扇贝心脏的单细胞转录组动态揭示对热应激的异质性反应

Single-cell transcriptomic dynamics of scallop heart reveals the heterogeneous response to heat stress.

作者信息Danyang Wang, Na Liu, Xiangfu Kong, Xinghai Zhu, Yangfan Wang, Jingjie Hu, Zhenmin Bao
PMID40234911
期刊BMC Biol
发布时间2025-04-15
DOI10.1186/s12915-025-02210-1

实验完整度

整合了形态学(SEM/TEM)、生理代谢、scRNA-seq、细胞通讯、拟时序分析、RNAi敲低和过表达等多层实验证据。

主要模型

海湾扇贝(Argopecten irradians)心脏组织 H9C2小鼠心肌细胞系

重点核对

热应激分组:NG(22.1℃)、MG(31.9℃)、DG(33℃),每组样本数n=4 scRNA-seq样本:NG、MG、DG各1个混合样本(3个心脏混合),共84,925个细胞,过滤后50,048个 siRNA敲低实验:60个扇贝分为NIG、PIG、SIG三组,每组20个,注射20μl(20μM)siRNA ABT测定:SIG相比NIG和PIG显著降低约2.13℃和1.93℃ H9C2细胞过表达:2ng质粒转染,n=3,TG含量降低

摘要

背景 具有开放循环系统的动物极易受环境温度波动的影响,因此特别受到全球变暖的威胁。然而,关于开放循环系统动物心脏对温度升高的细胞异质性反应的研究仍然有限。 结果 在这里,我们对软体动物模型——海湾扇贝(Argopecten irradians)在热应激下的心脏进行了形态学、代谢和单细胞RNA测序的综合研究。我们的结果显示,心脏结构损伤的严重程度随着温度升高而逐渐增加,并伴有广泛的线粒体功能障碍和神经体液反应。我们鉴定了心肌细胞(CMs)中的两个亚群,包括心室肌细胞(VMs)和心房肌细胞(AMs),它们在应对热应激时表现出特化的功能角色。具体来说,AMs增强了与免疫样细胞和成纤维细胞的细胞间通讯,以帮助在热应激下维持心脏稳态。而VMs则表现出增强的能量供应和分化潜力,以抵御热挑战。此外,针对热反应最强基因PLRP2-like的RNA干扰导致扇贝的耐热性和甘油三酯积累显著降低。 结论 我们的研究调查了扇贝心脏对高温的异质性反应,揭示了VMs和AMs之间的不同反应模式。我们进一步确定了一个关键基因AiPLRP2-like,它与哺乳动物对应物相比具有独特的细胞定位模式,并可能在开放循环系统生物的心脏耐热调控中发挥关键作用。这些发现为理解海洋无脊椎动物心脏对环境温度波动的反应提供了新颖的见解,并为其理论框架和进化适应提供了依据。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
开放循环系统动物(如扇贝)心脏在热应激下如何发生细胞异质性反应,以及关键基因在其中的作用?
核心机制
热应激导致心肌线粒体损伤和能量代谢紊乱,心室肌细胞增强氧化磷酸化和糖酵解,心房肌细胞增强与免疫细胞和成纤维细胞的通讯以维持稳态;AiPLRP2-like通过脂酶活性调控甘油三酯分解,影响能量供应和耐热性。
主要证据
scRNA-seq揭示16个细胞簇,VMs和AMs在能量代谢和细胞通讯上表现出不同反应;RNAi敲低AiPLRP2-like显著降低ABT(约2℃)并增加TG含量,过表达降低H9C2细胞TG含量。
研究意义
首次揭示开放循环系统动物心脏对热应激的细胞异质性,并为理解海洋无脊椎动物耐热机制提供理论依据。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

热应激模型建立

建立不同热应激程度的扇贝心脏模型,以研究心脏对高温的反应。

将150个扇贝从22℃逐渐升温至34℃,分三组:正常心率组(NG,22.1℃)、最大心率组(MG,31.9℃)、心率下降组(DG,33℃),每组3个心脏混合为1个样本用于后续分析。

2

心脏形态和功能评估

评估热应激对心脏结构损伤和神经体液、代谢变化的影响。

使用SEM和TEM观察心脏超微结构;检测神经递质(NE、ACh、GABA)及AChE活性;检测能量代谢酶(PDH、LDH、PK)和ROS含量。

3

单细胞转录组测序和细胞分群

表征扇贝心脏在热应激下的细胞组成和异质性反应。

对NG、MG、DG组心脏进行scRNA-seq,通过UMAP聚类识别细胞类型,分析各细胞簇的差异表达基因。

4

细胞通讯和分化轨迹分析

探究热应激下心肌细胞与其他细胞间的通讯变化及心肌细胞分化潜力。

使用CellphoneDB分析细胞间配体-受体相互作用,使用Monocle进行拟时序分析。

5

AiPLRP2-like功能验证

验证AiPLRP2-like对扇贝心脏耐热性和脂质代谢的调控作用。

通过siRNA敲低和过表达实验,检测心率、ABT和甘油三酯含量变化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

验证细胞功能变化
验证分子表达变化
验证免疫效应
数据分析与统计

产品清单

实验环节名称品牌货号
CNY-70红外传感器----
Powerlab数据采集系统ADInstruments16/35
BCA蛋白定量试剂盒MLBIOML095490
ELISA试剂盒MLBIOYJ120412
ELISA试剂盒MLBIOYJ970288
ELISA试剂盒MLBIOYJ095510
AChE活性试剂盒JianchengA024-1
ATP检测试剂盒JianchengA095-1
ROS检测试剂盒JianchengE004-1
LDH活性试剂盒JianchengA020-2
PK活性试剂盒JianchengA076-1
PDH活性试剂盒SolarbioBC0385
电镜固定液ServicebioG1102
SU8100扫描电子显微镜Hitachi--
HT7700透射电子显微镜Hitachi--
Mito-Tracker Green染料Beyotime BiotechnologyC1048
JC-1染料Beyotime BiotechnologyC2003S
BD FACSAria III流式细胞仪Becton Dickinson--
Chromium单细胞3'试剂盒10x Genomicsv3.1
高灵敏度DNA芯片Agilent--
Bioanalyzer 2100生物分析仪Agilent--
Qubit高灵敏度DNA检测Thermo Fisher Scientific--
NovaSeq6000测序仪Illumina--
ClonExpress II一步克隆试剂盒VazymeC112
DH5α感受态细胞Biotechnology Technologies--
DMEM培养基Solarbio11995
胎牛血清HycloneSV30208
Lipofectamine 3000转染试剂Thermo Fisher Scientific--
甘油三酯检测试剂盒JianchengA110-1

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
热应激实验
温度、升温速率、分组条件、样本量
阅读提示:Methods: Scallop culture and heat exposure experiment
神经递质和代谢检测
试剂盒型号、样本处理、检测波长
阅读提示:Methods: Physiological indices in heart under heat exposure
电镜观察
固定条件、脱水、包埋、切片厚度
阅读提示:Methods: Microscopic examination of heart
线粒体评估
染料浓度、孵育时间、流式细胞仪设置
阅读提示:Methods: Evaluation of mitochondrial quality and quantity under heat exposure
scRNA-seq
消化条件、细胞活性、文库制备、测序平台
阅读提示:Methods: ScRNA-seq library preparation and sequencing
scRNA-seq数据分析
比对参数、质控标准、聚类参数
阅读提示:Methods: Initial processing of scRNA-seq data
RNA干扰
siRNA序列、注射剂量、分组、测量时间
阅读提示:Methods: AiPLRP2-like knockdown effects on cardiac performance
过表达实验
细胞系、转染量、培养条件、检测时间
阅读提示:Methods: AiPLRP2-like overexpression effects on triglyceride content