预后关联分析
评估SYNPO2表达与BLCA患者临床预后的关联
基于TCGA BLCA RNA-seq数据,采用单因素和多因素Cox回归分析SYNPO2表达与总生存期的关系,并进行Kaplan-Meier生存分析。
SYNPO2 promotes the development of BLCA by upregulating the infiltration of resting mast cells and increasing the resistance to immunotherapy.
包含TCGA数据分析、临床样本IHC验证、体外细胞功能实验、体内动物模型及免疫浸润分析等多个独立证据层级,并进行功能与机制验证。
5637细胞系 T24细胞系 BALB/c裸鼠肺转移模型 临床BLCA组织样本
根据SYNPO2表达中位数(TPM=1.703)将样本分为低、高表达组 使用5637和T24细胞系构建SYNPO2过表达稳转株 6×10^6细胞尾静脉注射至6周龄BALB/c裸鼠 IMvigor 210队列含348例接受atezolizumab治疗的BLCA患者
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估SYNPO2表达与BLCA患者临床预后的关联
基于TCGA BLCA RNA-seq数据,采用单因素和多因素Cox回归分析SYNPO2表达与总生存期的关系,并进行Kaplan-Meier生存分析。
验证SYNPO2表达与BLCA临床病理特征及增殖标志物的关系
对45例临床BLCA样本进行免疫组织化学染色,检测SYNPO2、Ki67、CCR3和TPSAB1表达,并进行甲苯胺蓝染色计数肥大细胞。
验证SYNPO2过表达对BLCA细胞侵袭和迁移的影响
构建SYNPO2过表达的5637和T24稳转株,通过Transwell实验和划痕实验检测侵袭和迁移能力,并通过Western blot检测EMT标志物。
验证SYNPO2过表达对BLCA肺转移的影响
将SYNPO2过表达且表达荧光素酶的5637细胞尾静脉注射至BALB/c裸鼠,通过生物发光成像监测肿瘤转移。
评估SYNPO2表达与肿瘤免疫浸润的关系
利用ssGSEA和CIBERSORT分析TCGA及IMvigor 210队列中SYNPO2表达与免疫细胞浸润的相关性,并通过免疫荧光和ELISA验证小鼠模型中肥大细胞浸润和细胞因子水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| 细胞转染 | 脂质体3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| pLVX-CMV-IRES-mCherry质粒 | Hedgehogbio | HH-LV-093 | |
| 质粒构建 | pLenti-CMV-Puro-LUC (pLV-Luc)质粒 | Addgene | 17477 |
| 病毒包装 | psPAX2包装质粒 | Hedgehogbio | HH-LV-012 |
| pMD2.G包膜质粒 | Hedgehogbio | HH-LV-013 | |
| 细胞培养 | 293细胞系 | Procell | CL-0001 |
| 药物筛选 | 嘌呤霉素 | Solarbio | P8230 |
| RNA提取 | RNase小型试剂盒 | Qiagen GmbH | 74104 |
| 逆转录 | HiScript II第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R211-01 |
| qPCR | SYBR Green qPCR预混液 | Toyobo Life Science | QKD-201 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MCE | HY-K0010 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 |
| Western blot | 抗GAPDH抗体 | Proteintech Group, Inc. | 60004-1-Ig |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | BD Transduction Laboratories™; BD Biosciences | 610405 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Affinity Biosciences | AF7013 | |
| HRP标记抗小鼠IgG | Proteintech Group, Inc. | SA00001-1 | |
| HRP标记抗兔IgG | Proteintech Group, Inc. | SA00001-2 | |
| ECL化学发光试剂盒 | Amersham | RPN2235 | |
| IHC | 抗人SYNPO2抗体 | Proteintech Group, Inc. | 25453-1-AP |
| 抗Ki67抗体 | Proteintech Group, Inc. | 27309-1-AP | |
| 抗CCR3抗体 | Proteintech Group, Inc. | 22351-1-AP | |
| 抗TPSAB1抗体 | Proteintech Group, Inc. | 13343-1-AP | |
| 山羊血清 | Beyotime | C0265 | |
| 免疫荧光 | 抗CMA1抗体 | Affinity Biosciences | DF12290 |
| FITC标记抗兔IgG | Proteintech Group, Inc. | SA00003-2 | |
| 染色 | 甲苯胺蓝染色液 | Servicebio | G1032 |
| 二甲苯 | Aladdin | X112051 | |
| 中性树胶封片剂 | Servicebio | WG10004160 | |
| 细胞培养 | 胰蛋白酶 | Solarbio | T1320 |
| Transwell | 基质胶 | Corning, Inc. | 356234 |
| 结晶紫 | Beyotime Institute of Biotechnology | C0121 | |
| ELISA | TGF-β ELISA试剂盒 | Hangzhou Lianke Biotechnology Co., Ltd. | 70-EK981-48 |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Hangzhou Lianke Biotechnology Co., Ltd. | 70-EK206HS-48 | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Charles river | -- |
| D-荧光素 | -- | 30 mg | |
| 活体成像 | IVIS Spectrum小动物活体成像系统 | PerkinElmer, Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、FBS浓度、培养条件、传代比例 阅读提示:Construction of stable SYNPO2-overexpressing cell lines |
| 基因过表达 | SYNPO2 cDNA用量、转染试剂、转染时间、筛选标记 阅读提示:Construction of stable SYNPO2-overexpressing cell lines |
| 体外功能实验 | 细胞数量、基质胶浓度、迁移时间、观察时间点 阅读提示:Wound healing assay, Transwell assay |
| 体内动物模型 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞注射数量、注射途径、监测时间点 阅读提示:Animal model |
| 临床样本分析 | 样本数量、组织来源、染色条件、抗体稀释比、评分方法 阅读提示:Immunohistochemistry (IHC) |