单细胞RNA测序分析揭示肝细胞癌中潜在的关键预后标志物

背景：肝细胞癌（HCC）是全球第六大常见癌症，5年生存率低。在本研究中，我们旨在通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析能够预测HCC患者预后的相关遗传特征。方法：从基因表达综合数据库（GEO）中分析HCC的单细胞RNA-seq数据。使用Seurat包进行质量控制以去除低质量细胞。标准化后，我们检测了单细胞中的高变基因。然后，利用高变基因进行细胞聚类和细胞类型注释。随后，通过GO和KEGG进行功能富集分析，并进行细胞间通讯分析和轨迹分析。使用LASSO-Cox回归分析进行生存分析和对高风险和低风险组的ROC评估。验证筛选基因在HCC中的表达和生存预后。通过RT-qPCR和western blot在正常肝细胞系THLE-3和HCC细胞系（HuH7、HCCLM9和HCCLM13）中分析基因的表达水平。结果：在HCC样本中共鉴定出2208个上调基因和1447个下调基因。这些差异表达基因（DEGs）富集在多个细胞因子相关通路和MIF-CD74/CXCR4信号通路中。通过整合大量RNA测序数据，我们确定了566个与HCC细胞相关的预后基因。使用LASSO-COX风险因素模型筛选出11个基因。基于这些基因将患者分为高风险和低风险组，可以有效预测其生存期和ROC曲线。进一步发现5个基因与HCC的不良生存预后相关，并且在HCC细胞系中的表达显著高于正常肝细胞系。结论：本研究揭示了HCC患者中潜在的预后标志基因，为预测患者生存率提供了见解。