OPN3表达与预后分析
评估OPN3在TNBC组织和细胞中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用TCGA等数据库分析OPN3表达,对44例TNBC患者肿瘤组织进行IHC染色,并通过WB和qRT-PCR检测细胞系中OPN3表达。
OPN3 enhances the proliferation, migration, and invasion of triple-negative breast cancer cells via the regulation of the TGF-β signaling pathway.
体外细胞实验(增殖、迁移、侵袭、凋亡)、体内裸鼠成瘤模型、临床样本IHC及TCGA生物信息学分析,并包含机制验证(TGF-β/SMAD2通路干预)。
BT-549三阴性乳腺癌细胞系 MDA-MB-231三阴性乳腺癌细胞系 BALB/c-nu裸鼠皮下移植瘤模型 44例TNBC患者肿瘤组织
OPN3在TNBC组织中的表达水平及与预后的关系 BT-549细胞中OPN3敲低和过表达的效率验证 OPN3对BT-549细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响 OPN3对TGF-β/SMAD2通路和EMT标志物的调控 LY2109761和TGF-β1处理对OPN3介导效应的逆转作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估OPN3在TNBC组织和细胞中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用TCGA等数据库分析OPN3表达,对44例TNBC患者肿瘤组织进行IHC染色,并通过WB和qRT-PCR检测细胞系中OPN3表达。
验证OPN3对TNBC细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
在BT-549细胞中敲低或过表达OPN3,通过CCK-8、克隆形成、划痕、Transwell和流式细胞术检测细胞功能。
评估OPN3过表达对TNBC细胞体内肿瘤生长的影响。
将OPN3过表达或对照的BT-549细胞皮下注射到裸鼠腋窝,监测肿瘤体积和重量。
探究OPN3是否通过TGF-β/SMAD2通路调控EMT和细胞功能。
检测TGF-β1、TGFBR1、SMAD2等的表达和磷酸化水平,使用LY2109761和TGF-β1进行通路干预,观察对细胞功能的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素-两性霉素B溶液 | -- | -- | |
| 细胞转染 | 小干扰RNA | GenePharma | -- |
| 慢病毒过表达载体 | GenePharma | -- | |
| 通路干预 | LY2109761 | MedChemExpress | HY-12075 |
| TGF-β1蛋白 | MedChemExpress | HY-P700150AF | |
| 免疫组化 | OPN3一抗 | Affinity Biosciences LTD | -- |
| MaxVision HRP试剂 | Fuzhou Meixin Co., Ltd. | KIT-5006 | |
| RNA提取 | RNA提取液 | Wuhan Servicebio | G3013-100ML |
| 逆转录 | Nearshore蛋白逆转录试剂盒 | -- | E047-01A |
| qRT-PCR | SYBR qPCR SuperMix Plus | -- | E096-01A |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | EpiZyme | -- |
| 蛋白质定量 | Omni-Easy即用型BCA蛋白定量试剂盒 | EpiZyme | ZJ102 |
| Western blotting | PVDF膜 | -- | -- |
| 无蛋白快速封闭液 | EpiZyme | PS108P | |
| OPN3抗体 | Affinity Biosciences LTD | DF4877 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Affinity Biosciences LTD | AF0131 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Affinity Biosciences LTD | AF5239 | |
| 波形蛋白抗体 | Affinity Biosciences LTD | AF7013 | |
| Snail抗体 | Affinity Biosciences LTD | AF6023 | |
| 磷酸化SMAD2抗体 | Affinity Biosciences LTD | AF3449 | |
| 总SMAD2抗体 | Affinity Biosciences LTD | AF6449 | |
| TGF-β1抗体 | Affinity Biosciences LTD | AF1027 | |
| TGFBR1抗体 | Wanlelbio | R044103150 | |
| GAPDH抗体 | Affinity Biosciences LTD | AF7021 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | -- | S0001 | |
| 增强化学发光试剂 | -- | -- | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Apex Bio | -- |
| Multiskan GO酶标仪 | Thermo Fisher | -- | |
| 克隆形成 | 结晶紫染色液(0.1%) | -- | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/V-APC | BestBio | -- |
| PI染色液 | BestBio | -- | |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| ELISA | TGF-β1试剂盒 | UpingBio | SYP-H0688 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源及培养条件(RPMI-1640、10% FBS、1%青霉素-链霉素-两性霉素B、5% CO2,37℃) 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| 转染 | siRNA序列及转染试剂(未明确)、OPN3过表达慢病毒载体、转染时的细胞密度(80%汇合度) 阅读提示:Methods: Cell culture and transfection |
| IHC | OPN3抗体稀释度(1:200)、孵育时间(60分钟)、温度(20-25℃)、MaxVision HRP试剂孵育时间(15分钟)、染色评分标准 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry (IHC) assay |
| Western blotting | 蛋白上样量(20-40μg/泳道)、一抗稀释度(1:1000,OPN3 1:500)、二抗稀释度(1:6000)、封闭时间(30分钟)、一抗孵育时间(24小时,4℃) 阅读提示:Methods: Western blotting |
| 细胞增殖和克隆形成 | CCK-8细胞接种密度(3000细胞/孔)、克隆形成密度(700细胞/孔)、培养时间(5天或克隆>50细胞) 阅读提示:Methods: Cell proliferation assay, Colony formation assay |
| 迁移和侵袭 | 划痕实验细胞密度(1.8×10^5细胞/孔)、划痕后观察时间(0,24,48h)、Transwell迁移细胞数(1.0×10^4细胞/孔)、基质胶稀释比例(1:8) 阅读提示:Methods: Wound healing assay, Transwell assay |
| 凋亡检测 | 染色体积(Annexin V-FITC和PI各5μL)、孵育时间(8-10分钟) 阅读提示:Methods: Apoptosis via flow cytometry |
| 体内成瘤 | 小鼠品系(BALB/c-nu)、周龄(4-6周)、体重(18-20g)、细胞接种数(5×10^6/100μL)、观察天数(22天) 阅读提示:Methods: Nude mouse tumor formation model |
| 机制研究 | LY2109761浓度(1μmol)、TGF-β1浓度(10ng/mL)、处理时间(未明确) 阅读提示:Results: OPN3 induce EMT via the TGF-β/SMAD2 signaling pathway, Figure 4 legend |