析揭示CAFs表型转化

探究PCa-CAFs向CRPC-CAFs的动态转变

利用Monocle构建CAFs伪时间轨迹,分析基因表达动态变化

4

转录因子调控网络分析

识别CRPC-CAFs中关键的转录因子

使用pySCENIC分析转录因子活性,比较CRPC-CAFs与PCa-CAFs的差异

5

细胞间通讯分析

研究CAFs与其他细胞类型在PCa和CRPC中的相互作用

使用CellChat分析配体-受体对,比较PCa和CRPC中CAFs与其他细胞的通讯差异

6

体外TGF-β1处理前列腺成纤维细胞

验证TGF-β信号对成纤维细胞功能的影响

用重组人TGF-β1蛋白处理WPMY-1细胞,进行RT-qPCR、CCK-8、划痕实验、转录组测序和Western blot

7

CRPC-CAFs与免疫治疗反应和免疫微环境关联分析

评估CRPC-CAFs丰度与免疫治疗反应和免疫细胞浸润的关系

计算CRPC-CAFs评分,分析其与生存、TIDE评分、免疫细胞浸润和免疫抑制分子的关系

8

体内TGF-β阻断增强免疫治疗

验证TGF-β信号阻断能否增强抗PD-1免疫治疗疗效

建立RM-1皮下移植瘤模型,给予抗PD-1、抗TGF-β或联合治疗,评估肿瘤生长和免疫细胞浸润

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Gibco--
胎牛血清----
青霉素-链霉素溶液----
重组人TGF-β1蛋白MedChemExpress--
抗PD-1抗体BioXcellBE0146
抗TGF-β抗体BioXcellBE0057
CD4抗体abcamab183685
CD8抗体abcamab209775
TGF-β1抗体Proteintech21898-1-AP
α-SMA抗体CST19245
PD-1抗体abcamab214421
PD-L1抗体CST64988
TRIzol试剂Invitrogen--
TruSeq RNA文库制备试剂盒Illumina--
Illumina NovaSeq平台Illumina--
PrimeScript RT预混液Takara--
SYBR Green预混液Takara--
QuantStudio 6实时荧光定量PCR系统Applied Biosystems--
CCK-8试剂盒MedChemExpress--
ZEISS显微镜ZEISS--
RIPA裂解缓冲液----
PVDF膜Millipore--
ECL检测试剂盒ThermoFisher Scientific--
BGN抗体Proteintech16409-1-AP
GAPDH抗体Proteintech60004-1-Ig

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
单细胞RNA-seq数据处理
数据集(GSE141445和GSE210358)的样本数、过滤标准(线粒体基因比例、基因数)、聚类参数(高变基因数、主成分数、分辨率)
阅读提示:Methods部分“Single-cell RNA-seq data processing and cell-type annotation”
CRPC-CAFs评分计算
标记基因的选择(62个上调基因)、ssGSEA算法、队列数据集(TCGA、GSE70769、GSE21034、IMvigor210等)
阅读提示:Methods部分“Definition and the prognostic significance of CRPC-CAFs signature scores”
体外细胞实验
WPMY-1细胞系来源、培养条件(DMEM、10% FBS、1%青霉素-链霉素)、TGF-β1浓度(10 ng/ml)、处理时间
阅读提示:Methods部分“Cell culture and treatment”
动物模型和治疗方案
小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(8周)、性别(雄性)、来源、细胞系(RM-1)和接种数量(1×10^6)、给药剂量(10 mg/kg)、给药频率(每三天)、给药途径(腹腔注射)、治疗分组(抗PD-1、抗TGF-β、联合、对照)
阅读提示:Methods部分“Animal models”
免疫组化染色
抗体品牌、货号、稀释比例(CD4 1:3000、CD8 1:2000、TGF-β1 1:2000、α-SMA 1:2000、PD-1 1:500、PD-L1 1:50)、染色流程(固定、抗原修复、封闭、一抗孵育、DAB显色)
阅读提示:Methods部分“Immunohistochemistry (IHC) staining”