临床样本分析鉴定FKBP10
鉴定与MIBC相关的差异表达蛋白。
分析来自145例膀胱癌组织的蛋白质组数据,比较MIBC与NMIBC,筛出9个上调蛋白,其中FKBP10最显著;随后用8对新鲜标本Western blot和100例TMA的IHC验证。
FKBP10 Promotes the Muscle Invasion of Bladder Cancer via Lamin A Dysregulation.
包含患者样本分析、细胞功能实验、体内动物模型(原位、异种移植、肺转移)、分子机制验证(Co-IP、pull-down、质谱)及回复实验。
膀胱癌细胞系UMUC3和T24 原位膀胱肿瘤模型(裸鼠) 皮下异种移植模型(裸鼠) 肺转移模型(裸鼠) 膀胱癌患者组织样本
FKBP10敲低或过表达稳定细胞系的构建(shRNA或过表达质粒) 细胞迁移和侵袭的Transwell实验(不同孔径3、5、8μm) 原位膀胱肿瘤模型中,肿瘤细胞注入膀胱壁的细节(1×10^6细胞,50μl PBS) FKBP10与前体lamin A相互作用的Co-IP和pull-down实验条件 细胞核质分离实验及lonafarnib处理条件(5μM,48小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与MIBC相关的差异表达蛋白。
分析来自145例膀胱癌组织的蛋白质组数据,比较MIBC与NMIBC,筛出9个上调蛋白,其中FKBP10最显著;随后用8对新鲜标本Western blot和100例TMA的IHC验证。
验证FKBP10对膀胱癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
构建FKBP10敲低和过表达稳定细胞系,进行CCK8、划痕愈合和Transwell实验,并检测核圆度。
验证FKBP10在体内对肿瘤生长、肌肉浸润和转移的影响。
利用皮下异种移植、原位膀胱肿瘤、竞争性生长和肺转移模型,评估FKBP10敲低对肿瘤重量、肌肉浸润和肺转移的影响。
鉴定FKBP10的相互作用蛋白并验证直接结合。
通过免疫沉淀质谱筛选,Co-IP验证内源和外源相互作用,pull-down验证直接结合,免疫荧光观察共定位,分子对接预测结合域,截短体Co-IP确定结构域。
验证FKBP10是否将prelamin A滞留在细胞质,从而减少核内lamin A。
通过Western blot检测总蛋白和核质分离,免疫荧光检测prelamin A定位,并用FKBP10截短体恢复实验证明其结构域依赖性。
证明lamin A介导FKBP10对核异型和迁移侵袭的影响。
在FKBP10敲低细胞中同时转染LMNA siRNA,检测核圆度和迁移侵袭能力。
验证FKBP10与lamin A表达在人类膀胱癌中的负相关。
分析蛋白质组数据和另外100例样本的IHC评分,进行相关性分析和分期比较。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | -- |
| RPMI 1640培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| 聚凝胺 | Solarbio | -- | |
| 嘌呤霉素 | Solarbio | -- | |
| 转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| 细胞核质分离 | 核质提取试剂盒 | Abbkine | KTP3001 |
| 药物处理 | 洛那法尼 | MCE | HY-15136 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | -- |
| FKBP10抗体 | Proteintech | 12172-1-AP | |
| 前体lamin A抗体 | Merck | MABT858 | |
| lamin A/C抗体 | Proteintech | 10298-1-AP | |
| Histone H3抗体 | Proteintech | 17168-1-AP | |
| Flag抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig | |
| HA抗体 | Proteintech | 81290-1-RR | |
| 6*His抗体 | Proteintech | 66005-1-Ig | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 81640-5-RR | |
| 免疫组化 | FKBP10抗体(免疫组化) | Proteintech | 12172-1-AP |
| lamin A/C抗体(免疫组化) | Proteintech | 10298-1-AP | |
| DAB显色底物 | Maixin Biotech | -- | |
| 免疫荧光 | GFP抗体 | CST | ab213511 |
| mCherry抗体 | Abcam | ab213511 | |
| FKBP10抗体(免疫荧光) | Proteintech | 12172-1-AP | |
| 前体lamin A抗体(免疫荧光) | Merck | MABT858 | |
| DAPI染色液 | Abcam | ab104139 | |
| 488标记山羊抗小鼠IgG | ABclonal | -- | |
| 594标记山羊抗兔IgG | ABclonal | -- | |
| CCK8实验 | CCK8试剂 | Abbkine | KTA1020 |
| 免疫沉淀 | NP-40裂解液 | Solarbio | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Selleck | B14001 | |
| FKBP10抗体(免疫沉淀) | Proteintech | 12172-1-AP | |
| 阴性对照IgG | MCE | HY-P73904 | |
| Protein A/G磁珠 | MCE | HY-K0202 | |
| 质谱分析 | Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Co-IP | Anti-Flag磁珠 | Selleck | B26101 |
| Anti-HA磁珠 | MCE | HY-K0201 | |
| 动物实验 | 裸鼠 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系UMUC3和T24的来源、培养基(DMEM/RPMI 1640)、FBS浓度(10%)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell cultures |
| 稳定细胞系构建 | shRNA靶序列、慢病毒包装、感染时polybrene浓度(2μg/ml)、筛选时puromycin浓度(2μg/ml)和时间(72小时) 阅读提示:Methods: Lentiviral-infected stable cell lines; Supplementary Table 1 |
| 瞬时转染 | 质粒构建(FKBP10-Flag,prelamin A-HA)、jetPRIME用量(2:1比例)、细胞密度(70%) 阅读提示:Methods: Plasmids and transient transfection |
| Western blot | 抗体稀释度、上样量(20μg)、封闭条件(5%脱脂奶粉)、细胞核质分离试剂盒及lonafarnib处理条件(5μM,48小时) 阅读提示:Methods: Western blot analysis |
| 免疫组化与免疫荧光 | 一抗稀释度、抗原修复条件(柠檬酸缓冲液)、DAB显色、荧光染料(TSA)和洗涤条件 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry (IHC); Immunofluorescence (IF) |
| 体外功能实验 | 划痕愈合的时间和图像分析(ImageJ)、Transwell细胞数(1×10^4)和孔径(3/5/8μm)、CCK8细胞数(1×10^3)和时间点(0/24/48/72h) 阅读提示:Methods: Wound healing assay; Transwell assay; CCK8 assay |
| 体内动物模型 | 小鼠品系(6周龄雄性裸鼠)、细胞注射数(1×10^6)、注射体积(原位50μl,尾静脉100μl)、实验时间(原位3周,皮下4周,肺转移8周) 阅读提示:Methods: Animal experiments; Figure legends 3A-3H |
| 分子互作验证 | 免疫沉淀抗体、磁珠类型、洗涤缓冲液(PBST)、质谱参数、Co-IP和pull-down的孵育时间(4°C过夜) 阅读提示:Methods: Immunoprecipitation (IP) and Mass Spectrometry (MS) analysis; Co-Immunoprecipitation (Co-IP); Pull-down assay |