单细胞转录组分析ONFH骨组织
鉴定ONFH关键细胞簇及细胞间通讯特征。
对ONFH、FHF、HOA软骨下骨组织进行scRNA-seq,聚类分析并比较细胞通讯。
M2 macrophages-derived exosomes for osteonecrosis of femoral head treatment: modulating neutrophil extracellular traps formation and endothelial phenotype transition.
包含单细胞测序、体外细胞实验、大鼠和小鼠动物模型及体内外机制验证,涵盖功能与机制研究。
ONFH患者软骨下骨组织 创伤性及激素性ONFH大鼠模型 激素性ONFH小鼠模型 HUVECs细胞模型
ONFH患者样本数量:FHF n=2,ONFH n=2,HOA n=3 大鼠模型构建:TONFH手术方法及SONFH LPS+MPS给药方案 M2-Exos体外处理浓度300 μg/mL M2-Exos体内给药剂量200 µg,每周一次,共三周 AAV-miR-93-5p大鼠模型构建及6周观察期
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定ONFH关键细胞簇及细胞间通讯特征。
对ONFH、FHF、HOA软骨下骨组织进行scRNA-seq,聚类分析并比较细胞通讯。
验证ONFH中NETs的形成。
构建TONFH大鼠和SONFH大鼠模型,通过HE、μCT和免疫荧光检测骨坏死和NETs。
研究M2-Exos对NETs形成及内皮细胞功能的影响。
分离M2-Exos,用PMA诱导中性粒细胞NETs形成,并用NETs处理HUVECs,检测M2-Exos的作用。
评估M2-Exos对SONFH小鼠的治疗作用及靶向性。
建立SONFH小鼠模型,尾静脉注射DIR标记的M2-Exos,检测分布;治疗组每周注射200 µg,共3周,观察骨组织变化和NETs水平。
探索M2-Exos中miR-93-5p对NETs-HUVECs相互作用和内皮表型转变的影响。
构建miR-93-5p过表达HUVECs,处理NETs后检测ROS、迁移、成管及蛋白表达。
验证miR-93-5p在ONFH大鼠中的作用。
构建AAV-miR-93-5p ONFH大鼠模型,检测骨组织变化和NETs水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞测序 | GEXSCOPE单细胞RNA测序试剂盒 | Singleron Biotechnologies | -- |
| Illumina HiSeq X10测序仪 | Illumina | -- | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| NEBNext Poly(A) mRNA磁分离模块 | New England Biolabs | -- | |
| RiboZero磁珠金标准试剂盒 | Illumina | -- | |
| KAPA链特异性RNA测序文库制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| Agilent Bioanalyzer 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| Illumina HiSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| TruSeq SR簇生成试剂盒 | Illumina | -- | |
| 动物模型 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | -- |
| 甲泼尼龙 | Pfizer | -- | |
| M2-Exos制备 | RPMI1640培养基 | Procell | -- |
| 红细胞裂解液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 巨噬细胞集落刺激因子 | R&D Systems | -- | |
| 白细胞介素-4 | R&D Systems | -- | |
| 白细胞介素-13 | R&D Systems | -- | |
| CD206抗体 | BD Biosciences | -- | |
| 去外泌体胎牛血清 | BI | -- | |
| 0.22 µm过滤器 | Millipore | -- | |
| 超滤管 | Millipore | -- | |
| Exoquick TC外泌体提取试剂盒 | System Biosciences | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Servicebio | -- |
| BCA蛋白分析试剂盒 | New Cell & Molecular Biotech Co., Ltd | -- | |
| 5×SDS上样缓冲液 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| Tris缓冲盐溶液 | Servicebio | -- | |
| 牛血清白蛋白 | BioFroxx | -- | |
| CD63抗体 | Abcam | -- | |
| TSG101抗体 | Abcam | -- | |
| 钙联蛋白抗体 | Abcam | -- | |
| α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Abcam | -- | |
| TGF-β抗体 | Abcam | -- | |
| VEGFA抗体 | Abcam | -- | |
| PTEN抗体 | Abcam | -- | |
| Akt抗体 | Abcam | -- | |
| HRP标记二抗 | Abcam | -- | |
| ChemiDoc XRS凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | -- | -- |
| 磷酸盐吐温缓冲液 | Servicebio | -- | |
| 瓜氨酸化组蛋白H3抗体 | Abcam | -- | |
| 髓过氧化物酶抗体 | Abcam | -- | |
| 荧光二抗 | Abcam | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| NETs形成 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma | P1585 |
| 微球菌核酸酶 | -- | -- | |
| DMEM/F12培养基 | -- | -- | |
| Quantifluor双链DNA定量试剂盒 | -- | -- | |
| ROS检测 | 2',7'-二氯荧光素二乙酸酯 | -- | -- |
| 活性氧染色试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 荧光显微镜 | Leica | -- | |
| 成管实验 | 基质胶 | Corning | 356234 |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning Costar | -- |
| 细胞培养 | 人脐静脉内皮细胞 | -- | -- |
| Percoll分离液 | Sigma | P1644 | |
| 样本消化 | II型胶原酶 | Sigma | C6885 |
| 分散酶 | Sigma | D4693 | |
| 样本分离 | α-MEM培养基 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞测序 | 样本数量:ONFH n=2,FHF n=2,HOA n=3;细胞过滤标准:基因数200-5000,UMI<30000,线粒体<30%;聚类参数:前20个主成分,分辨率0.8。 阅读提示:Methods 'Single cell sequencing and high-throughput RNA sequencing' 和 'Bioinformatics analyses' |
| 动物模型构建 | TONFH大鼠手术步骤;SONFH大鼠LPS剂量20 μg/kg i.p.一次,MPS 60 mg/kg i.m.连续3天;SONFH小鼠MPS 25 mg/kg/d i.m.,每周前3天注射,共3周,休息3周;AAV大鼠模型AAV注射方式。 阅读提示:Methods 'Construction of ONFH animal models' |
| M2-Exos制备 | M-CSF 25 ng/mL,IL-4 20 ng/mL,IL-13 20 ng/mL;诱导时间未明确;收集上清前细胞培养时间;Exoquick TC孵育12小时。 阅读提示:Methods 'M2-Exos preparation' |
| 体外NETs实验 | PMA浓度100 nmol/L,处理4小时;MNase浓度5 U/mL;NETs存储温度-80°C。 阅读提示:Methods 'Isolation of neutrophils, NETs formation and Collection' |
| 体外M2-Exos干预 | M2-Exos浓度300 μg/mL;处理时间48小时。 阅读提示:Methods 'ROS level detection' |
| 体内M2-Exos治疗 | M2-Exos剂量200 µg,尾静脉注射,每周一次,共3周;SONFH小鼠模型建立详细给药方案。 阅读提示:Results 'M2-Exos improve ONFH by reducing NETs formation in vivo' 和 Methods 'Construction of ONFH animal models' |
| miR-93-5p过表达 | 慢病毒转染HUVECs构建miR-93-5p过表达;AAV9-miR-93-5p关节腔注射剂量。 阅读提示:Results 'M2-Exos miR-93-5p regulate NETs-HUVECs interaction and endothelial phenotype transition activation in vitro' 和 'MiR-93-5p is involved with the therapeutic effects of M2-Exos for ONFH by prohibiting NETs formation' |