单细胞转录组分析鉴定CRPC-CAFs
揭示CRPC-CAFs与PCa-CAFs的差异转录组特征
对GSE141445和GSE210358数据集进行scRNA-seq处理,注释细胞类型,比较CAFs比例,并鉴定CRPC-CAFs标记基因
Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response.
包含scRNA-seq、bulk RNA-seq、体外细胞实验(TGF-β1处理、RT-qPCR、CCK-8、划痕、Western blot)和体内动物模型(皮下RM-1移植瘤),具有多个独立证据层级和功能验证。
WPMY-1人前列腺成纤维细胞系 RM-1小鼠前列腺癌细胞系 C57BL/6J小鼠皮下移植瘤模型
scRNA-seq数据来源:GSE141445(13例原发PCa)和GSE210358(13例CRPC) WPMY-1细胞TGF-β1处理浓度:10 ng/ml 动物模型:RM-1细胞(1×10^6)皮下接种于8周龄雄性C57BL/6J小鼠 治疗分组:抗PD-1(10 mg/kg)、抗TGF-β(10 mg/kg)、联合治疗及同型IgG对照,每三天腹腔注射 RM-1细胞和WPMY-1细胞购自Pricella Biotechnology Co., Ltd.
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
揭示CRPC-CAFs与PCa-CAFs的差异转录组特征
对GSE141445和GSE210358数据集进行scRNA-seq处理,注释细胞类型,比较CAFs比例,并鉴定CRPC-CAFs标记基因
探索CRPC-CAFs富集的信号通路
对CRPC-CAFs上调标记基因进行KEGG和GO富集分析,并利用GSEA和AUCell分析信号通路活性
探究PCa-CAFs向CRPC-CAFs的动态转变
利用Monocle构建CAFs伪时间轨迹,分析基因表达动态变化
识别CRPC-CAFs中关键的转录因子
使用pySCENIC分析转录因子活性,比较CRPC-CAFs与PCa-CAFs的差异
研究CAFs与其他细胞类型在PCa和CRPC中的相互作用
使用CellChat分析配体-受体对,比较PCa和CRPC中CAFs与其他细胞的通讯差异
验证TGF-β信号对成纤维细胞功能的影响
用重组人TGF-β1蛋白处理WPMY-1细胞,进行RT-qPCR、CCK-8、划痕实验、转录组测序和Western blot
评估CRPC-CAFs丰度与免疫治疗反应和免疫细胞浸润的关系
计算CRPC-CAFs评分,分析其与生存、TIDE评分、免疫细胞浸润和免疫抑制分子的关系
验证TGF-β信号阻断能否增强抗PD-1免疫治疗疗效
建立RM-1皮下移植瘤模型,给予抗PD-1、抗TGF-β或联合治疗,评估肿瘤生长和免疫细胞浸润
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | -- | -- | |
| 重组人TGF-β1蛋白 | MedChemExpress | -- | |
| 动物实验 | 抗PD-1抗体 | BioXcell | BE0146 |
| 抗TGF-β抗体 | BioXcell | BE0057 | |
| 免疫组化 | CD4抗体 | abcam | ab183685 |
| CD8抗体 | abcam | ab209775 | |
| TGF-β1抗体 | Proteintech | 21898-1-AP | |
| α-SMA抗体 | CST | 19245 | |
| PD-1抗体 | abcam | ab214421 | |
| PD-L1抗体 | CST | 64988 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA测序 | TruSeq RNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| Illumina NovaSeq平台 | Illumina | -- | |
| RT-qPCR | PrimeScript RT预混液 | Takara | -- |
| SYBR Green预混液 | Takara | -- | |
| QuantStudio 6实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞增殖实验 | CCK-8试剂盒 | MedChemExpress | -- |
| 细胞划痕实验 | ZEISS显微镜 | ZEISS | -- |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ECL检测试剂盒 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| BGN抗体 | Proteintech | 16409-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA-seq数据处理 | 数据集(GSE141445和GSE210358)的样本数、过滤标准(线粒体基因比例、基因数)、聚类参数(高变基因数、主成分数、分辨率) 阅读提示:Methods部分“Single-cell RNA-seq data processing and cell-type annotation” |
| CRPC-CAFs评分计算 | 标记基因的选择(62个上调基因)、ssGSEA算法、队列数据集(TCGA、GSE70769、GSE21034、IMvigor210等) 阅读提示:Methods部分“Definition and the prognostic significance of CRPC-CAFs signature scores” |
| 体外细胞实验 | WPMY-1细胞系来源、培养条件(DMEM、10% FBS、1%青霉素-链霉素)、TGF-β1浓度(10 ng/ml)、处理时间 阅读提示:Methods部分“Cell culture and treatment” |
| 动物模型和治疗方案 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(8周)、性别(雄性)、来源、细胞系(RM-1)和接种数量(1×10^6)、给药剂量(10 mg/kg)、给药频率(每三天)、给药途径(腹腔注射)、治疗分组(抗PD-1、抗TGF-β、联合、对照) 阅读提示:Methods部分“Animal models” |
| 免疫组化染色 | 抗体品牌、货号、稀释比例(CD4 1:3000、CD8 1:2000、TGF-β1 1:2000、α-SMA 1:2000、PD-1 1:500、PD-L1 1:50)、染色流程(固定、抗原修复、封闭、一抗孵育、DAB显色) 阅读提示:Methods部分“Immunohistochemistry (IHC) staining” |