DBNDD1表达差异分析
评估DBNDD1在IBC和正常组织中的表达差异。
利用TIMER和TCGA数据库分析多种肿瘤中DBNDD1 mRNA表达,并从TCGA-BRCA获取RNAseq数据及临床信息,比较IBC与正常组织的表达差异,并用GEO数据集验证。
Association of DBNDD1 with prognostic and immune biomarkers in invasive breast cancer.
本研究结合了生物信息学分析(多种数据库)和体外细胞实验(增殖、凋亡、侵袭迁移),但缺乏动物模型和临床样本的进一步验证。
TCGA-BRCA数据集 MDA-MB-231人乳腺癌细胞系 MDA-MB-468人乳腺癌细胞系
DBNDD1在TCGA-BRCA IBC样本中的mRNA表达水平(中位数分组高/低) DBNDD1蛋白表达水平(CPTAC数据库和HPA免疫组化) 体外实验使用MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞系,经STR鉴定 DBNDD1过表达质粒转染,72小时后检测 细胞增殖检测(CCK-8)在0, 24, 48, 72小时进行
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估DBNDD1在IBC和正常组织中的表达差异。
利用TIMER和TCGA数据库分析多种肿瘤中DBNDD1 mRNA表达,并从TCGA-BRCA获取RNAseq数据及临床信息,比较IBC与正常组织的表达差异,并用GEO数据集验证。
验证DBNDD1蛋白在IBC中的表达水平。
利用CPTAC数据库分析DBNDD1蛋白表达,并用HPA数据库的免疫组化结果确认其在IBC和正常组织中的表达。
探讨DBNDD1表达与IBC患者临床病理特征的关系。
根据DBNDD1表达中位数将TCGA-BRCA样本分为高低组,分析其与T分期、N分期、年龄、ER/PR状态等的相关性。
评估DBNDD1表达与IBC患者生存预后的关系。
使用Kaplan-Meier分析和log-rank检验评估OS、RFS、DMFS等生存指标,并用GEO数据集验证。
评估DBNDD1作为IBC诊断标志物的潜力。
通过ROC曲线分析评估DBNDD1 mRNA表达区分IBC与正常组织的效能。
探索DBNDD1的相互作用蛋白和富集通路。
利用STRING构建PPI网络,进行GO/KEGG富集分析和GSEA分析。
评估DBNDD1启动子甲基化状态及其对预后的影响。
使用UALCAN和MethSurv数据库分析DBNDD1启动子甲基化,并分析CpG位点甲基化与OS的关系。
探讨DBNDD1表达与肿瘤免疫细胞浸润的关系。
使用TIMER数据库分析六种免疫细胞浸润,并用ssGSEA算法分析24种免疫细胞浸润。
验证DBNDD1对乳腺癌细胞增殖、凋亡、侵袭和迁移的影响。
在MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞中过表达DBNDD1,通过CCK-8、流式细胞术和Transwell实验检测细胞功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Gibco | 10091148 |
| 青霉素-链霉素 | Hyclone | SV30010 | |
| 细胞转染 | 脂质体 | -- | -- |
| RNA提取 | TRIZOL试剂 | Ambion | 15596-018 |
| RQ1 DNase | Promega | M6101 | |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Vazyme | R323-01 |
| qPCR | QuantStudio 5 | ABI | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Proteintech | PR20001 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma | 4693116001 | |
| 蛋白上样缓冲液 | Solarbio | P1040 | |
| PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 | |
| DBNDD1抗体 | abcam | b108629 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| HRP标记二抗 | ABclonal | AS003 | |
| ECL发光液 | Beyotime | P0018FM | |
| 细胞增殖 | 细胞计数试剂盒-8 | Yeasen | 40203 ES 76 |
| 细胞凋亡 | Annexin V-APC/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Yeasen | 40304 ES 60 |
| 流式分析 | FACSCanto流式细胞仪 | BD | -- |
| 侵袭迁移 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | -- | -- | |
| 结晶紫 | Beyotime | C0121 | |
| 细胞培养 | MDA-MB-231细胞系 | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | CL-0150B |
| MDA-MB-468细胞系 | Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | CL-0290A |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据库分析 | TCGA-BRCA数据集患者分组依据(DBNDD1表达中位数);临床病理特征统计方法(χ2或Fisher检验)。 阅读提示:见Materials and methods: Data collection and differential analysis of DBNDD1 expression; Statistical analysis |
| 细胞培养 | 细胞系来源和STR鉴定;培养基成分(10% FBS, 100 μg/mL链霉素, 100 U/mL青霉素);培养条件(37°C, 5% CO2)。 阅读提示:见Materials and methods: Cell culture and transfection |
| 细胞转染 | 转染试剂(Lipofectamine);转染后收集时间点(72小时)。 阅读提示:见Materials and methods: Cell culture and transfection; Figure 11 legend |
| RNA提取和RT-qPCR | RNA提取方法(TRIZOL);逆转录条件(42°C 5min, 37°C 15min, 85°C 5s);qPCR条件(95°C 10min, 40 cycles 95°C 15s, 60°C 1min);内参基因(GAPDH);数据分析方法(2-ΔΔCT)。 阅读提示:见Materials and methods: RNA extraction and real-time PCR |
| Western blotting | 蛋白裂解液(RIPA);抗体稀释比例(anti-DBNDD1 1:1000, anti-GAPDH 1:10000);二抗稀释比例(1:10000);封闭和孵育时间。 阅读提示:见Materials and methods: Western blotting |
| 细胞增殖 | CCK-8实验细胞接种密度(具体数量未明确);检测时间点(0, 24, 48, 72小时);孵育时间(3小时);波长(450nm)。 阅读提示:见Materials and methods: Cell proliferation and apoptosis experiments; Figure 11D-G |
| 细胞凋亡 | Annexin V-APC和PI染色时间(各15分钟);流式细胞仪型号。 阅读提示:见Materials and methods: Cell proliferation and apoptosis experiments; Figure 11H-I |
| 细胞侵袭和迁移 | Transwell小室规格(8μm);有无基质胶;下室加入600μL 10% FBS培养基;孵育时间(24小时);固定和染色条件(4%多聚甲醛30分钟,0.1%结晶紫)。 阅读提示:见Materials and methods: Cell invasion and migration assay; Figure 11J-M |