评估M2-TAM浸润与索拉非尼耐药的相关性
验证M2-TAM浸润是否与HCC对索拉非尼的耐药性相关。
利用TCGA和GEO数据集进行CIBERSORT分析;建立原位肝癌小鼠模型,通过索拉非尼治疗区分敏感和耐药;检测M2标志物表达;体外用M2-CM处理HCC细胞评估药物敏感性。
Circulating mitochondrial DNA promotes M2 polarization of tumor associated macrophages and HCC resistance to sorafenib.
包含体外细胞共培养、条件培养基、原代巨噬细胞分化、动物模型(原位、异种移植、DEN诱导)、多种抑制剂和基因敲除,以及功能验证和机制验证。
THP-1来源巨噬细胞 RAW264.7巨噬细胞 SNU739和Hepa1-6 HCC细胞系 C57BL/6J小鼠原位肝癌模型、BALB/c裸鼠异种移植模型、DEN诱导肝癌模型
M2-TAM浸润与索拉非尼耐药的相关性(TCGA、GEO、GSE109211数据集) 索拉非尼诱导的mtDNA释放(血浆、细胞上清qPCR/ddPCR) mtDNA通过TLR9诱导M2极化(RNA-seq、Western blot、免疫荧光共定位) 阻断TLR9(基因敲除或E6446)增强索拉非尼疗效(DEN模型) DNase I或氯膦酸盐脂质体减少M2浸润并抑制肿瘤生长(原位模型)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证M2-TAM浸润是否与HCC对索拉非尼的耐药性相关。
利用TCGA和GEO数据集进行CIBERSORT分析;建立原位肝癌小鼠模型,通过索拉非尼治疗区分敏感和耐药;检测M2标志物表达;体外用M2-CM处理HCC细胞评估药物敏感性。
确定索拉非尼是否促进HCC细胞释放mtDNA及其机制。
使用ddPCR/qPCR检测小鼠血浆和细胞上清中的mtDNA;检测细胞凋亡、ROS、ATP和线粒体膜电位;使用凋亡、坏死性凋亡、铁死亡抑制剂处理。
探索mtDNA是否直接诱导巨噬细胞M2极化。
用从HCC细胞提取的mtDNA或经DNase I处理的CM孵育巨噬细胞,检测M2标志物、细胞因子和迁移能力。
验证mtDNA通过巨噬细胞极化促进HCC生长。
原位肝癌模型给予mtDNA、DNase I或氯膦酸盐脂质体,检测肿瘤生长、M2浸润。
确定mtDNA通过何种信号通路诱导M2极化。
RNA测序分析mtDNA处理的巨噬细胞;检测TLR9通路蛋白;使用TLR9抑制剂或shRNA验证。
验证TLR9抑制剂或基因敲除能否增强索拉非尼的抗肿瘤效果。
DEN诱导肝癌模型使用WT和TLR9-/-小鼠,给予索拉非尼和/或E6446,评估肿瘤负担和M2浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Corning | 10-040-CVR |
| DMEM培养基 | Corning | 10-013-CVR | |
| 胎牛血清 | Biological Industries | 04-001-1ACS | |
| 细胞分化 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma | 79346 |
| 细胞因子处理 | 白细胞介素-13 | MedChemExpress | HY-P70568 |
| 白细胞介素-4 | MedChemExpress | HY-P70445 | |
| 动物实验 | 基质胶 | Corning | 354234 |
| 索拉非尼 | Solarbio | S5080 | |
| IVIS Lumina LT Series III活体成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 二乙基亚硝胺 | Sigma | N0756 | |
| 药物处理 | E6446 | TargetMol | T4206 |
| RNA提取 | TRIzol LS试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| 逆转录 | EvoM-MLV逆转录预混液 | Accurate Biology | AG11706 |
| qRT-PCR | SYBR Green PCR预混液 | Accurate Biology | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | SolarBio | R0010 |
| 磷酸酶抑制剂混合物II | Roche | 04906837001 | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04693132001 | |
| 增强型BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ECL Plus化学发光检测系统 | Solarbio | PE0010 | |
| FluorChem Multifluor成像系统 | ProteinSimple | -- | |
| 免疫组织化学 | 即时免疫组织化学试剂盒 | Sangon Biotech | E607318 |
| 显微镜观察 | 奥林巴斯IX53显微镜 | Olympus | -- |
| 流式细胞术 | Cytomics FC500流式细胞仪 | CytoFLEX | -- |
| 小鼠组织解离试剂盒 | Miltenyi | 130-096-730 | |
| 流式细胞术(ROS检测) | DCFH-DA荧光探针 | Beyotime | S0033S |
| 流式细胞术(凋亡检测) | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1062M |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | BestBio | BB-4401 |
| 荧光显微镜 | 奥林巴斯BX60荧光显微镜 | Olympus | -- |
| 细胞活力检测 | MTT试剂 | Solarbio | M8180 |
| 细胞增殖检测 | EdU掺入试剂盒 | Ribbio | C10310-1 |
| 凋亡检测 | Caspase-Glo 3/7检测系统 | Promega | G8091 |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning | 3401 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1染料 | Beyotime | C2006 |
| ATP检测 | 荧光素酶ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0026 |
| mtDNA耗竭 | 溴化乙锭 | Amresco | 0492 |
| RNA测序 | Bioanalyzer 2100分析仪 | Agilent | -- |
| Illumina NovaSeq测序平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与分化 | 细胞系来源(THP-1, RAW264.7, SNU739, Hepa1-6)、培养基、血清浓度、PMA分化条件(150 nM, 24h)、IL-4/IL-13极化条件(20 ng/mL, 24h)、培养温度(37°C)和CO2浓度(5%) 阅读提示:Methods and Materials - Cell culture and reagents |
| 索拉非尼处理HCC细胞制备条件培养基 | 索拉非尼浓度(SNU739: 16μM 24h 或 7μM 48h; Hepa1-6: 30μM 24h 或 16μM 48h) 阅读提示:Methods and Materials - Cell culture and reagents;图S4 |
| 动物模型建立 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞接种数量(3×10^6)、Matrigel比例、注射部位、给药剂量(30 mg/kg/day)和途径(灌胃)、治疗时间 阅读提示:Methods and Materials - Animals; 图1B, 图8A |
| mtDNA检测 | 样品类型(血浆、细胞上清)、qPCR/ddPCR方法、引物(MT-ND1, 36B4) 阅读提示:Methods and Materials - Detection of cell free mtDNA content; 补充表S2 |
| M2极化检测 | 标志物(CD163, CD206, Arg-1)、检测方法(流式、qPCR、WB、IF)、处理条件(CM、mtDNA) 阅读提示:Methods and Materials - Flow cytometry, qRT-PCR, Western blot; 图2, 图4 |
| TLR9阻断实验 | TLR9抑制剂(ODN INH-18, E6446浓度20 mg/kg/day)或shRNA、处理时间 阅读提示:Methods and Materials - 细胞培养与试剂, 动物实验; 图7, 图8 |