SQYSF成分分析与网络药理学
鉴定SQYSF化学组成并预测其治疗DKD的潜在靶点和通路
采用UHPLC-QTOF-MS鉴定SQYSF成分,通过TCMSP等数据库筛选活性化合物,构建“化合物-靶点-疾病”网络,并进行GO/KEGG富集分析
SuoquanYishen formula improves renal cellular senescence by inhibiting YTHDF1-Rubicon axis to promote autophagy in diabetic kidney disease.
包含体内动物模型(db/db小鼠)和体外细胞模型(高糖诱导HK-2细胞),并通过过表达YTHDF1、自噬抑制剂Baf A1进行功能验证及机制验证,实验层级完整。
db/db小鼠 高糖诱导的HK-2细胞
db/db小鼠随机分组为模型组、SQYSF低/中/高剂量组(5、10、20 mg/g/天)及卡格列净组(12.5 mg/kg/天),干预8周 HK-2细胞高糖(60 mM)处理72小时,10%含药血清干预 体外自噬抑制实验使用Baf A1(5 nM) YTHDF1过表达细胞系构建(pcSLenti-CMV-YTHDF1-3×FLAG-PGK-Puro-WPRE3) RNA稳定性实验使用放线菌素D(5 μg/mL)处理0-6小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定SQYSF化学组成并预测其治疗DKD的潜在靶点和通路
采用UHPLC-QTOF-MS鉴定SQYSF成分,通过TCMSP等数据库筛选活性化合物,构建“化合物-靶点-疾病”网络,并进行GO/KEGG富集分析
评价SQYSF对db/db小鼠血糖、肾功能和肾脏病理损伤的影响
db/db小鼠随机分组,灌胃给予不同剂量SQYSF或卡格列净8周,检测血糖、体重、尿白蛋白、肌酐、尿素氮,并进行HE和PAS染色
验证SQYSF对db/db小鼠肾脏细胞衰老和自噬的影响
检测衰老标志物(P16、P21、P53)和自噬相关蛋白(LC3B、P62、Beclin1、Rubicon)的表达,进行SA-β-gal染色和免疫组化
验证SQYSF含药血清对高糖诱导HK-2细胞衰老和自噬的作用
高糖处理HK-2细胞建立DKD体外模型,给予10%含药血清干预,检测细胞活力、SA-β-gal染色、衰老标志物、自噬蛋白、透射电镜观察自噬体,并用Baf A1抑制自噬进行反向验证
探究SQYSF是否通过调节m6A阅读蛋白YTHDF1影响Rubicon表达
通过MeRIP-qPCR检测Rubicon m6A水平,RT-qPCR检测m6A相关基因,过表达YTHDF1评估其对Rubicon mRNA稳定性和蛋白表达的影响,并进行分子对接和CETSA验证相互作用
确认过表达YTHDF1能否逆转SQYSF促进自噬和改善衰老的效应
在高糖诱导的HK-2细胞中过表达YTHDF1,观察SQYSF含药血清干预后自噬和衰老相关指标的变化
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 卡格列净 | MCE | HY-10451 |
| 巴弗洛霉素A1 | TargetMol | T6740 | |
| 细胞培养 | D-(+)-葡萄糖溶液 | Sigma | G8769 |
| 生化检测 | 肌酐检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | C011-2-1 |
| 血尿素氮检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | C013-2-1 | |
| 小鼠尿微量白蛋白ELISA试剂盒 | FANKEW | F2702-A | |
| 分子生物学 | Eastep® 超级总RNA提取试剂盒 | Promega | LS1040 |
| RT-qPCR | Hifair® Ⅲ 第一链cDNA合成预混液(qPCR) | Yeasen | 11141ES |
| Hieff® qPCR SYBR Green预混液 | Yeasen | 11202ES | |
| Western blot | 过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG (H+L) | Yeasen | 33707ES |
| 衰老检测 | 衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Beyotime | C0602 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Epizyme | PC101 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Epizyme | ZJ102 | |
| Omni-Easy™ 一步法PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Epizyme | PG210-PG214 | |
| Omni-Easy™ 即时蛋白上样缓冲液 | Epizyme | LT101 | |
| MeRIP-qPCR | MeRIP试剂盒 | Bersin | Bes5203 |
| 组织病理 | 糖原PAS染色液 | Yuanye | R20526 |
| 细胞培养 | YTHDF1过表达慢病毒载体 | obiosh | -- |
| 阴性对照慢病毒载体 | obiosh | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物实验 | 分组:db/m正常组,db/db模型组,SQYSF低/中/高剂量(5、10、20 mg/g/天),卡格列净(12.5 mg/kg/天);给药方式:灌胃;干预时间:8周 阅读提示:材料与方法2.5节 |
| 细胞培养 | HK-2细胞使用MEM培养基(10%胎牛血清或大鼠血清,1%青霉素/链霉素);高糖浓度60 mM,处理72小时;含药血清浓度10% 阅读提示:材料与方法2.7.2节和2.7.3节 |
| 自噬抑制验证 | Baf A1浓度5 nM,用于阻断自噬 阅读提示:材料与方法2.1节和3.5节 |
| RNA稳定性实验 | 放线菌素D浓度5 μg/mL,处理时间0、1、2、4、6小时 阅读提示:材料与方法2.7.5节 |
| CETSA | 温度梯度:45、48、51、54、57、60°C,加热3分钟 阅读提示:材料与方法2.7.4节 |