差异表达基因筛选
鉴定子宫内膜癌与正常组织间的差异表达基因。
通过GEO数据库获取GSE17025数据集,使用limma包分析,以|log2FC|≥1和调整后p值<0.05筛选DEGs。
Identification and validation of the important role of KIF11 in the development and progression of endometrial cancer.
包含生物信息学分析、临床样本验证及体外细胞功能实验等证据层级,但缺乏体内动物实验验证。
人子宫内膜癌细胞系ISHIKAWA 人子宫内膜癌细胞系HEC-1-B 子宫内膜癌患者肿瘤组织及癌旁组织
KIF11在子宫内膜癌组织中的表达(RT-qPCR和IHC) KIF11-siRNA敲低效率(mRNA和蛋白水平) 细胞增殖(MTT法,24-96小时) 细胞迁移和侵袭(划痕实验和Transwell) 细胞周期和凋亡(流式细胞术)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定子宫内膜癌与正常组织间的差异表达基因。
通过GEO数据库获取GSE17025数据集,使用limma包分析,以|log2FC|≥1和调整后p值<0.05筛选DEGs。
探索DEGs涉及的生物学过程、细胞组分、分子功能和通路。
使用clusterProfiler包进行GO和KEGG富集分析,筛选显著富集项。
识别与疾病相关的关键基因。
使用STRING数据库构建PPI网络,通过Cytoscape的MCODE插件识别模块,结合LASSO和随机森林机器学习筛选关键基因。
验证KIF11表达与临床特征及预后的关系。
利用TCGA-UCEC数据,分析KIF11表达水平与肿瘤分级、分期、癌症状态及总生存期的关系。
在患者组织中验证KIF11的表达水平。
从生物样本库获取5对EC肿瘤和癌旁组织,通过RT-qPCR和免疫组化检测KIF11表达。
评估KIF11对子宫内膜癌细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡和细胞周期的影响。
使用siRNA敲低ISHIKAWA和HEC-1-B细胞中的KIF11,进行MTT、划痕、Transwell、流式细胞术检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | RNAiso Plus | Takara | 9108 |
| 逆转录 | PrimeScript™ RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara | RR047A |
| RT-qPCR | TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820A |
| CFX Duet实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | 12016265 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| 无蛋白快速封闭液 | Servicebio | G2052 | |
| KIF11抗体 | Proteintech | 23333-1-AP | |
| HRP标记的抗兔IgG二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| β-actin抗体 | Servicebio | ZB15001-HRP-100 | |
| 超敏化学发光试剂盒 | Epizyme | SQ201 | |
| 细胞活力检测 | MTT细胞增殖和细胞毒性检测试剂盒 | Solarbio | M1020 |
| 细胞迁移和侵袭 | Transwell小室 | NEST | 723321 |
| 基质胶 | MCE | HY-K6001 | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI试剂盒 | 4A Biotech | FXP018-100 |
| 细胞周期检测 | DNA含量定量检测试剂盒 | Solarbio | CA1510 |
| 流式细胞术 | BD FACSCelesta流式细胞仪 | BD | CA, USA |
| 细胞培养 | DMEM/MEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | GP-transfect-Mate转染试剂 | GenePharma | G04008 |
| siRNA合成 | 小干扰RNA | GenePharma | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本验证 | 样本数量、配对关系、患者病史 阅读提示:见Materials and methods: Clinical sample collection |
| 细胞培养 | 细胞系、培养基成分、培养条件 阅读提示:见Materials and methods: Cell culture and transfection |
| 基因敲降 | siRNA序列、转染试剂、转染浓度、孵育时间 阅读提示:见Materials and methods: Cell culture and transfection |
| RT-qPCR | 引物序列、扩增程序、参考基因 阅读提示:见Materials and methods: RNA isolation and RT-qPCR |
| Western blot | 抗体稀释比例, 蛋白上样量, 封闭液, 显色试剂 阅读提示:见Materials and methods: Western blotting |
| 细胞增殖检测 | 接种密度、检测时间点、MTT孵育时间 阅读提示:见Materials and methods: Cell viability assay |
| 细胞迁移和侵袭 | 细胞密度、划痕宽度、观察时间、基质胶浓度、孵育时间 阅读提示:见Materials and methods: Wound healing test, Transwell invasion assay |
| 凋亡检测 | 染色步骤、孵育时间、流式细胞仪设置 阅读提示:见Materials and methods: Apoptosis assay |
| 细胞周期检测 | 乙醇固定浓度、PI染色步骤、RNase A处理 阅读提示:见Materials and methods: Cell cycle detection |