生物信息学筛选差异表达基因和氧化应激相关基因
识别COPD和对照组之间的差异表达基因,并筛选与氧化应激相关的基因。
从GEO数据库获取GSE76925和GSE38974数据集,使用Limma分析DEGs,与MSigDB的氧化应激相关基因取交集获得DE-ORGs,并进行GO/KEGG富集分析。
Based exploration of the diagnostic value of oxidative stress-related key genes in chronic obstructive pulmonary disease.
包含生物信息学分析、临床样本验证、动物模型构建、细胞实验及机制验证等多个独立证据层级。
BEAS-2B细胞 THP-1来源巨噬细胞 C57BL/6J小鼠CS-COPD模型 COPD患者外周血样本
GSE76925和GSE38974数据集的基因表达及ROC分析结果 临床样本中MMP9和ECT2的mRNA表达水平 CS-COPD小鼠模型中肺功能、组织病理及MMP9表达 CSC处理BEAS-2B细胞的浓度(IC50=4.079%)及MMP9敲低效率 巨噬细胞极化标志物(M1: CD86, iNOS, MCP1; M2: IL-10, ARG1, CD206, CD163)的检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别COPD和对照组之间的差异表达基因,并筛选与氧化应激相关的基因。
从GEO数据库获取GSE76925和GSE38974数据集,使用Limma分析DEGs,与MSigDB的氧化应激相关基因取交集获得DE-ORGs,并进行GO/KEGG富集分析。
通过多种机器学习算法确定枢纽基因,并构建诊断预测模型。
使用LASSO、SVM-RFE和Boruta算法对DE-ORGs进行筛选,获得5个枢纽基因,并构建基于这些基因的列线图,评估其校准曲线和ROC曲线。
在独立队列中验证枢纽基因的表达和诊断价值。
收集30例COPD患者和30例健康对照的外周血,提取RNA进行qPCR检测MMP9和ECT2的表达,并计算ROC曲线。
构建CS诱导的COPD小鼠模型,验证MMP9的表达和氧化应激损伤。
将C57BL/6J小鼠随机分为对照组和CS暴露组,持续16周,进行肺功能检测、HE染色、IHC和qPCR检测MMP9、氧化应激标志物和细胞因子。
验证MMP9对CSC诱导的细胞损伤和巨噬细胞极化的影响。
用CSC刺激BEAS-2B细胞,敲低MMP9后检测细胞活力、凋亡、ROS、氧化应激标志物和炎症因子,并共培养THP-1来源的巨噬细胞,检测M1/M2标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricellar | -- |
| RPMI 1640培养基 | Pricella | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Procella | -- | |
| β-巯基乙醇 | Invitrogen | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine™ 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞培养 | PMA(佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯) | Merke | P1585 |
| Transwell小室 | Corning | 3412 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Abcam | ab228554 |
| AF2200酶标仪 | Eppendorf | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC | Dongren Chemical Technology Co., Ltd | -- |
| 碘化丙啶 | Dongren Chemical Technology Co., Ltd | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| ND-1000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 逆转录 | FastKing RT试剂盒(含gDNase) | TIANGEN | KR116 |
| qPCR | Taq Pro通用SYBR qPCR预混液 | Takara Bio | Q712-03 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013E |
| 兔抗MMP9单克隆抗体 | Abcam | ab76003 | |
| 小鼠抗GAPDH单克隆抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 山羊抗兔IgG H&L | CST | 707 | |
| ECL化学发光液 | BD Biosciences | -- | |
| Tanon-5200化学发光成像仪 | Tanon | -- | |
| 免疫组化 | 柠檬酸盐缓冲液 | ZSGB bio | ZLI-9065 |
| 绵羊血清 | ZSGB bio | ZLI-9021 | |
| 通用两步法检测试剂盒 | ZSGB bio | PV9000 | |
| DAB显色液 | ZSGB bio | ZLI-9018 | |
| LSM710激光共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 流式细胞术 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman | -- |
| FlowJo软件 | -- | -- | |
| ROS检测 | H2DCFDA荧光探针 | Abcam | ab287839 |
| 氧化应激检测 | 丙二醛检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A003-1-2 |
| 谷胱甘肽过氧化物酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A005-1-2 | |
| 超氧化物歧化酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A001-3-2 | |
| 过氧化氢酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A007-1-1 | |
| 细胞因子检测 | IL-8 ELISA试剂盒 | mlbio | ml063162 |
| IL-6 ELISA试剂盒 | mlbio | ml098430 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | mibio | ml002095 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 基因表达数据集GSE76925和GSE38974的样本分组和平台信息;筛选DEGs的阈值(P adj≤0.05, |Log2FC|≥0.5);机器学习算法的参数设定。 阅读提示:Materials and methods 中的 Gene expression data acquisition 和 Robust prediction of hub genes by machine learning |
| 临床样本收集 | COPD患者和健康对照的样本量各30例;COPD诊断标准(GOLD 2018);患者的年龄、性别、吸烟状态等基线信息。 阅读提示:Materials and methods 中的 Clinical sample collection 和 Table 1 |
| 动物模型构建 | 小鼠品系、性别、周龄、体重;CS暴露的持续时间和频率;肺功能检测的具体参数。 阅读提示:Materials and methods 中的 CS-COPD model construction 和 Pulmonary function measurement |
| 细胞模型构建 | BEAS-2B细胞的培养条件;CSC刺激的浓度(IC50=4.079%)和作用时间(48小时);MMP9敲低所用慢病毒载体及转染效率。 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture and model establishment |
| 巨噬细胞极化检测 | THP-1细胞诱导为M0巨噬细胞的PMA浓度(100 ng/mL);共培养条件;M1和M2标志物的选择及检测方法。 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture and model establishment 和 The content of cytokines and oxidase biomarkers |