基于氧化应激相关关键基因在慢性阻塞性肺疾病中诊断价值的探索

Based exploration of the diagnostic value of oxidative stress-related key genes in chronic obstructive pulmonary disease.

作者信息Shenglan Wang, MingFeng Zhong, Xiaoli Deng, Chen Liu, Yan Tan, Baojiang Qian, MingMei Zhong
PMID40214820
发布时间2025-04-11
DOI10.1007/s10565-025-10019-5

实验完整度

高

包含生物信息学分析、临床样本验证、动物模型构建、细胞实验及机制验证等多个独立证据层级。

主要模型

BEAS-2B细胞 THP-1来源巨噬细胞 C57BL/6J小鼠CS-COPD模型 COPD患者外周血样本

重点核对

GSE76925和GSE38974数据集的基因表达及ROC分析结果 临床样本中MMP9和ECT2的mRNA表达水平 CS-COPD小鼠模型中肺功能、组织病理及MMP9表达 CSC处理BEAS-2B细胞的浓度(IC50=4.079%)及MMP9敲低效率 巨噬细胞极化标志物(M1: CD86, iNOS, MCP1; M2: IL-10, ARG1, CD206, CD163)的检测

摘要

慢性阻塞性肺疾病(COPD)是全球死亡的第三大常见原因。氧化应激已被认为是COPD发展中多种相互作用机制的关键驱动因素。本研究通过生物信息学分析,探讨了氧化应激相关基因(OSRGs)作为生物标志物的潜力及其在COPD临床诊断和治疗中的潜在分子机制。结果,通过LASSO、Boruta和SVM-RFE筛选出5个枢纽基因,即CA3、PPP1R15B、MAPT、MMP9和ECT2,且基于枢纽基因构建的列线图性能良好。枢纽基因与氧化应激生物标志物的相关性分析显示,MMP9和MAPT基因与氧化应激生物标志物高度相关。免疫细胞浸润分析发现,滤泡辅助T细胞、γδT细胞、M0巨噬细胞和CD8 T细胞在COPD中显著差异。ECT2和MMP9的ROC显示其区分COPD患者与正常样本的能力较高。此外,我们收集了临床样本并分析了核心基因表达,结果显示枢纽基因ECT2和MMP9在COPD样本中具有较高的区分能力。通过构建动物模型、病理切片、qPCR、免疫印迹、免疫组织化学等进一步验证了ECT2和MMP9的表观遗传学。数据显示MMP9在CSC诱导的氧化应激损伤中的关键作用。MMP9的缺失减轻了CSC诱导的损伤,并促进巨噬细胞向M2巨噬细胞极化。MMP9缺失对CSC诱导的损伤具有保护作用,主要与BEAS-2B细胞凋亡、细胞炎症和ROS损伤的减少有关。它促进了巨噬细胞从M1向M2的极化。总之,我们发现ECT2和MMP9与COPD的氧化应激相关,且MMP9与BEAS-2B中的细胞凋亡、细胞炎症和ROS损伤以及巨噬细胞从M1向M2的极化有关。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
哪些氧化应激相关基因可作为COPD的诊断生物标志物,以及其潜在分子机制是什么?
核心机制
MMP9在CSC诱导的氧化应激损伤中发挥关键作用,其缺失可减少细胞凋亡、炎症和ROS损伤,并促进巨噬细胞从M1向M2极化。
主要证据
通过生物信息学筛选出枢纽基因并构建列线图,结合临床样本验证ECT2和MMP9的表达,进一步通过CS-COPD小鼠模型和BEAS-2B细胞实验验证MMP9的功能,包括WB、qPCR、流式细胞术等。
研究意义
研究确认MMP9在氧化应激损伤和巨噬细胞极化中的作用,为COPD治疗提供新靶点,并为MMP9抑制剂在调节氧化应激和巨噬细胞极化中的潜在应用提供理论基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

生物信息学筛选差异表达基因和氧化应激相关基因

识别COPD和对照组之间的差异表达基因,并筛选与氧化应激相关的基因。

从GEO数据库获取GSE76925和GSE38974数据集,使用Limma分析DEGs,与MSigDB的氧化应激相关基因取交集获得DE-ORGs,并进行GO/KEGG富集分析。

2

机器学习和列线图构建

通过多种机器学习算法确定枢纽基因,并构建诊断预测模型。

使用LASSO、SVM-RFE和Boruta算法对DE-ORGs进行筛选,获得5个枢纽基因,并构建基于这些基因的列线图,评估其校准曲线和ROC曲线。

3

临床样本验证

在独立队列中验证枢纽基因的表达和诊断价值。

收集30例COPD患者和30例健康对照的外周血,提取RNA进行qPCR检测MMP9和ECT2的表达,并计算ROC曲线。

4

动物模型构建和病理评估

构建CS诱导的COPD小鼠模型,验证MMP9的表达和氧化应激损伤。

将C57BL/6J小鼠随机分为对照组和CS暴露组,持续16周,进行肺功能检测、HE染色、IHC和qPCR检测MMP9、氧化应激标志物和细胞因子。

5

细胞实验验证MMP9功能

验证MMP9对CSC诱导的细胞损伤和巨噬细胞极化的影响。

用CSC刺激BEAS-2B细胞,敲低MMP9后检测细胞活力、凋亡、ROS、氧化应激标志物和炎症因子,并共培养THP-1来源的巨噬细胞,检测M1/M2标志物。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基Pricellar--
RPMI 1640培养基Pricella--
胎牛血清----
青霉素/链霉素Procella--
β-巯基乙醇Invitrogen--
Lipofectamine™ 3000转染试剂Invitrogen--
PMA(佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯)MerkeP1585
Transwell小室Corning3412
CCK-8试剂Abcamab228554
AF2200酶标仪Eppendorf--
Annexin V-FITCDongren Chemical Technology Co., Ltd--
碘化丙啶Dongren Chemical Technology Co., Ltd--
TRIzol试剂Invitrogen--
ND-1000分光光度计Thermo Fisher Scientific--
FastKing RT试剂盒(含gDNase)TIANGENKR116
Taq Pro通用SYBR qPCR预混液Takara BioQ712-03
RIPA裂解液BeyotimeP0013E
兔抗MMP9单克隆抗体Abcamab76003
小鼠抗GAPDH单克隆抗体Abcamab8245
山羊抗兔IgG H&LCST707
ECL化学发光液BD Biosciences--
Tanon-5200化学发光成像仪Tanon--
柠檬酸盐缓冲液ZSGB bioZLI-9065
绵羊血清ZSGB bioZLI-9021
通用两步法检测试剂盒ZSGB bioPV9000
DAB显色液ZSGB bioZLI-9018
LSM710激光共聚焦显微镜Carl Zeiss--
CytoFLEX流式细胞仪Beckman--
FlowJo软件----
H2DCFDA荧光探针Abcamab287839
丙二醛检测试剂盒Nanjing JianchengA003-1-2
谷胱甘肽过氧化物酶检测试剂盒Nanjing JianchengA005-1-2
超氧化物歧化酶检测试剂盒Nanjing JianchengA001-3-2
过氧化氢酶检测试剂盒Nanjing JianchengA007-1-1
IL-8 ELISA试剂盒mlbioml063162
IL-6 ELISA试剂盒mlbioml098430
TNF-α ELISA试剂盒mibioml002095

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
生物信息学分析
基因表达数据集GSE76925和GSE38974的样本分组和平台信息;筛选DEGs的阈值(P adj≤0.05, |Log2FC|≥0.5);机器学习算法的参数设定。
阅读提示:Materials and methods 中的 Gene expression data acquisition 和 Robust prediction of hub genes by machine learning
临床样本收集
COPD患者和健康对照的样本量各30例;COPD诊断标准(GOLD 2018);患者的年龄、性别、吸烟状态等基线信息。
阅读提示:Materials and methods 中的 Clinical sample collection 和 Table 1
动物模型构建
小鼠品系、性别、周龄、体重;CS暴露的持续时间和频率;肺功能检测的具体参数。
阅读提示:Materials and methods 中的 CS-COPD model construction 和 Pulmonary function measurement
细胞模型构建
BEAS-2B细胞的培养条件;CSC刺激的浓度(IC50=4.079%)和作用时间(48小时);MMP9敲低所用慢病毒载体及转染效率。
阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture and model establishment
巨噬细胞极化检测
THP-1细胞诱导为M0巨噬细胞的PMA浓度(100 ng/mL);共培养条件;M1和M2标志物的选择及检测方法。
阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture and model establishment 和 The content of cytokines and oxidase biomarkers